Dasar dasar Dasar-dasar Diagnostik Mikrobiologi

Dasar-dasar Dasar dasar Diagnostik Mikrobiologi

Dr.Sofyan Lubis Departemen Mikrobiologi FK USU Medan

SPESIMEN KLINIK

DIRECT TESTING

CULTURE/ISOLATION

MACROSCOPIC :

TESTS ON ISOLATES :

.Deteksi Antigen

.Biochemical testing

G Gene Probes P b

Serotyping

MICROSCOPIC :

Uji kepekaan

Gram stain

Gene probes

Acid-fast stain

Phage typing

FAT

Percobaan hewan

Gene probes

Diagnosis g Lab. Penyakit y Infeksi 1. Bacteriologic Approach 1 2. Immunologic ( serologic ) Approach

Bacteriologic g approach pp : 1. Memilih spesimen p klinik yyang g sesuai,, untuk ini perlu memahami patogenesis dari infeksinya 2 Pengambilan 2. P bil spesimen i d dengan b benar untuk k menghindari terkontaminasi dengan flora normal 3. Pengiriman spesimen secepatnya ke Lab atau di simpan di lemari es. 4. Informasi klinis yang diperlukan,untuk memilih metode /prosedur yang tepat.

• U Umumnya b bacteriologic t i l i llaboratory b t work k dibagi dalam 3 tahap , yaitu : • Ob Observasii sediaan di yang di diwarnaii secara mikroskopis( direct microscopic exam. ) • Memperoleh biakan murni (pure culture) dari mikroorganisme dengan membiakkan spesimen klinik di media • Identifikasi Id tifik i iisolat, l t antara t lain l i d dengan : » » » » »

Uji biokimia Pertumbuhan di media selektif Aglutinasi ,co-aglutinasi, latex aglutinasi Immunofluorescence DNA probes

Pemeriksaan awal : • Direct microscopic examination : • Pemeriksaan sediaan basah (wet mount) • Pemeriksaan sediaan yang di fiksasi dan diwarnai: – Pewarnaan Gram – Pewarnaan tahan asam – Fluorescent antibody test

Tahap-tahap p p diagnosis g Lab. 1. Pengambilan spesimen klinis 2 Pemeriksaan 2. P ik sediaan di yang di diwarnaii dengan Gram, Z-N, dll 3. Pembiakan spesimen klinis di media tertentu untuk medapatkan biakan murni ( isolated colony ) 4. Identifikasi isolat 5. Antibiotic susceptibility tests

Tahap-tahap p p diagnosis g Lab. 1. Pengambilan spesimen klinis 2 Pemeriksaan 2. P ik sediaan di yang di diwarnaii dengan Gram, Z-N, dll 3. Pembiakan spesimen klinis di media tertentu untuk medapatkan biakan murni ( isolated colony ) 4. Identifikasi isolat 5. Antibiotic susceptibility tests

Bakteri yang sukar diwarnai dengan pewarnaan Gram G Mikroorganisme .M.tuberculosis .M.pneumoniae .L.pneumophila .Chlamydia sp. .Rickettsiae sp. .T.pallidum

Alasan .Lipid di dinding sel,sehingga zat warna sukar lewat .Sangat keci;,dinding sel (-) .Pengikatan counterstain jelek .Sangat kecil,intraselular .Sangat kecil, intraselular .Terlalu T l l tipis i i ((thin hi )

Media yang lazim dipakai : Medium •Agar Agar Darah •Agar Bodet-Gengou •Buffered B ff d charcoal h l yeast extract ( BCYE) •Agar Chocolate •Egg Yolk agar •EMB & Mac Conkey •Loeffler serum •TSI

Bakteri yang diisolasi •Bermacam Bermacam bakteri •B.pertussis •L.pneumophila L hil •N.meningitidis, N.gonorrh •Cl.perfringens •Batang gram negatif •C.diphtheriae •Batang gram negatif

Bacteriologic Methods 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8.

Biakan darah Biakan usap tenggorok p Biakan sputum Biakan cairan spinal Biakan tinja ( feses) Biakan air kemih Biakan sekret tractus genitalis Biakan luka dan abses

Bacteriologic Methods •

A GUIDE TO “ FIVE 1. 1 2. 3 3. 4. 5.

INOCULA INCUBA ISOLA INSPEC IDENTIFICA

TION TION TION TION TION

I … TION TION”

Isolasi & Inspeksi p • Karakteristik pembiakan : • Deskripsi koloni di media padat : » » » » » »

Diameter koloni Pi Pinggir i kkoloni l i ( outline) tli ) Elevasi Clear, opaque, translucent Warna koloni ( terutama fermentasi laktosa) Hemolisis : alpha, beta

• Kondisi yyang g mendorong/menghambat g g : » Atmosfir pertumbuhan » Inhibitor di dalam medium

Atmosfir pertumbuhan Growth Atm.

Deskripsi dan Contoh

•Strict(obligate) aerobe

•Memerlukan O2 atm. •Pseudomonas aeruginosa

•Strict St i t (obligate) ( bli t ) anaerobe

•Tidak Tid k ttolerant l t thd O2 atm t •Bacteroides fragilis

•Facultative anaerobe

•Tumbuh baik dlm suasana aerobik,tapi p dpt p juga tumbuh dalam suasana anaerobik •Staphylococcus, E.coli

•Aerotolerant Aerotolerant anaerobe

•Anaerobic Anaerobic, tapi tolerant thd O2 •Cl.perfringens

•Microaerophilic orgs.

•Lebih suka kadar O2 rendah •Campylobacter, Helicobacter

•Capnophilic org.

•Lebih suka kadar CO2 tinggi •Neisseria spp.

Antigen g detection tests: • Uji deteksi Ag. ini dapat dilakukan pada : • Spesimen yang berasal dari pasien ( direct antigen test ): urine, CSF, serum, throat swab • Biakan murni ( isolat ).

• Metode yang dipakai: • Fluorescent antibody test • Co-agglutination • Latex agglutination

Identifikasi m.o. dgn antiserum yang diketahui dik h i 1. 1 2. 3 3. 4. 5. 6 6.

Capsular swelling test ( Quellung ) Slide agglutinasi test L t aglutination Latex l ti ti ttestt Counter-Immuneelectrophoresis Test ELISA ( Enzyme-Linked Immunosorbent Assay) FAT ( Fluorescent-Antibody Test)

Quellung g Test • Dengan quellung test ini m m.o. o dalam spespe simen klinis dapat langsung diidentifikasi • Prinsip dari test ini ialah kapsul bakteri akan mengembang ( swell) jika kontak dengan antiserum homolog homolog, contoh : • S.pneumoniae • H.influenzae H influenzae tipe tipe-b b • N.meningitidis group A dan C

Slide agglutination gg test • Koloni-koloni Koloni koloni yang dicurigai sebagai Salmonella dan Shigella dapat di identifikasi jika terjadi aglutinasi (clumping) sewaktu di tambahkan antisera spesifik. • Antisera terhadap antigen O ( cell wall ) • Antisera terhadap antigen H (flagellar) p antigen g Vi Salmonella ((kapsul) p ) • Antisera terhadap

Latex agglutination gg test • Latex beads yang di konjugasikan (coated) dengan Ab spesifik akan menggumpalkan m m.o o tertentu • Tes ini dipakai untuk menentukan adanya capsular antigen dari bakteri : • • • •

H.influenzae N meningitidis N.meningitidis Beberapa species dari streptococci C.neoformans

CIEP • Tes ini dipakai untuk mendeteksi terter dapatnya kapsular antigen di cairan spinal dari : • • • •

H.influenzae tipe-b N.meningitidis S,pneumoniae Strep. Beta-hemoliticus grup-B

Bagaimana kalau kultur negatif ? 1. Antibody detection tests 2 Antigen 2. A i d detection i tests 3. Deteksi nucleic acids dalam spesimen 1. PCR 2. DNA probes

Antibody y detection tests: • Deteksi IgM antibodi merupakan indikasi dari current infection • Terdapatnya rising titre ( 4 x atau lebih) antara acute serum sample daan convalescent sample • Titer IgG antibody tunggal sukar ditafsirk apakah kan k h currentt iinfection f ti atau t previous infection

Serologic g ((antibody-based) y ) Tests • Uji serologis ini untuk : • Diagnosis penyakit infeksi • Diagnosis penyakit autoimmune • Penentuan P t blood bl d ttype d dan HLA ttype

Ujij Serologis g p pada p penyakit y infeksi : 1. Organisme penyebabnya belum dapat di kultur :T.pallidum, Hepatitis A,B,C 2. Organisme penyebabnya sangat berbahaya jika dibiakkan:Rickettsiae 3. Teknik pembiakan belum tersedia: HIV,EBV 4. Masa inkubasi untuk tumbuhnya koloni memerlukan waktu yang sangat lama:Mycoplasma