Essential Cell Biology, Fourth Edition ... - Garland Science

14 downloads 73 Views 629KB Size Report
Essential Cell Biology, Fourth Edition. REFERENCES. Chapter 1. The Unity and Diversity of Life. Andersson SGE (2006) The bacterial world gets smaller.

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Chapter  1     The  Unity  and  Diversity  of  Life   Andersson  SGE  (2006)  The  bacterial  world  gets  smaller.   Science  314:259–260.     Brenner  S,  Jacob  F  &  Meselson  M  (1961)  An  unstable   intermediate  carrying  information  from  genes  to   ribosomes  for  protein  synthesis.  Nature  190:576– 581.     Fraser  CM,  Gocayne  JD,  White  O  et  al  (1995)  The   minimal  gene  complement  of  Mycoplasma   genitalium.  Science  270:397–403.     Harris  JK,  Kelley  ST,  Spiegelman  et  al  (2003)  The   genetic  core  of  the  universal  ancestor.  Genome  Res   13:407–413.     Koonin  EV  (2005)  Orthologs,  paralogs,  and   evolutionary  genomics.  Annu  Rev  Genet  39:309–338.     Watson  JD  &  Crick  FHC  (1953)  Molecular  structure  of   nucleic  acids.  A  structure  for  deoxyribose  nucleic   acid.  Nature  171:737–738.     Yusupov  MM,Yusupova  GZ,  Baucom  A  et  al  (2001)   Crystal  structure  of  the  ribosome  at  5.5  Å  resolution.   Science  292:883–896.    Rhinn  M  et  al.  (2009)  Zebrafish  gbx1  refines  the   midbrain-­‐hindbrain  boundary  border  and  mediates   the  Wnt8  posteriorization  signal.  Neural  Dev  4:12.     Looking  at  Cells  in  the  Light  Microscope     Adams  MC,  Salmon  WC,  Gupton  SL  et  al  (2003)  A  high-­‐ speed  multispectral  spinning-­‐disk  confocal   microscope  system  for  fluorescent  speckle   microscopy  of  living  cells.  Methods  29:29–41.     Agard  DA,  Hiraoka  Y,  Shaw  P  &  Sedat  JW  (1989)   Fluorescence  microscopy  in  three  dimensions.  In   Methods  in  Cell  Biology,  vol  30:  Fluorescence   Microscopy  of  Living  Cells  in  Culture,  part  B  (DL   Taylor,  Y-­‐L  Wang  eds).  San  Diego:  Academic  Press.     Centonze  VE  (2002)  Introduction  to  multiphoton   excitation  imaging  for  the  biological  sciences.   Methods  Cell  Biol  70:129–48.     Chalfie  M,  Tu  Y,  Euskirchen  G  et  al  (1994)  Green   fluorescent  protein  as  a  marker  for  gene  expression.   Science  263:802–805.     Egner  A  et  al.  (2002)  Fast  100-­‐nm  resolution  three-­‐ dimensinoal  microscope  reveals  structural  plasticity   of  mitochondria  in  live  yeast.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA   99(6):  3370-­‐5.     Giepmans  BN,  Adams  SR,  Ellisman  MH  &  Tsien  RY   (2006)  The  fluorescent  toolbox  for  assessing  protein   location  and  function.  Science  312:217–224.    

Harlow  E  &  Lane  D  (1988)  Antibodies.  A  Laboratory   Manual.  Cold  Spring  Harbor,  NY:  Cold  Spring  Harbor   Laboratory  Press.     Haugland  RP  (ed)  (1996)  Handbook  of  Fluorescent   Probes  and  Research  Chemicals,  8th  ed.  Eugene,  OR:   Molecular  Probes,  Inc.  (Available  online  at   http://www.probes.com/)     Jaiswai  JK  &  Simon  SM  (2004)  Potentials  and  pitfalls  of   fluorescent  quantum  dots  for  biological  imaging.   Trends  Cell  Biol  14:497–504.     Jares-­‐Erijman  EA  &  Jovin  TM  (2003)  FRET  imaging.   Nature  Biotech  21:1387–1395.     Lippincott-­‐Shwartz  J,  Altan-­‐Bonnet  N  &  Patterson  G   (2003)  Photobleaching  and  photoactivation:   following  protein  dynamics  in  living  cells.  Nature  Cell   Biol  5:S7–S14.     Michalet  X  et  al.  (2003)  The  power  and  prospects  of   fluorescence  microscopies  and  spectroscopies.  Annu   Rev  Biophys  Biomol  Struct  32:161-­‐82.     Minsky  M  (1988)  Memoir  on  inventing  the  confocal   scanning  microscope.  Scanning  10:128–138.     Miyawaki  A,  Sawano  A  &  Kogure  T  (2003)  Lighting  up   cells:  labeling  proteins  with  fluorophores.  Nature  Cell   Biol  5:S1–S7.     Parton  RM  &  Read  ND  (1999)  Calcium  and  pH  imaging   in  living  cells.  In  Light  Microscopy  in  Biology.  A   Practical  Approach,  2nd  ed.  (Lacey  AJ  ed)  Oxford:   Oxford  University  Press.     Sako  Y  &  Yanagida  T  (2003)  Single-­‐molecule   visualization  in  cell  biology.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol   4:SS1–SS5.     Sekar  RB  &  Periasamy  A  (2003)  Fluorescence   resonance  energy  transfer  (FRET)  microscopy   imaging  of  live  cell  protein  localizations.  J  Cell  Biol   160:629–633.     Shaner  NC,  Steinbach  PA  &  Tsien  RY  (2005)  A  guide  to   choosing  fluorescent  proteins.  Nature  Methods   2:905–909.     Sheetz  MP  (ed)  (1997)  Laser  Tweezers  in  Cell  Biology.   Methods  Cell  Biol  55.     Sluder  G  &  Wolf  DE  (2007)  Video  Microscopy  3rd  ed.   Methods  Cell  Biol  81.     Stevens  DJ  &  Allan  (2003)  Light  Microscopy  Techniques   for  Live  Cell  Imaging.  Science  300:82–86.     Tsien  RY  (2003)  Imagining  imaging’s  future.  Nature  Rev   Mol  Cell  Rev  4:SS16–SS21.     van  Teeffelen  S,  Shaevitz  JW,  Gitai  Z  (2012)  Image   analysis  in  fluorescence  microscopy:  bacterial   dynamics  as  a  case  study.  Bioessays  34(5):  427-­‐36   Weiss  DG,  Maile  W,  Wick  RA  &  Steffen  W  (1999)  Video   microscopy.  In  Light  Microscopy  in  Biology:  A   Practical  Approach,  2nd  ed.  (AJ  Lacey  ed)  Oxford:   Oxford  University  Press.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

White  JG,  Amos  WB  &  Fordham  M  (1987)  An   evaluation  of  confocal  versus  conventional  imaging   of  biological  structures  by  fluorescence  light   microscopy.  J  Cell  Biol  105:41–48.     Zernike  F  (1955)  How  I  discovered  phase  contrast.   Science  121:345–349.       Looking  at  Cells  and  Molecules  in  the  Electron   Microscope     Allen  TD  &  Goldberg  MW  (1993)  High  resolution  SEM   in  cell  biology.  Trends  Cell  Biol  3:203–208.     Baumeister  W  (2002)  Electron  tomography:  towards   visualizing  the  molecular  organization  of  the   cytoplasm.  Curr  Opin  Struct  Biol  12:679–684.     Böttcher  B,  Wynne  SA  &  Crowther  RA  (1997)   Determination  of  the  fold  of  the  core  protein  of   hepatits  B  virus  by  electron  cryomicroscopy.  Nature   386:88–91.     Dubochet  J,  Adrian  M,  Chang  J-­‐J  et  al  (1988)   Cryoelectron  microscopy  of  vitrified  specimens.  Q   Rev  Biophys  21:129–228.     Frank  J  (2003)  Electron  microscopy  of  functional   ribosome  complexes.  Biopolymers  68:223–233.     Hayat  MA  (2000)  Principles  and  Techniques  of  Electron   Microscopy,  4th  ed.  Cambridge:  Cambridge   University  Press.     Heuser  J  (1981)  Quick-­‐freeze,  deep-­‐etch  preparation  of   samples  for  3D  electron  microscopy.  Trends  Biochem   Sci  6:64–68.     Lippincott-­‐Schwartz  J  &  Patterson  GH  (2003)   Development  and  use  of  fluorescent  protein  markers   in  living  cells.  Science  300:87–91.     McIntosh  R,  Nicastro  D  &  Mastronarde  D  (2005)  New   views  of  cells  in  3D:  an  introduction  to  electron   tomography.  Trends  Cell  Biol  15:43–51.     McDonald  KL  &  Auer  M  (2006)  High  pressure  freezing,   cellular  tomography,  and  structural  cell  biology.   Biotechniques  41:137–139.     Pease  DC  &  Porter  KR  (1981)  Electron  microscopy  and   ultramicrotomy.  J  Cell  Biol  91:287s–292s.     Unwin  PNT  &  Henderson  R  (1975)  Molecular  structure   determination  by  electron  microscopy  of  unstained   crystal  specimens.  J  Mol  Biol  94:425–440.      

Chapter  2     The  Chemical  Components  of  a  Cell     Abeles  RH,  Frey  PA  &  Jencks  WP  (1992)  Biochemistry.   Boston:  Jones  &  Bartlett.     Atkins  PW  (1996)  Molecules.  New  York:  WH  Freeman.     Branden  C  &  Tooze  J  (1999)  Introduction  to  Protein   Structure,  2nd  ed.  New  York:  Garland  Science.    

Bretscher  MS  (1985)  The  molecules  of  the  cell   membrane.  Sci  Am  253:100–109.     Burley  SK  &  Petsko  GA  (1988)  Weakly  polar   interactions  in  proteins.  Adv  Protein  Chem  39:125– 189.     De  Duve  C  (2005)  Singularities:  Landmarks  on  the   Pathways  of  Life.  Cambridge:  Cambridge  University   Press.     Dowhan  W  (1997)  Molecular  basis  for  membrane   phospholipid  diversity:  Why  are  there  so  many   lipids?  Annu  Rev  Biochem  66:199–232.     Eisenberg  D  &  Kauzman  W  (1969)  The  Structure  and   Properties  of  Water.  Oxford:  Oxford  University  Press.     Fersht  AR  (1987)  The  hydrogen  bond  in  molecular   recognition.  Trends  Biochem  Sci  12:301–304.     Franks  F  (1993)  Water.  Cambridge:  Royal  Society  of   Chemistry.     Henderson  LJ  (1927)  The  Fitness  of  the  Environment,   1958  ed.  Boston:  Beacon.     Neidhardt  FC,  Ingraham  JL  &  Schaechter  M  (1990)   Physiology  of  the  Bacterial  Cell:  A  Molecular   Approach.  Sunderland,  MA:  Sinauer.     Pauling  L  (1960)  The  Nature  of  the  Chemical  Bond,  3rd   ed.  Ithaca,  NY:  Cornell  University  Press.     Saenger  W  (1984)  Principles  of  Nucleic  Acid  Structure.   New  York:  Springer.     Sharon  N  (1980)  Carbohydrates.  Sci  Am  243:90–116.     Stillinger  FH  (1980)  Water  revisited.  Science  209:451– 457.     Tanford  C  (1978)  The  hydrophobic  effect  and  the   organization  of  living  matter.  Science  200:1012– 1018.     Tanford  C  (1980)  The  Hydrophobic  Effect.  Formation  of   Micelles  and  Biological  Membranes,  2nd  ed.  New   York:  John  Wiley.     White  SH  (2005)  How  hydrogen  bonds  shape   membrane  protein  structure.  Adv  Protein  Chem   72:157-­‐72.    

Chapter  3     Catalysis  and  the  Use  of  Energy  by  Cells     Atkins  PW  (1994)  The  Second  Law:  Energy,  Chaos  and   Form.  New  York:  Scientific  American  Books.     Atkins  PW  &  De  Paula  JD  (2006)  Physical  Chemistry  for   the  Life  Sciences.  Oxford:  Oxford  University  Press.     Baldwin  JE  &  Krebs  H  (1981)  The  Evolution  of   Metabolic  Cycles.  Nature  291:381–382.     Berg  HC  (1983)  Random  Walks  in  Biology.  Princeton,   NJ:  Princeton  University  Press.     Dickerson  RE  (1969)  Molecular  Thermodynamics.   Menlo  Park,  CA:  Benjamin  Cummings.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Dill  KA  &  Bromberg  S  (2003)  Molecular  Driving  Forces:   Statistical  Thermodynamics  in  Chemistry  and   Biology.  New  York:  Garland  Science.     Dressler  D  &  Potter  H  (1991)  Discovering  Enzymes.   New  York:  Scientific  American  Library.     Einstein  A  (1956)  Investigations  on  the  Theory  of   Brownian  Movement.  New  York:  Dover.     Fruton  JS  (1999)  Proteins,  Enzymes,  Genes:  The   Interplay  of  Chemistry  and  Biology.  New  Haven:  Yale   University  Press.     Goodsell  DS  (1991)  Inside  a  living  cell.  Trends  Biochem   Sci  16:203–206.     Karplus  M  &  McCammon  JA  (1986)  The  dynamics  of   proteins.  Sci  Am  254:42–51.     Karplus  M  &  Petsko  GA  (1990)  Molecular  dynamics   simulations  in  biology.  Nature  347:631–639.     Kauzmann  W  (1967)  Thermodynamics  and  Statistics:   with  Applications  to  Gases.  In  Thermal  Properties  of   Matter  Vol  2.  New  York:  WA  Benjamin,  Inc.     Kornberg  A  (1989)  For  the  Love  of  Enzymes.   Cambridge,  MA:  Harvard  University  Press.     Lavenda  BH  (1985)  Brownian  Motion.  Sci  Am  252:70– 85.     Lawlor  DW  (2001)  Photosynthesis,  3rd  ed.  Oxford:   BIOS.     Lehninger  AL  (1971)  The  Molecular  Basis  of  Biological   Energy  Transformations,  2nd  ed.  Menlo  Park,  CA:   Benjamin  Cummings.     Lipmann  F  (1941)  Metabolic  generation  and  utilization   of  phosphate  bond  energy.  Adv  Enzymol  1:99–162.     Lipmann  F  (1971)  Wanderings  of  a  Biochemist.  New   York:  Wiley.     Nisbet  EE  &  Sleep  NH  (2001)  The  habitat  and  nature  of   early  life.  Nature  409:1083–1091.     Racker  E  (1980)  From  Pasteur  to  Mitchell:  a  hundred   years  of  bioenergetics.  Fed  Proc  39:210–215.     Schrödinger  E  (1944  &  1958)  What  is  Life?:  The   Physical  Aspect  of  the  Living  Cell  and  Mind  and   Matter,  1992  combined  ed.  Cambridge:  Cambridge   University  Press.     Shi  Y  (2013)  Common  folds  and  transport  mechanisms   of  secondary  active  transporters.  Ann  Rev  Biophys   42:  51-­‐72.     van  Holde  KE,  Johnson  WC  &  Ho  PS  (2005)  Principles  of   Physical  Biochemistry,  2nd  ed.  Upper  Saddle  River,   NJ:  Prentice  Hall.     Walsh  C  (2001)  Enabling  the  chemistry  of  life.  Nature   409:226–231.     Westheimer  FH  (1987)  Why  nature  chose  phosphates.   Science  235:1173–1178.     Youvan  DC  &  Marrs  BL  (1987)  Molecular  mechanisms   of  photosynthesis.  Sci  Am  256:42–49.      

Chapter  4     The  Shape  and  Structure  of  Proteins     Anfinsen  CB  (1973)  Principles  that  govern  the  folding   of  protein  chains.  Science  181:223–230.     Bray  D  (2005)  Flexible  peptides  and  cytoplasmic  gels.   Genome  Biol  6:106–109.     Burkhard  P,  Stetefeld  J  &  Strelkov  SV  (2001)  Coiled   coils:  a  highly  versatile  protein  folding  motif.  Trends   Cell  Biol  11:82–88.     Caspar  DLD  &  Klug  A  (1962)  Physical  principles  in  the   construction  of  regular  viruses.  Cold  Spring  Harb   Symp  Quant  Biol  27:1–24.     Doolittle  RF  (1995)  The  multiplicity  of  domains  in   proteins.  Annu  Rev  Biochem  64:287–314.     Eisenberg  D  (2003)  The  discovery  of  the  alpha-­‐helix   and  beta-­‐sheet,  the  principle    structural  features  of   proteins.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  100:11207–11210.     Fraenkel-­‐Conrat  H  &  Williams  RC  (1955)  Reconstitution   of  active  tobacco  mosaic  virus  from  its  inactive   protein  and  nucleic  acid  components.  Proc  Natl  Acad   Sci  USA  41:690–698.     Goodsell  DS  &  Olson  AJ    (2000)  Structural  symmetry   and  protein  function.  Annu  Rev  Biophys  Biomol   Struct  29:105–153.     Harrison  SC  (1992)  Viruses.  Curr  Opin  Struct  Biol  2:293– 299.     Harrison  SC  (2004)  Whither  structural  biology?  Nature   Struct  Mol  Biol  11:12–15.     Hudder  A,  Nathanson  L  &  Deutscher  MP  (2003)   Organization  of  mammalian  cytoplasm.  Mol  Cell  Biol   23:9318–9326.     International  Human  Genome  Sequencing  Consortium   (2001)  Initial  sequencing  and  analysis  of  the  human   genome.  Nature  409:860–921.     Meiler  J  &  Baker  D  (2003)  Coupled  prediction  of   protein  secondary  and  tertiary  structure.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  100:12105–12110.     Nomura  M  (1973)  Assembly  of  bacterial  ribosomes.   Science  179:  864–873.     Orengo  CA  &  Thornton  JM  (2005)  Protein  families  and   their  evolution—  a  structural  perspective.  Annu  Rev   Biochem  74:867–900.     Pauling  L  &  Corey  RB  (1951)  Configurations  of   polypeptide  chains  with  favored  orientations  around   single  bonds:  two  new  pleated  sheets.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  37:729–740.     Pauling  L,  Corey  RB  &  Branson  HR  (1951)  The  structure   of  proteins:  two  hydrogen-­‐bonded  helical   configurations  of  the  polypeptide  chain.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  37:205–211.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Ponting  CP,  Schultz  J,  Copley  RR  et  al.  (2000)  Evolution   of  domain  families.  Adv  Protein  Chem  54:185–244.     Reynolds  KA,  Mc  Laughlin  RN,  Ranganathan  R  (2011)   Hot  spots  for  allosteric  regulation  on  protein   surfaces.  Cell  147(7):  1564-­‐75.   Trinick  J  (1992)  Understanding  the  functions  of  titin   and  nebulin.  FEBS  Lett  307:44–48.     Vogel  C,  Bashton  M,  Kerrison  ND  et  al  (2004)     Structure,  function  and  evolution  of  multidomain   proteins.  Curr  Opin  Struct  Biol  14:208–216.     Zhang  C  &  Kim  SH  (2003)  Overview  of  structural   genomics:  from  structure  to  function.  Curr  Opin   Chem  Biol  7:28–32.       Protein  Function     Alberts  B  (1998)  The  cell  as  a  collection  of  protein   machines:  preparing  the  next  generation  of   molecular  biologists.  Cell  92:291–294.     Benkovic  SJ  (1992)  Catalytic  antibodies.  Annu  Rev   Biochem  61:29–54.     Berg  OG  &  von  Hippel  PH  (1985)  Diffusion-­‐controlled   macromolecular  interactions.  Annu  Rev  Biophys   Biophys  Chem  14:131–160.     Bhattacharyya  RP,  Remenyi  A,  Yeh  BJ  &  Lim  WA  (2006)   Domains,  motifs,  and  scaffolds:  The  role  of  modular   interactions  in  the  evolution  and  wiring  of  cell   signaling  circuits.  Annu  Rev  Biochem  75:655–680.     Bourne  HR  (1995)  GTPases:  a  family  of  molecular   switches  and  clocks.  Philos  Trans  R  Soc  Lond  B   349:283–289.     Braden  BC  &  Poljak  RJ  (1995)  Structural  features  of  the   reactions  between  antibodies  and  protein  antigens.   FASEB  J  9:9–16.     Dickerson  RE  &  Geis  I  (1983)  Hemoglobin:  Structure,   Function,  Evolution  and  Pathology.  Menlo  Park,  CA:   Benjamin  Cummings.     Dressler  D  &  Potter  H  (1991)  Discovering  Enzymes.   New  York:  Scientific  American  Library.     Eisenberg  D,  Marcotte,  EM,  Xenarios,  I  &  Yeates  TO   (2000)  Protein  function  in  the  post-­‐genomic  era.   Nature  405:823–826.     Fersht  AR  (1999)  Structure  and  Mechanisms  in  Protein   Science:  A  Guide  to  Enzyme  Catalysis.  New  York:  WH   Freeman.     Johnson,  LN  &  Lewis  RJ  (2001)  Structural  basis  for   control  by  phosphorylation.  Chem  Rev  101:2209– 2242.     Kantrowitz  ER  &  Lipscomb  WN  (1988)  Escherichia  coli   aspartate  transcarbamoylase:  the  relation  between   structure  and  function.  Science  241:669–674.     Khosla  C  &  Harbury  PB  (2001)  Modular  enzymes.   Nature  409:247–252.    

Kim  E  &  Sheng  M  (2004)  PDZ  domain  proteins  of   synapses.  Nature  Rev  Neurosci  5:771–781.     Koshland  DE,  Jr  (1984)  Control  of  enzyme  activity  and   metabolic  pathways.  Trends  Biochem  Sci  9:155–159.     Kraut  DA,  Carroll  KS  &  Herschlag  D  (2003)  Challenges  in   enzyme  mechanism  and  energetics.  Annu  Rev   Biochem  72:517–571.     Krogan  NJ,  Cagney  G,  Yu  H  et  al  (2006)  Global   landscape  of  protein  complexes  in  the  yeast   Saccharomyces  cerevisisae.  Nature  440:637–643.     Lichtarge  O,  Bourne  HR  &  Cohen  FE  (1996)  An   evolutionary  trace  method  defines  binding  surfaces   common  to  protein  families.  J  Mol  Biol  257:342–358.     Marcotte  EM,  Pellegrini  M,  Ng  HL  et  al  (1999)   Detecting  protein  function  and  protein–protein   interactions  from  genome  sequences.  Science   285:751–753.     Monod  J,  Changeux  JP  &  Jacob  F  (1963)  Allosteric   proteins  and  cellular  control  systems.  J  Mol  Biol   6:306–329.     Pawson  T  &  Nash  P  (2003)  Assembly  of  regulatory   systems  through  protein  interaction  domains.   Science  300:445–452.     Pavletich  NP  (1999)  Mechanisms  of  cyclin-­‐dependent   kinase  regulation:  structures  of  Cdks,  their  cyclin   activators,  and  Cip  and  INK4  inhibitors.  J  Mol  Biol   287:821–828.     Pellicena  P  &  Kuriyan  J  (2006)  Protein-­‐protein   interactions  in  the  allosteric  regulation  of  protein   kinases.  Curr  Opin  Struct  Biol  16:702–709.     Perutz  M  (1990)  Mechanisms  of  Cooperativity  and   Allosteric  Regulation  in  Proteins.  Cambridge:   Cambridge  University  Press.     Raushel  F,  Thoden,  JB  &  Holden  HM  (2003)  Enzymes   with  molecular  tunnels.  Acc  Chem  Res  36:539–548.     Radzicka  A  &  Wolfenden  R  (1995)  A  proficient  enzyme.   Science  267:90–93.     Sato  TK,  Overduin  M  &  Emr  S  (2001)  Location,  location,   location:  Membrane  targeting  directed  by  PX   domains.  Science  294:1881–1885.     Schramm  VL  (1998)  Enzymatic  transition  states  and   transition  state  analog  design.  Annu  Rev  Biochem   67:693–720.     Schultz  PG  &  Lerner  RA  (1995)  From  molecular   diversity  to  catalysis:  lessons  from  the  immune   system.  Science  269:1835–1842.     Vale  RD  &  Milligan  RA  (2000)  The  way  things  move:   looking  under  the  hood  of  molecular  motor  proteins.   Science  288:88–95.     Vocadlo  DJ,  Davies  GJ,  Laine  R  &  Withers  SG  (2001)   Catalysis  by  hen  egg-­‐white  lysozyme  proceeds  via  a   covalent  intermediate.  Nature  412:835–838.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Walsh  C  (2001)  Enabling  the  chemistry  of  life.  Nature   409:226–231.     Yang  XJ  (2005)  Multisite  protein  modification  and   intramolecular  signaling.  Oncogene  24:1653–1662.     Zhu  H,  Bilgin  M  &  Snyder  M  (2003)  Proteomics.  Annu   Rev  Biochem  72:783–812.       Purifying  Proteins     de  Duve  C  &  Beaufay  H  (1981)  A  short  history  of  tissue   fractionation.  J  Cell  Biol  91:293s–299s.     Krogan  NJ,  Cagney  G,  Yu  H  et  al  (2006)  Global   landscape  of  protein  complexes  in  the  yeast   Saccharomyces  cerevisiae.  Nature  440:637–43.     Laemmli  UK  (1970)  Cleavage  of  structural  proteins   during  the  assembly  of  the  head  of  bacteriophage   T4.  Nature  227:680–685.     Nirenberg  MW  &  Matthaei  JH  (1961)  The  dependence   of  cell-­‐free  protein  synthesis  in  E.  coli  on  naturally   occurring  or  synthetic  polyribonucleotides.  Proc  Natl   Acad  Sci.  USA  47:1588–1602.     O’Farrell  PH  (1975)  High-­‐resolution  two-­‐dimensional   electrophoresis  of  proteins.  J  Biol  Chem  250:4007– 4021.     Palade  G  (1975)  Intracellular  aspects  of  the  process  of   protein  synthesis.  Science  189:347–358.     Scopes  RK  &  Cantor  CR  (1994)  Protein  Purification:   Principles  and  Practice,  3rd  ed.  New  York:  Springer-­‐ Verlag.     Strucutral  Genomics  Consortium  et  al  (2008)  Protein   production  and  purification.  Nat  Methods  5(2):  135-­‐ 46.     Analyzing  Proteins     Branden  C  &  Tooze  J  (1999)  Introduction  to  Protein   Structure,  2nd  ed.  New  York:  Garland  Science.     Fields  S  &  Song  O  (1989)  A  novel  genetic  system  to   detect  protein–protein  interactions.  Nature   340:245–246.     Giepmans  BN,  Adams  SR  et  al  (2006)  The  fluorescent   toolbox  for  assessing  protein  location  and  function.   Science  312:217–24.     Kendrew  JC  (1961)  The  three-­‐dimensional  structure  of   a  protein  molecule.  Sci  Am  205:96–111.     Knight  ZA  &  Shokat  KM  (2007)  Chemical  genetics:   Where  genetics  and  pharmacology  meet.  Cell   128:425–30.     Rigaut  G,  Shevchenko  A,  Rutz  B  et  al  (1999)  A  generic   protein  purification  method  for  protein  complex   characterization  and  proteome  exploration.  Nature   Biotechnol  17:1030–1032.     Washburn  MP,  Wolters  D  and  Yates  JR  (2001)  Large-­‐ scale  analysis  of  the  yeast  proteome  by  

multidimensional  protein  identification  technology.   Nature  Biotechnol  19:242–7.     Wuthrich  K  (1989)  Protein  structure  determination  in   solution  by  nuclear  magnetic  resonance   spectroscopy.  Science  243:45–50.      

Chapter  5     The  Structure  and  Function  of  DNA     Avery  OT,  MacLeod  CM  &  McCarty  M  (1944)  Studies  on   the  chemical  nature  of  the  substance  inducing   transformation  of  pneumococcal  types.  J  Exp  Med   79:137–158.     Meselson  M  &  Stahl  FW  (1958)  The  replication  of  DNA   in  E.  coli.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  44:671–682.     Watson  JD  &  Crick  FHC  (1953)  Molecular  structure  of   nucleic  acids.  A  structure  for  deoxyribose  nucleic   acids.  Nature  171:737–738.       Chromosomal  DNA  and  Its  Packaging  in  the   Chromatin  Fiber     Jin  J,  Cai  Y,  Li  B  et  al  (2005)  In  and  out:  histone  variant   exchange  in  chromatin.  Trends  Biochem  Sci  30:680– 687.     Kornberg  RD  &  Lorch  Y  (1999)  Twenty-­‐five  years  of  the   nucleosome,  fundamental  particle  of  the  eukaryote   chromosome.  Cell  98:285–294.     Li  G,  Levitus  M,  Bustamante  C  &  Widom  J  (2005)  Rapid   spontaneous  accessibility  of  nucleosomal  DNA.   Nature  Struct  Mol  Biol  12:46–53.     Lorch  Y,  Maier-­‐Davis  B  &  Kornberg  RD  (2006)   Chromatin  remodeling  by  nucleosome  disassembly   in  vitro.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  103:3090–3093.     Luger  K,  Mader  AW,  Richmond  RK  et  al  (1997)  Crystal   structure  of  the  nucleosome  core  particle  at  2.8  Å   resolution.  Nature  389:251–260.     Luger  K  &  Richmond  TJ  (1998)  The  histone  tails  of  the   nucleosome.  Curr  Opin  Genet  Dev  8:140–146.     Malik  H  S  &  Henikoff  S  (2003)  Phylogenomics  of  the   nucleosome  Nature  Struct  Biol  10:882-­‐891.     Ried  T,  Schrock  E,  Ning  Y  &  Wienberg  J  (1998)   Chromosome  painting:  a  useful  art.  Hum  Mol  Genet   7:1619–1626.     Robinson  PJ  &  Rhodes  R  (2006)  Structure  of  the  30  nm   chromatin  fibre:  A  key  role  for  the  linker  histone.   Curr  Opin  Struct  Biol  16:1–8.     Saha  A,  Wittmeyer  J  &  Cairns  BR  (2006)  Chromatin   remodeling:  the  industrial  revolution  of  DNA  around   histones.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:437–446.     Woodcock  CL  (2006)  Chromatin  architecture.  Curr  Opin   Struct  Biol  16:213–220.      

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

The  Regulation  of  Chromatin  Structure     Burgess  RJ,  Zhang  Z  (2010)  Histones,  histone   chaperone  and  nucleosome  assembly.  Protein  Cell   1(7):  607-­‐12.     Egger  G,  Liang,  G,  Aparicio  A  &  Jones  PA  (2004)   Epigenetics  in  human  disease  and  prospects  for   epigenetic  therapy.  Nature  429:457–463.     Henikoff  S  (1990)  Position-­‐effect  variegation  after  60   years.  Trends  Genet  6:422–426.     Henikoff  S  &  Ahmad  K  (2005)  Assembly  of  variant   histones  into  chromatiin.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol   21:133–153.     Gaszner  M  &  Felsenfeld  G  (2006)  Insulators:  exploiting   transcriptional  and  epigenetic  mechanisms.  Nature   Rev  Genet  7:703–713.     Hake  SB  &  Allis  CD  (2006)  Histone  H3  variants  and  their   potential  role  in  indexing  mammalian  genomes:  the   “H3  barcode  hypothesis.”  Proc  Natl  Acad  Sci  USA   103:6428–6435.     Jenuwein  T  (2006)  The  epigenetic  magic  of  histone   lysine  methylation.  FEBS  J  273:3121–3135.     Martin  C  &  Zhang  Y  (2005)  The  diverse  functions  of   histone  lysine  methylation.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol   6:838–849.     Mellone  B,  Erhardt  S  &  Karpen  GH  (2006)  The  ABCs  of   centromeres.  Nature  Cell  Biol  8:427–429.     Peterson  CL  &  Laniel  MA  (2004)  Histones  and  histone   modifications.  Curr  Biol  14:R546–R551.     Ruthenburg  AJ,  Allis  CD  &  Wysocka  J  (2007)   Methylation  of  lysine  4  on  histone  H3:  intricacy  of   writing  and  reading  a  single  epigenetic  mark.  Mol   Cell  25:15–30.     Shahbazian  MD  &  Grunstein  M  (2007)  Functions  of   site-­‐specific  histone  acetylation  and  deacetylation.   Annu  Rev  Biochem  76:75–100.   Zentner  GE,  Henikoff  S  (2013)  Regulation  of   nucleosome  dynamics  by  histone  modifications.  Nat   Struct  Mol  Biol  20(3):  259-­‐66.       The  Global  Structure  of  Chromosomes     Akhtar  A  &  Gasser  SM  (2007)  The  nuclear  envelope   and  transcriptional  control.  Nature  Rev  Genet  8:507– 517.     Callan  HG  (1982)  Lampbrush  chromosomes.  Proc  Roy   Soc  Lond  Ser  B  21:417–448.     Chakalova  L,  Debrand  E,    Mitchel  JA  et  al  (2005)   Replication  and  transcription:  shaping  the  landscape   of  the  genome.  Nature  Rev  Genet  6:669–678.     Cremer  T,  Cremer  M,  Dietzel  S  et  al  (2006)   Chromosome  territories—a  functional  nuclear   landscape.  Curr  Opin  Cell  Biol  18:307–316.     Ebert  A,  Lein  S,  Schotta  G  &  Reuter  G  (2006)  Histone   modification  and  the  control  of  heterochromatic  

gene  silencing  in  Drosophila.  Chromosome  Res   14:377–392.     Fraser  P  &  Bickmore  W  (2007)  Nuclear  organization  of   the  genome  and  the  potential  for  gene  regulation.   Nature  447:413–417.     Handwerger  KE  &  Gall  JG  (2006)  Subnuclear  organelles:   new  insights  into  form  and  function.  Trends  Cell  Biol   16:19–26.     Hirano  T  (2006)  At  the  heart  of  the  chromosome:  SMC   proteins  in  action.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:311– 322.     Lamond  AI  &  Spector  DL  (2003)  Nuclear  speckles:  a   model  for  nuclear  organelles.  Nature  Rev  Mol  Cell   Biol  4:605–612.     Maeshima  K  &  Laemmli  UK  (2003)  A  two-­‐step   scaffolding  model  for  mitotic  chromosome  assembly.   Dev  Cell  4:467–480.     Sims  JK,  Houston  SI,  Magazinnik  T  &  Rice  JC  (2006)  A   trans-­‐tail  histone  code  defined  by  monomethylated   H4  Lys-­‐20  and  H3  Lys-­‐9  demarcates  distinct  regions   of  silent  chromatin.  J  Biol  Chem  281:12760–12766.     Speicher  MR  &  Carter  NP  (2005)  The  new  cytogenetics:   blurring  the  boundaries  with  molecular  biology.   Nature  Rev  Genet  6:782–792.     Zhimulev  IF  (1998)  Morphology  and  structure  of   polytene  chromosomes.  Adv  Genet  37:1–566.      

Chapter  6     The  Maintenance  of  DNA  Sequences     Cooper  GM,  Brudno  M,  Stone  ES  et  al  (2004)   Characterization  of  evolutionary  rates  and   constraints  in  three  mammalian  genomes.  Genome   Res  14:539–548.     Crow  JF  (2000)  The  origins,  patterns  and  implications   of  human  spontaneous  mutation.  Nature  Rev  Genet   1:40–47.     Hedges  SB  (2002)  The  origin  and  evolution  of  model   organisms.  Nature  Rev  Genet  3:838–849.     King  MC,  Wilson  AC  (1965)  Evolution  at  two  levels  in   humans  and  chimpanzees.  Science  188:107–16.       DNA  Replication  Mechanisms     Alberts  B  (1998)  The  cell  as  a  collection  of  protein   machines:    preparing  the  next  generation  of   molecular  biologists.  Cell  92:291–294.     Dillingham  MS  (2006)  Replicative  helicases:  a  staircase   with  a  twist.  Curr  Biol  16:R844–R847.     Indiani  C  &  O’Donnell  M  (2006)  The  replication  clamp-­‐ loading  machine  at  work  in  the  three  domains  of  life.   Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:751–761.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Kornberg  A  (1960)  Biological  synthesis  of  DNA.  Science   131:1503–1508.     Li  JJ  &  Kelly  TJ  (1984)  SV40  DNA  replication  in  vitro.   Proc  Natl  Acad  Sci  USA  81:6973.     Meselson  M  &  Stahl  FW  (1958)  The  replication  of  DNA   in  E.  coli.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  44:671–682.     Modrich  P  &  Lahue  R  (1996)  Mismatch  repair  in   replication  fidelity,  genetic  recombination,  and   cancer  biology.  Annu  Rev  Biochem  65:101–133.     Mott  ML  &  Berger  JM  (2007)  DNA  replication  initiation:   mechanisms  and  regulation  in  bacteria.  Nature  Rev   Microbiol  5:343–354.     O’Donnell  M  (2006)  Replisome  architecture  and   dynamics  in  E.  coli.  J  Biol  Chem  281:10653–10656.     Okazaki  R,  Okazaki  T,  Sakabe  K  et  al.  (1968)  Mechanism   of  DNA  chain  growth.  I.  Possible  discontinuity  and   unusual  secondary  structure  of  newly  synthesized   chains.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  59:598–605.     Raghuraman  MK,  Winzeler  EA,  Collingwood  D  et  al   (2001)  Replication  dynamics  of  the  yeast  genome.   Science  294:115–121.     Rao  PN  &  Johnson  RT  (1970)  Mammalian  cell  fusion:   studies  on  the  regulation  of  DNA  synthesis  and   mitosis.  Nature  225:159.     Wang  JC  (2002)  Cellular  roles  of  DNA  topoisomerases:   a  molecular  perspective.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol   3:430–440.       The  Initiation  and  Completion  of  DNA  Replication  in   Chromosomes     Aves  SJ  (2009)  DNA  replication  initiation.  Methods  Mol   Biol  521:3-­‐17   Chan  SR  &  Blackburn  EH  (2004)  Telomeres  and   telomerase.  Philos  Trans  R  Soc  Lond  B  Bio  Sci   359:109–121.     Costa  S  &  Blow  JJ  (2007)  The  elusive  determinants  of   replication  origins.  EMBO  Rep  8:332–334.     Groth  A,  Rocha  W  &  Almouzni  G  (2007)  Chromatin   challenges  during  DNA  replication  and  repair.  Cell   128:721–733.     Machida  YJ,  Hamlin  JL  &  Dutta  A  (2005)  Right  place,   right  time,  and  only  once:  replication  initiation  in   metazoans.  Cell  123:13–24.     O’Donnell  M  &  Kuriyan  J  (2005)  Clamp  loaders  and   replication  initiation.  Curr  Opin  Struct  Biol  16:35–41.     O’Sullivant  RJ  and  KArlseder  J  (2010)  Telomeres:   protecting  chromosomes  against  genome  instability.   Nat  Rev  Mol  Cell  Biol  11(3):  171-­‐81.   Murnane  JP  (2012)  Telomere  dysfunction  and   chromosome  instability.  Mutat  Res  730(1-­‐2):  28-­‐36.   Robinson  NP  &  Bell  SD  (2005)  Origins  of  DNA   replication  in  the  three  domains  of  life.  FEBS  J   272:3757–3766.    

Smogorzewska  A  &  de  Lange  T  (2004)  Regulation  of   telomerase  by  telomeric  proteins.  Annu  Rev  Biochem   73:177–208.       DNA  Repair     Barnes  DE,  &  Lindahl  T  (2004)  Repair  and  genetic   consequences  of  endogenous  DNA  base  damage  in   mammalian  cells.  Annu  Rev  Genet  38:445–476.     Harrison  JC  &  Haber  JE  (2006)  Surviving  the  breakup:   the  DNA  damage  checkpoint.  Annu  Rev  Genet   40:209–235.     Heller  RC  &  Marians  KJ  (2006)  Replisome  assembly  and   the  direct  restart  of  stalled  replication.  Nature  Rev   Mol  Cell  Biol  7:932–43.     Lieber  M,  Ma  Y  et  al  (2003)  Mechanism  and  regulation   of  human  nonhomologous  DNA  end-­‐joining.  Nature   Rev  Mol  Cell  Biol  4:712–720.     Lindahl  T  (1993)  Instability  and  decay  of  the  primary   structure  of  DNA.  Nature  362:709–715.     Prakash  S  &  Prakash  L  (2002)  Translesion  DNA   synthesis  in  eukaryotes:  a  one-­‐  or  two-­‐polymerase   affair.  Genes  Dev  16:1872–1883.     Sancar  A,  Lindsey-­‐Boltz  LA  et  al.  (2004)  Molecular   mechanisms  of  mammalian  DNA  repair  and  the  DNA   damage  checkpoints.  Annu  Rev  Biochem  73:39–85.     Svejstrup  JQ  (2002)  Mechanisms  of  transcription-­‐ coupled  DNA  repair.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:21– 29.     Wyman  C  &  Kanaar  R  (2006)  DNA  double-­‐strand  break   repair:  all’s  well  that  ends  well.  Annu  Rev  Genet   40:363–383.       Homologous  Recombination     Adams  MD,  McVey  M  &  Sekelsky  JJ  (2003)  Drosophila   BLM  in  double-­‐strand  break  repair  by  synthesis-­‐ dependent  strand  annealing.  Science  299:265–267.     Cox  MM  (2001)  Historical  overview:  searching  for   replication  help  in  all  of  the  rec  places.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  98:8173–8180.     Holliday  R  (1990)  The  history  of  the  DNA  heteroduplex.   BioEssays  12:133–142.     Lisby  M,  Bartow  JH  et  al  (2004)  Choreography  of  the   DNA  damage  response:  spatiotemporal  relationships   among  checkpoint  and  repair  proteins.  Cell  118:699– 713.     Li  X,  Heyer  WD  (2008)  Homologous  recombination  in   DNA  repair  and  DNa  damage  tolerance.  Cell  Res   18(1):  99-­‐113.     McEachern  MJ  &  Haber  JE  (2006)  Break-­‐induced   replication  and  recombinational  telomere  elongation   in  yeast.  Annu  Rev  Biochem  75:111–135.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Michel  B,  Gromponee  G  et  al  (2004)  Multiple  pathways   process  stalled  replication  forks.  Proc  Natl  Acad  Sci   USA  101:12783–12788.     Szostak  JW,  Orr-­‐Weaver  TK,  Rothstein  RJ  et  al  (1983)   The  double-­‐strand  break  repair  model  for   recombination.  Cell  33:25–35.     West  SC  (2003)  Molecular  views  of  recombination   proteins  and  their  control.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol   4:435–445.      

Chapter  7     From  DNA  to  RNA     Adams  RL,  Wente  SR  (2013)  Uncovering  nuclear  pore   complexity  with  innovation.  Cell  152(6):  1218-­‐21.       Bentley  DL  (2005)  Rules  of  engagement:  co-­‐ transcriptional  recruitment  of  pre-­‐mRNA  processing   factors.  Curr  Opin  Cell  Biol  17:251–256.     Berget  SM,  Moore  C  &  Sharp  PA  (1977)  Spliced   segments  at  the  5¢  terminus  of  adenovirus  2  late   mRNA.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  74:3171–3175.     Black  DL  (2003).  Mechanisms  of  alternative  pre-­‐ messenger  RNA  splicing.  Annu  Rev  Biochem  72:291– 336.     Brenner  S,  Jacob  F  &  Meselson  M  (1961)  An  unstable   intermediate  carrying  information  from  genes  to   ribosomes  for  protein  synthesis.  Nature  190:576– 581.     Cate  JH,  Gooding  AR,  Podell  E  et  al.  (1996)  Crystal   structure  of  a  group  I  ribozyme  domain:  principles  of   RNA  packing.  Science  273:1678–1685.     Chow  LT,  Gelinas  RE,  Broker  TR  et  al  (1977)  An  amazing   sequence  arrangement  at  the  5¢  ends  of  adenovirus   2  messenger  RNA.  Cell  12:1–8.     Cramer  P  (2002)  Multisubunit  RNA  polymerases.  Curr   Opin  Struct  Biol  12:89–97.     Daneholt  B  (1997)  A  look  at  messenger  RNP  moving   through  the  nuclear  pore.  Cell  88:585–588.     Dreyfuss  G,  Kim  VN,  &  Kataoka  N  (2002)  Messenger-­‐ RNA-­‐binding  proteins  and  the  messages  they  carry.   Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:195–205.     Houseley  J,  LaCava  J  &  Tollervey  D  (2006)  RNA-­‐quality   control  by  the  exosome.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol   7:529–539.     Izquierdo  JM,  &  Valcárcel  J  (2006)  A  simple  principle  to   explain  the  evolution  of  pre-­‐mRNA  splicing.  Genes   Dev  20:1679–1684.     Kornberg  RD  (2005)  Mediator  and  the  mechanism  of   transcriptional  activation.  Trends  Biochem  Sci   30:235–239.    

Malik  S  &  Roeder  RG  (2005)  Dynamic  regulation  of  pol   II  transcription  by  the  mammalian  Mediator   complex.  Trends  Biochem  Sci  30:256–263.     Matsui  T,  Segall  J,  Weil  PA  &  Roeder  RG  (1980)   Multiple  factors  required  for  accurate  initiation  of   transcription  by  purified  RNA  polymerase  II.  J  Biol   Chem  255:11992–11996.     Patel  AA  &  Steitz  JA  (2003)  Splicing  double:  insights   from  the  second  spliceosome.  Nature  Rev  Mol  Cell   Biol  4|:960–970.     Phatnani  HP  &  Greenleaf  AL  (2006)  Phosphorylation   and  functions  of  the  RNA  polymerase  II  CTD.  Genes   Dev  20:2922–2936.     Query  CC  &  Konarska  MM  (2006)  Splicing  fidelity   revisited.  Nature  Struct  Mol  Biol  13:472–474.     Ruskin  B,  Krainer  AR,  Maniatis  T  et  al  (1984)  Excision  of   an  intact  intron  as  a  novel  lariat  structure  during  pre-­‐ mRNA  splicing  in  vitro.  Cell  38:317–331.     Spector  DL  (2003)  The  dynamics  of  chromosome   organization  and  gene  regulation.  Annu  Rev  Biochem   72:573–608.     Staley  JP  &  Guthrie  C  (1998)  Mechanical  devices  of  the   spliceosome:  motors,  clocks,  springs,  and  things.  Cell   92:315–326.     Thomas  MC  &  Chiang  CM  (2006)  The  general   transcription  machinery  and  general  cofactors.   Critical  Rev  Biochem  Mol  Biol  41:105–178.     Wang  D,  Bushnell  DA,  Westover  KD  et  al  (2006)   Structural  basis  of  transcription:  role  of  the  trigger   loop  in  substrate  specificity  and  catalysis.  Cell   127:941–954.       From  RNA  to  Protein     Allen  GS  &  Frank  J  (2007)  Structural  insights  on  the   translation  initiation  complex:  ghosts  of  a  universal   initiation  complex.  Mol  Microbiol  63:941–950.     Anfinsen  CB  (1973)  Principles  that  govern  the  folding   of  protein  chains.  Science  181:223–230.     Brunelle  JL,  Youngman  EM,  Sharma  D  et  al  (2006)  The   interaction  between  C75  of  tRNA  and  the  A  loop  of   the  ribosome  stimulates  peptidyl  transferase   activity.  RNA  12:33–39.     Chien  P,  Weissman  JS,  &  DePace  AH  (2004).  Emerging   principles  of  conformation-­‐based  prion  inheritance.   Annu  Rev  Biochem  73:617–656.     Crick  FHC  (1966)  The  genetic  code:  III.  Sci  Am  215:55– 62.     Da  Fonseca  PC,  He  J,  Morriss  EP  (2012)  Molecular   model  of  the  human  26S  proteasome.  Mol  Cell   46:54-­‐66.   Fabian  MR,  Sonenberg  N,  Filipowicz  W  (2010)   Regulation  of  mRNA  translation  and  stability  by   microRNAs.  Annu  Rev  Biochem  79:351-­‐79.  

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Hershko  A,  Ciechanover  A  &  Varshavsky  A  (2000)  The   ubiquitin  system.  Nature  Med  6:1073–1081.     Ibba  M  &  Soll  D  (2000)  Aminoacyl-­‐tRNA  synthesis.   Annu  Rev  Biochem  69:617–650.     Kornblihtt  AR  et  al.  (2013)  Alternative  splicing:  a   pivitorl  step  between  eukaryotic  transcription  and   translation.  Nat  Rev  Mol  Cell  Biol  14(3):  153-­‐165.     Kozak  M  (1992)  Regulation  of  translation  in  eukaryotic   systems.  Annu  Rev  Cell  Biol  8:197–225.     Kuzmiak  HA,  &  Maquat  LE  (2006)  Applying  nonsense-­‐ mediated  mRNA  decay  research  to  the  clinic:   progress  and  challenges.  Trends  Mol  Med  12:306– 316.     Moore  PB  &  Steitz  TA  (2005)  The  ribosome  revealed.   Trends  Biochem  Sci  30:281–283.     Noller  HF  (2005)  RNA  structure:  reading  the  ribosome.   Science  309:1508–1514.     Ogle  JM,  Carter  AP  &  Ramakrishnan  V  (2003)  Insights   into  the  decoding  mechanism  from  recent  ribosome   structures.  Trends  Biochem  Sci  28:259–266.     Prusiner  SB  (1998)  Nobel  lecture.  Prions.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  95:13363–13383.     Rehwinkel  J,  Raes  J  &  Izaurralde  E  (2006)  Nonsense-­‐ mediated  mRNA  decay:  Target  genes  and  functional   diversification  of  effectors.  Trends  Biochem  Sci   31:639–646.     Sauer  RT,  Bolon  DN,  Burton  BM  et  al  (2004)  Sculpting   the  proteome  with  AAA(+)  proteases  and   disassembly  machines.  Cell  119:9–18.     Shorter  J  &  Lindquist  S  (2005)  Prions  as  adaptive   conduits  of  memory  and  inheritance.  Nature  Rev   Genet  6:435–450.     Varshavsky  A  (2005)  Regulated  protein  degradation.   Trends  in  Biochem  Sci  30:283–286.     Voges  D,  Zwickl  P  &  Baumeister  W  (1999)  The  26S   proteasome:  a  molecular  machine  designed  for   controlled  proteolysis.  Annu  Rev  Biochem  68:1015– 1068.     Weissmann  C  (2005)  Birth  of  a  prion:  spontaneous   generation  revisited.  Cell  122:165–168.     Young  JC,  Agashe  VR,  Siegers  K  et  al  (2004)  Pathways   of  chaperone-­‐mediated  protein  folding  in  the   cytosol.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  5:781–791.       The  RNA  World  and  the  Origins  of  Life     Joyce  GF  (1992)  Directed  molecular  evolution.  Sci  Am   267:90–97.     Orgel  L  (2000)  Origin  of  life.  A  simpler  nucleic  acid.   Science  290:1306–1307.     Kruger  K,  Grabowski  P,  Zaug  P  et  al  (1982)  Self-­‐splicing   RNA:  Autoexcision  and  autocyclization  of  the   ribosomal  RNA  intervening  seuence  of  Tetrahymena.   Cell  31:147–157.    

Silverman  SK  (2003)  Rube  Goldberg  goes  (ribo)nuclear?   Molecular  switches  and  sensors  made  from  RNA.   RNA  9:377–383.     Szostak  JW,  Bartel  DP  &  Luisi  PL  (2001)  Synthesizing   life.  Nature  409:387–390.      

Chapter  8     An  Overview  of  Gene  Control     Campbell  KH,  McWhir  J,  Ritchie  WA  &  Wilmut  I  (1996)   Sheep  cloned  by  nuclear  transfer  from  a  cultured  cell   line.  Nature  380:64–66.     Davidson  EH  (2006)  The  Regulatory  Genome:  Gene   Regulatory  Networks  in  Development  and  Evolution.   Burlington,  MA:  Elsevier.     Gurdon  JB  (1992)  The  generation  of  diversity  and   pattern  in  animal  development.  Cell  68:185–199.     Levine  M  &  Tjian  R  (2003)  Transcription  regulation  and   animal  diversity.  Nature  424:147–151.     Roberts  TC,  Morris  KV,  Weinberg  MS  (2013)   Perspectives  on  the  mechanism  of  transcriptional   regulation  by  long  non-­‐coding  RNAs.  Epigenetics   (9)1.     Ross  DT,  Scherf  U,  Eisen  MB  et  al  (2000)  Systematic   variation  in  gene  expression  patterns  in  human   cancer  cell  lines.  Nature  Genet  24:227–235.     Marro  S  et  al.  (2011)  Direct  lineage  conversion  of   terminally  differentiated  hepatocytes  to  functional   neurons.  Cell  Stem  Cell  9:374-­‐378.       DNA-­‐binding  Motifs  in  Gene  Regulatory  Proteins     Gehring  WJ,  Affolter  M  &  Burglin  T  (1994)   Homeodomain  proteins.  Annu  Rev  Biochem  63:487– 526.     Harbison  CT,  Gordon  DB,  Lee  TI  et  al  (2004)   Transcriptional  regulatory  code  of  a  eukaryotic   genome.  Nature  431:99–104.     Luscombe  NM,  Austin  SE,  Berman  HM,  et  al  (2000)  An   overview  of  the  structures  of  protein–DNA   complexes.  Gen  Biol  1:reviews  001.1–001.37.     McKnight  SL  (1991)  Molecular  zippers  in  gene   regulation.  Sci  Am  264:54–64.     Pabo  CO  &  Sauer  RT  (1992)  Transcription  factors:   structural  families  and  principles  of  DNA  recognition.   Annu  Rev  Biochem  61:1053–1095.     Rhodes  D  &  Klug  A  (1993)  Zinc  fingers.  Sci  Am  268:56– 65.     Seeman  NC,  Rosenberg  JM  &  Rich  A  (1976)  Sequence-­‐ specific  recognition  of  double  helical  nucleic  acids  by   proteins.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  73:804–808.        

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

How  Genetic  Switches  Work     Becker  PB  &  Hörz  W  (2002)  ATP-­‐dependent   nucleosome  remodeling.  Annu  Rev  Biochem  71:247– 273.     Beckwith  J  (1987)  The  operon:  an  historical  account.  In   Escherichia  coli  and  Salmonella  typhimurium:   Cellular  and  Molecular  Biology  (Neidhart  FC,   Ingraham  JL,  Low  KB  et  al  eds),  vol  2,  pp  1439–1443.   Washington,  DC:  ASM  Press.     Gaszner  M  &  Felsenfeld  G  (2006)  Insulators:  exploiting   transcriptional  and  epigenetic  mechanisms.  Nature   Rev  Genet  7:703–713.     Gilbert  W  and  Müller-­‐Hill  B  (1967)  The  lac  operator  is   DNA.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  58:2415.     Green  MR  (2005)  Eukaryotic  transcription  activation:   right  on  target.  Mol  Cell  18:399–402.     Jacob  F  &  Monod  J  (1961)  Genetic  regulatory   mechanisms  in  the  synthesis  of  proteins.  J  Mol  Biol   3:318–356.     Lawson  CL,  Swigon  D,  Murakami  KS  et  al  (2004)   Catabolite  activator  protein:  DNA  binding  and   transcription  activation.  Curr  Opin  Struct  Biol  14:10– 20.     Millar  CB,  &  Grunstein  M  (2006)  Genome-­‐wide   patterns  of  histone  modifications  in  yeast.  Nature   Rev  Mol  Cell  Biol  7:657–666.     Narlikar  GJ,  Fan  HY  &  Kingston  RE  (2002)  Cooperation   between  complexes  that  regulate  chromatin   structure  and  transcription.  Cell  108:475–487.     Oehler  S,  Eismann  ER,  Krämer  H  et  al  (1990)  The  three   operators  of  the  lac  operon  cooperate  in  repression.   EMBO  J  9:973–979.     Ptashne  M  (2004)  A  Genetic  Switch:    Phage  and   Lambda  Revisited,  3rd  ed.  Cold  Spring  Harbor,  NY:     Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press.     Ptashne  M  (1967)  Specific  binding  of  the  lambda  phage   repressor  to  lambda  DNA.  Nature  214:232–234.     St  Johnston  D  &  Nusslein-­‐Volhard  C  (1992)  The  origin   of  pattern  and  polarity  in  the  Drosophila  embryo.   Cell  68:201–219.     Strahl  BD  &  Allis  CD  (2000)  The  language  of  covalent   histone  modifications.  Nature  403:41–45.       The  Molecular  Genetic  Mechanisms  that  Create   Specialized  Cell  Types     Alon,  U  (2006)  An  Introduction  to  Systems  Biology:   Design  Principles  of  Biological  Circuits  (Chapman  &   Hall/Crc  Mathematical  and  Computational  Biology   Series)  TF  Chapman.     Bell-­‐Pedersen  D,  Cassone  VM,  Earnest  DJ  et  al  (2005)   Circadian  rhythms  from  multiple  oscillators:  lessons   from  diverse  organisms.  Nature  Rev  Genet  6:544– 556.    

Bernstein  BE,  Meissner  A  &  Lander  ES  (2007)  The   mammalian  epigenome.  Cell  128:669–681.     Herskowitz  I  (1989)  A  regulatory  hierarchy  for  cell   specialization  in  yeast.    Nature  342:749–757.     Klose  RJ  &  Bird  AP  (2006)  Genomic  DNA  methylation:   the  mark  and  its  mediators.  Trends  Biochem  Sci   31:89–97.     Meyer  BJ  (2000)  Sex  in  the  worm:  counting  and   compensating  X-­‐chromosome  dose.  Trends  Genet   16:247–253.     Surani  MA  (2001)  Reprogramming  of  genome  function   through  epigenetic  inheritance.  Nature  414:122– 128.     Tapscott  SJ  (2005)  The  circuitry  of  a  master  switch:   MyoD  and  the  regulation  of  skeletal  muscle  gene   transcription.  Development  132:2685–2695.       Post-­‐transcriptional  Controls     Bass  BL  (2002)  RNA  editing  by  adenosine  deaminases   that  act  on  RNA.  Annu  Rev  Biochem  71:817–846.     Blencowe  BJ  (2006)  Alternative  splicing:  new  insights   from  global  analyses.  Cell  126:37–47.     Brennecke  J,  Stark  A,  Russell  RB  et  al  (2005)  Principles   of  microRNAtarget  recognition.  PLoS  Biology  3.     Fire  A,  Xu  S,  Montgomery  MK  et  al  (1998)  Potent  and   specific  genetic  interference  by  double-­‐stranded   RNA  in  Caenorhabditis  elegans.  Nature  391:806–811.     Frankel  AD  &  Young  JAT  (1998)  HIV-­‐1:  fifteen  proteins   and  an  RNA.  Annu  Rev  Biochem  67:1–25.     Gottesman  S  (2004)  The  small  RNA  regulators  of   Escherichia  coli:  roles  and  mechanisms.  Annu  Rev   Microbiol  58:303–328.     Khavari  DA,  Sen  GL,  Rinn  JK  (2010)  DNA  methylation   and  epigenetic  control  of  cellular  differentiation  Cell   Cycle  9(19):  3880-­‐3.     Mello  CC  &  Conte  D  (2004)  Revealing  the  world  of  RNA   interference.  Nature  431:338–342.     Parker  R  &  Sheth  U  (2007)  P  bodies  and  the  control  of   mRNA  translation  and  degradation.  Mol  Cell  25:635– 646.    Serganov  A,  Nudler  E  (2013)  A  decade  of  riboswitches.   Cell  152(1-­‐2):17-­‐24.   Stuart  KD,  Schnaufer  A,  Ernst  NL  et  al  (2005)  Complex   management:  RNA  editing  in  trypanosomes.  Trends   Biochem  Sci  30:97–105.     Tolia  NH  &  Joshua-­‐Tor  L  (2007)  Slicer  and  the   argonautes.  Nature  Chem  Biol  3:36–43.     Tomari  Y  &  Zamore  PD  (2005)  Perspective:  machines   for  RNAi.  Genes  Dev  19:517–529.     Valencia-­‐Sanchez  MA,  Liu  J,  Hannon  GJ  et  al  (2006)   Control  of  translation  and  mRNA  degradation  by   miRNAs  and  siRNAs.  Genes  Dev  20:515–524.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Verdel  A  &  Moazed  D  (2005)  RNAi-­‐directed  assembly   of  heterochromatin  in  fission  yeast.  FEBS  Letters   579:5872–5878.     Wilhelm  JE  &  Smibert,  CA  (2005)  Mechanisms  of   translational  regulation  in  Drosophila.  Biol  Cell   97:235–252.     Winkler  WC  &  Breaker  RR  (2005)  Regulation  of   bacterial  gene  expression  by  riboswitches.  Annu  Rev   Microbiol  59:487–517.     Yates  LA,  Norbury  CJ,  Gilbert  RJ  (2013)  The  long  and   short  of  microRNA.  Cell  153(3):  516-­‐9.    

Chapter  9     How  Genomes  Evolve     Alfodi  J,  Lindblad-­‐Toh  K,  (2013)  Comparative  genomics   as  a  tool  to  understand  evolution  and  disease.   Genome  Res  23(7):  1063-­‐8.   Batzer  MA  &  Deininger  PL  (2002)  ALU  repeats  and   human  genomic  diversity.  Nature  Rev  Genet  3:370– 379.     Blanchette  M,  Green  ED,  Miller  W,    &  Haussler  D   (2004)  Reconstructing  large  regions  of  an  ancestral   mammalian  genome  in  silico.  Genome  Res  14:2412– 2423.     Cheng  Z,  Ventura  M,  She  X  et  al  (2005)  A  genome-­‐wide   comparison  of  recent  chimpanzee  and  human   segmental  duplications.  Nature  437:88–93.     Feuk  L,  Carson  AR  &  Scherer  S  (2006)  Structural   variation  in  the  human  genome.  Nature  Rev  Genet   7:85–97.     International  Human  Genome  Sequencing  Consortium   (2001)  Initial  sequencing  and  analysis  of  the  human   genome.  Nature  409:860–921.     International  Human  Genome  Consortium  (2004)   Finishing  the  euchromatic  sequence  of  the  human   genome.  Nature  431:931–945.     Koszul  R,  Caburet  S,  Dujon  B  &  Fischer  G  (2004)   Eucaryotic  genome  evolution  through  the   spontaneous  duplication  of  large  chromosomal   segments.  EMBO  J  23:234–243.     Margulies  EH,  NISC  Comparative  Sequencing  Program   &  Green  ED  (2003)  Detecting  highly  conserved   regions  of  the  human  genome  by  multispecies   sequence  comparisons.  Cold  Spring  Harbor  Symp   Quant  Biol  68:255–263.     Mouse  Genome  Sequencing  Consortium  (2002)  Initial   sequencing  and  comparative  analysis  of  the  mouse   genome.  Nature  420:520–562.     Pollard  KS,  Salama  SR,  Lambert  N  et  al  (2006)  An  RNA   gene  expressed  during  cortical  development  evolved   rapidly  in  humans.  Nature  443:167–172.    

Sharp  AJ,  Cheng  Z  &  Eichler  EE  (2007)  Structural   variation  of  the  human  genome.  Annu  Rev  Genomics   Hum  Genet  7:407–442.     Siepel  A,  Bejerano  G,  Pedersen  JS  et  al  (2005)   Evolutionarily  conserved  elements  in  vertebrate,   insect,  worm,  and  yeast  genomes.  Genome  Res   15:1034–1050.     The  International  HapMap  Consortium  (2005)  A   haplotype  map  of  the  human  genome.  Nature   437:1299–1320.     The  ENCODE  Project  Consortium  (2007)  Identification   and  analysis  of  functional  elements  in  1%  of  the   human  genome  by  the  ENCODE  pilot  project.  Nature   447:799–816.       The  Diversity  of  Genomes  and  the  Tree  of  Life     Blattner  FR,  Plunkett  G,  Bloch  CA  et  al  (1997)  The   complete  genome  sequence  of  Escherichia  coli  K-­‐12.   Science  277:1453–1474.     Boucher  Y,  Douady  CJ,  Papke  RT  et  al  (2003)  Lateral   gene  transfer  and  the  origins  of  prokaryotic  groups.   Annu  Rev  Genet  37:283–328.     Cole  ST,  Brosch  R,  Parkhill  J  et  al  (1998)  Deciphering   the  biology  of  Mycobacterium  tuberculosis  from  the   complete  genome  sequence.  Nature  393:537–544.     Dixon  B  (1994)  Power  Unseen:  How  Microbes  Rule  the   World.  Oxford:  Freeman.     Kerr  RA  (1997)  Life  goes  to  extremes  in  the  deep   earth—and  elsewhere?  Science  276:703–704.     Lee  TI,  Rinaldi  NJ,  Robert  F  et  al  (2002)  Transcriptional   regulatory  networks  in  Saccharomyces  cerevisiae.   Science  298:799–804.     Olsen  GJ  &  Woese  CR  (1997)  Archaeal  genomics:  an   overview.  Cell  89:991–994.     Pace  NR  (1997)  A  molecular  view  of  microbial  diversity   and  the  biosphere.  Science  276:734–740.     Woese  C  (1998)  The  universal  ancestor.  Proc  Natl  Acad   Sci  USA  95:6854–6859.       Genetic  Information  in  Eukaryotes     Adams  MD,  Celniker  SE,  Holt  RA  et  al  (2000)  The   genome  sequence  of  Drosophila  melanogaster.   Science  287:2185–2195.     Andersson  SG,  Zomorodipour  A,  Andersson  JO  et  al   (1998)  The  genome  sequence  of  Rickettsia   prowazekii  and  the  origin  of  mitochondria.  Nature   396:133–140.     The  Arabidopsis  Initiative  (2000)  Analysis  of  the   genome  sequence  of  the  flowering  plant  Arabidopsis   thaliana.  Nature  408:796–815.     Carroll  SB,  Grenier  JK  &  Weatherbee  SD  (2005)  From   DNA  to  Diversity:  Molecular  Genetics  and  the  

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Evolution  of  Animal  Design,  2nd  ed.  Maldon,  MA:   Blackwell  Science.     de  Duve  C  (2007)  The  origin  of  eukaryotes:  a   reappraisal.  Nature  Rev  Genet  8:395-­‐403.     Delsuc  F,  Brinkmann  H  &  Philippe  H  (2005)   Phylogenomics  and  the  reconstruction  of  the  tree  of   life.  Nature  Rev  Genet  6:361–375.     DeRisi  JL,  Iyer  VR  &  Brown  PO  (1997)  Exploring  the   metabolic  and  genetic  control  of  gene  expression  on   a  genomic  scale.  Science  278:680–686.     Gabriel  SB,  Schaffner  SF,  Nguyen  H  et  al  (2002)  The   structure  of  haplotype  blocks  in  the  human  genome.   Science  296:2225–2229.     Goffeau  A,  Barrell  BG,  Bussey  H  et  al  (1996)  Life  with   6000  genes.  Science  274:546–567.     International  Human  Genome  Sequencing  Consortium   (2001)  Initial  sequencing  and  analysis  of  the  human   genome.  Nature  409:860–921.     Kellis  M,  Birren  BW  &  Lander  ES  (2004)  Proof  and   evolutionary  analysis  of  ancient  genome  duplication   in  the  yeast  Saccharomyces  cerevisiae.  Nature   428:617–624.     Lynch  M  &  Conery  JS  (2000)  The  evolutionary  fate  and   consequences  of  duplicate  genes.  Science  290:1151– 1155.     Mulley  J  &  Holland  P  (2004)  Comparative  genomics:     Small  genome,  big  insights.  Nature  431:916–917.   National  Center  for  Biotechnology  Information.   http://www.ncbi.nlm.nih.gov/  Owens  K  &  King  MC   (1999)  Genomic  views  of  human  history.  Science   286:451–453.     Palmer  JD  &  Delwiche  CF  (1996)  Second-­‐hand   chloroplasts  and  the  case  of  the  disappearing   nucleus.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  93:7432–7435.     Pennisi  E  (2004)  The  birth  of  the  nucleus.  Science   305:766–768.     Plasterk  RH  (1999)  The  year  of  the  worm.  BioEssays   21:105–109.     Reed  FA  &  Tishkoff  SA  (2006)  African  human  diversity,   origins  and  migrations.  Curr  Opin  Genet  Dev  16:597– 605.     Rubin  GM,  Yandell  MD,  Wortman  JR  et  al  (2000)   Comparative  genomics  of  the  eukaryotes.  Science   287:2204–2215.     Stillman  B  &  Stewart  D  (2003)  The  genome  of  Homo   sapiens.  (Cold  Spring  Harbor  Symp.  Quant.  Biol.   LXVIII).  Cold  Spring  Harbor,  NY:  Cold  Spring  Harbor   Laboratory  Press.     The  C.  elegans  Sequencing  Consortium  (1998)  Genome   sequence  of  the  nematode  C.  elegans:  a  platform  for   investigating  biology.  Science  282:2012–2018.     Tinsley  RC  &  Kobel  HR  (eds)  (1996)  The  Biology  of   Xenopus.  Oxford:  Clarendon  Press.    

Tyson  JJ,  Chen  KC  &  Novak  B  (2003)  Sniffers,  buzzers,   toggles  and  blinkers:  dynamics  of  regulatory  and   signaling  pathways  in  the  cell.  Curr  Opin  Cell  Biol   15:221–231.     Venter  JC,  Adams  MD,  Myers  EW  et  al  (2001)  The   sequence  of  the  human  genome.  Science  291:1304– 1351.       Transposition  and  Site-­‐Specific  Recombination     Ade  C,  Roy-­‐Engel  AM,  Deininger  PL  (2013)  Alu   elements:  an  intrinsic  source  of  human  genome   instability.  Curr  Opin  Virol  pii:  S1879-­‐6257(13)00153-­‐ 3.     Botstein  D,  White  RL,  Skolnick  M  &  Davis  RW  (1980)   Construction  of  a  genetic  linkage  map  in  man  using   restriction  fragment  length  polymorphisms.  Am  J   Hum  Genet  32:314–331.     Campbell  AM  (1993)  Thirty  years  ago  in  genetics:   prophage  insertion  into  bacterial  chromosomes.   Genetics  133:433–438.     Comfort  NC  (2001)  From  controlling  elements  to   transposons:  Barbara  McClintock  and  the  Nobel   Prize.  Trends  Biochem  Sci  26:454–457.     Craig  NL  (1996)  Transposition,  in  Escherichia  coli  and   Salmonella,  pp  2339–2362.  Washington,  DC:  ASM   Press.     Frost,  LS  (2005)  Mobile  genetic  elemnts:  the  agents  of   open  source  evolution.  Nat  Rev  Microbiol  3(9):  722-­‐ 32.     Gottesman  M  (1999)  Bacteriophage  lambda:  the   untold  story.  J  Mol  Biol  293:177–180.     Grindley  ND,  Whiteson  KL  &  Rice  PA  (2006)   Mechanisms  of  site-­‐specific  recombination.  Annu   Rev  Biochem  75:567–605.     International  HapMap  Consortium  (2005)  A  haplotype   map  of  the  human  genome.  Nature  437:1299–320.   Malachowa  N,  DeLeo  FR  (2010)  Mobile  genetic   elements  of  Staphylococcus  aureas.  Cell  Mol  Life  Sci   67(18):  3057-­‐71     Rebollo  R,  Romanish  MT,  Mager  DL  (2012)   Transposable  elemnts:  an  abundant  and  natural   source  of  regulatory  sequences  for  host  genes.  Annu   Rev  Genet  46:  21-­‐26.   Rubin  GM  &  Sprading  AC  (1982)  Genetic   transformation  of  Drosophila  with  transposable   element  vectors.  Science  218:348–353.     Sabeti  PC,  Schaffner  SF,  Fry  B  et  al  (2006)  Positive   natural  selection  in  the  human  lineage.  Science   312:1614–1620.     Varmus  H  (1988)  Retroviruses.  Science  240:1427–1435.     Zickler  D  &  Kleckner  N  (1999)  Meiotic  chromosomes:   integrating  structure  and  function.  Annu  Rev  Genet   33:603–754.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

 

Chapter  10     Isolating  Cells  and  Growing  Them  in  Culture     Emmert-­‐Buck  MR,  Bonner  RF,  Smith  PD  et  al  (1996)   Laser  capture  microdissection.  Science  274:998– 1001.     Ham  RG  (1965)  Clonal  growth  of  mammalian  cells  in  a   chemically  defined,  synthetic  medium.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  53:288–293.     Harlow  E  &  Lane  D  (1999)  Using  Antibodies:  A   Laboratory  Manual.  Cold  Spring  Harbor,  NY:  Cold   Spring  Harbor  Laboratory  Press.     Herzenberg  LA,  Sweet  RG  &  Herzenberg  LA  (1976)   Fluorescence-­‐activated  cell  sorting.  Sci  Am  234:108– 116.     Levi-­‐Montalcini  R  (1987)  The  nerve  growth  factor   thirty-­‐five  years  later.  Science  237:1154–1162.     Lerou  PH  &  Daley  GQ  (2005)  Therapeutic  potential  of   embryonic  stem  cells.  Blood  Rev  19:321–31.     Milstein  C  (1980)  Monoclonal  antibodies.  Sci  Am   243:66–74.       Isolating,  Cloning,  and  Sequencing  DNA     Adams  MD,  Celniker  SE,  Holt  RA  et  al  (2000)  The   genome  sequence  of  Drosophila  melanogaster.   Science  287:2185–2195.     Alwine  JC,  Kemp  DJ  &  Stark  GR  (1977)  Method  for   detection  of  specific  RNAs  in  agarose  gels  by  transfer   to  diabenzyloxymethyl   paper  and  hybridization  with  DNA  probes.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  74:5350–5354.     Blattner  FR,  Plunkett  G,  Bloch  CA  et  al  (1997)  The   complete  genome  sequence  of  Escherichia  coli  K-­‐12.   Science  277:1453–1474.     Cohen  S,  Chang  A,  Boyer  H  &  Helling  R  (1973)   Construction  of  biologically  functional  bacterial   plasmids  in  vitro.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  70:3240– 3244.     Hert  DG,  Fredlake  CP,  Barron  AE  (2008)  Advantages   and  limitations  of  next-­‐generation  sequencing   technologies:  a  comparison  of  electrophoresis  and   non-­‐electrophoresis  methods.  Electrophoresis   29(23):4618-­‐26.   International  Human  Genome  Sequencing  Consortium   (2000)  Initial  sequencing  and  analysis  of  the  human   genome.  Nature  409:860–921.     International  Human  Genome  Sequencing  Consortium   (2006)  The  DNA  sequence,  annotation  and  analysis   of  human  chromosome  3.  Nature  440:1194–1198.     Jackson  D,  Symons  R  &  Berg  P  (1972)  Biochemical   method  for  inserting  new  genetic  information  into  

DNA  of  simian  virus  40:  circular  SV40  DNA  molecules   containing  lambda  phage  genes  and  the  galactose   operon  of  Escherichia  coli.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA   69:2904–2909.     Maniatis  T  et  al  (1978)  The  isolation  of  structural  genes   from  libraries  of  eukaryotic  DNA.  Cell  15:687–701.   Mardis  ER  (2013)  Next-­‐generation  sequencing   platofrms.  Annu  Rev  Anal  Chem  (Palo  Alto  Calif)   6:287-­‐303.     Mullis  KB  (1990).  The  unusual  origin  of  the  polymerase   chain  reaction.  Sci  Am  262:56–61.     Nathans  D  &  Smith  HO  (1975)  Restriction   endonucleases  in  the  analysis  and  restructuring  of   dna  molecules.  Annu  Rev  Biochem  44:273–93.     Saiki  RK,  Gelfand  DH,  Stoffel  S  et  al  (1988)  Primer-­‐ directed  enzymatic  amplification  of  DNA  with  a   thermostable  DNA  polymerase.  Science  239:487– 491.     Sambrook  J,  Russell  D  (2001)  Molecular  Cloning:  A   Laboratory  Manual,  3rd  ed.  Cold  Spring  Harbor,  NY:   Cold  Spring  Harbor  Laboratory  Press.     Sanger  F,  Nicklen  S  &  Coulson  AR  (1977)  DNA   sequencing  with  chain-­‐terminating  inhibitors.  Proc   Natl  Acad  Sci  USA  74:5463–5467.     Smith  M  (1994)  Nobel  lecture.  Synthetic  DNA  and   biology.  Biosci  Rep  14:51–66.     Southern  EM  (1975)  Detection  of  specific  sequences   among  DNA  fragments  separated  by  gel   electrophoresis.  J  Mol  Biol  98:503–517.     The  Arabidopsis  Genome  Initiative  (2000)  Analysis  of   the  genome  sequence  of  the  flowering  plant   Arabidopsis  thaliana.  Nature  408:796–815.     The  C.  elegans  Sequencing  Consortium  (1998)  Genome   sequence  of  the  nematode  C.  elegans:  a  platform  for   investigating  biology.  Science  282:2012–2018.     Venter  JC,  Adams  MA,  Myers  EW  et  al  (2000)  The   sequence  of  the  human  genome.  Science  291:1304– 1351.       Studying  Gene  Expression  and  Function     Boone  C,  Bussey  H  &  Andrews  BJ  (2007)  Exploring   genetic  interactions  and  networks  with  yeast.  Nature   Rev  Genet  8:437–449.     DeRisi  JL,  Iyer  VR  &  Brown  PO  (1997)  Exploring  the   metabolic  and  genetic  control  of  gene  expression  on   a  genomic  scale.  Science  278:680–686.   Hawrylycz  M  et  al.  (2011)  Digital  atlasing  and   standardization  in  the  mouse  brain.  PLoS  Comput   Biol  7:e1001065.     Jinek  M,  Doudna  JA  (2009)  A  three-­‐dimensional  view  of   the  molecular  machinery  of  RNA  interference.   Nature  (7228):  405-­‐12.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Livet  J  et  al.  (2007)  Transgenic  strategies  for   combinatorial  expression  of  fluorescent  proteins  in   the  nervous  system.  Nature    450:  56-­‐62.     Lockhart  DJ  &  Winzeler  EA  (2000)  Genomics,  gene   expression  and  DNA  arrays.  Nature  405:827–836.   Mello  CC  &  Conte  D  (2004)  Revealing  the  world  of  RNA   interference.  Nature  431:338–342.     Nusslein-­‐Volhard  C  &  Weischaus  E  (1980)  Mutations   affecting  segment  number  and  polarity  in   Drosophila.  Nature  287:795–801.     Palmiter  RD  &  Brinster  RL  (1985)  Transgenic  mice.  Cell   41:343–345.     Weigel  D  &  Glazebrook  J  (2001)  Arabidopsis:  A   Laboratory  Manual.  Cold  Spring  Harbor,  NY:  Cold   Spring  Harbor  Laboratory  Press.     Wilson  RC,  Doudna  JA  (2013)  Molecular  mechanisms  of   RNA  interference.  Annu  Rev  Biophys  42:  217-­‐39.    

Chapter  11     The  Lipid  Bilayer     Bevers  EM,  Comfurius  P  &  Zwaal  RF  (1999)  Lipid   translocation  across  the  plasma  membrane  of   mammalian  cells.  Biochim  Biophys  Acta  1439:317– 330.     Devaux  PF  (1993)  Lipid  transmembrane  asymmetry   and  flip-­‐flop  in  biological  membranes  and  in  lipid   bilayers.  Curr  Opin  Struct  Biol  3:489–494.     Dowhan  W  (1997)  Molecular  basis  for  membrane   phospholipid  diversity:why  are  there  so  many  lipids?   Annu  Rev  Biochem  66:199–232.     Hakomori  Si  SI  (2002)  Inaugural  Article:The   glycosynapse.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  99:225–232.     Harder  T  &  Simons  K  (1997)  Caveolae,  DIGs,  and  the   dynamics  of  sphingolipid-­‐cholesterol  microdomains.   Curr  Opin  Cell  Biol  9:534–542.     Hazel  JR  (1995)  Thermal  adaptation  in  biological   membranes:is  homeoviscous  adaptation  the   explanation?  Annu  Rev  Physiol  57:19–42.     Ichikawa  S  &  Hirabayashi  Y  (1998)  Glucosylceramide   synthase  and  glycosphingolipid  synthesis.  Trends  Cell   Biol  8:198–202.     Kornberg  RD  &  McConnell  HM  (1971)  Lateral  diffusion   of  phospholipids  in  a  vesicle  membrane.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  68:2564–2568.     Mansilla  MC,  Cybulski  LE  &  de  Mendoza  D  (2004)   Control  of  membrane  lipid  fluidity  by  molecular   thermosensors.  J  Bacteriol  186:6681–6688.     McConnell  HM  &  Radhakrishnan  A  (2003)  Condensed   complexes  of  cholesterol  and  phospholipids.  Biochim   Biophys  Acta  1610:159–73.    

Pomorski  T  &  Menon  AK  (2006)  Lipid  flippases  and   their  biological  functions.  Cell  Mol  Life  Sci  63:2908– 2921.     Rothman  JE  &  Lenard  J  (1977)  Membrane  asymmetry.   Science  195:743–53.     Scott  HL  (2002)  Modeling  the  lipid  component  of   membranes.  Curr  Opin  Struct  Biol  12:499.   Simons  K  &  Vaz  WL  (2004)  Model  systems,  lipid  rafts,   and  cell  membranes.  Annu  Rev  Biophys  Biomol  Struct   33:269–95.     Sonnino  S,  Prinetti  A  (2013)  Membraine  domains  and   the  “lipid  raft”  concept.  Curr  Med  Chem  20(1):4-­‐21.   Tanford  C  (1980)  The  Hydrophobic  Effect:  Formation  of   Micelles  and  Biological  Membranes.  New  York:   Wiley.     van  Meer  G  (2005)  Cellular  lipidomics.  EMBO  J   24:3159–3165.       Membrane  Proteins     Bennett  V  &  Baines  AJ  (2001)  Spectrin  and  ankyrin-­‐ based  pathways:  metazoan  inventions  for   integrating  cells  into  tissues.  Physiol  Rev  81:1353– 1392.     Bijlmakers  MJ  &  Marsh  M  (2003)  The  on-­‐off  story  of   protein  palmitoylation.  Trends  Cell  Biol  13:32–42.     Branden  C  &  Tooze  J  (1999)  Introduction  to  Protein   Structure,  2nd  ed.  New  York:  Garland  Science.     Bretscher  MS  &  Raff  MC  (1975)  Mammalian  plasma   membranes.  Nature  258:43–49.     Buchanan  SK  (1999)  Beta-­‐barrel  proteins  from  bacterial   outer  membranes:structure,  function  and  refolding.   Curr  Opin  Struct  Biol  9:455–461.     Chen  Y,  Lagerholm  BC  &  Jacobson  K  (2006)  Methods  to   measure  the  lateral  diffusion  of  membrane  lipids   and  proteins.  Methods  39:147–153.     Curranb  AR  &  Engelman  DM  (2003)  Sequence  motifs,   polar  interactions  and  conformational  changes  in   helical  membrane  proteins.  Curr  Opin  Struct  Biol   13:412     Deisenhofer  J  &  Michel  H  (1991)  Structures  of  bacterial   photosynthetic  reaction  centers.  Annu  Rev  Cell  Biol   7:1–23.     Drickamer  K  &  Taylor  ME  (1993)  Biology  of  animal   lectins.  Annu  Rev  Cell  Biol  9:237–64.     Drickamer  K  &  Taylor  ME  (1998)  Evolving  views  of   protein  glycosylation.  Trends  Biochem  Sci  23:321– 324.     Fiedler  S,  Broecker  J,  Keller  S  (2010)  Protein  folding  in   membranes.  Cell  Mol  Life  Sci  67(11):  1179-­‐98.   Frye  LD  &  Edidin  M  (1970)  The  rapid  intermixing  of  cell   surface  antigens  after  formation  of  mouse-­‐human   heterokaryons.  J  Cell  Sci  7:319–335.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Helenius  A  and  Simons  K  (1975)  Solubilization  of   membranes  by  detergents.  Biochim  Biophys  Acta   415:29–79.     Henderson  R  &  Unwin  PN  (1975)  Three-­‐dimensional   model  of  purple  membrane  obtained  by  electron   microscopy.  Nature  257:28–32.     Kyte  J  &  Doolittle  RF  (1982)  A  simple  method  for   displaying  the  hydropathic  character  of  a  protein.  J   Mol  Biol  157:105–132.     le  Maire  M,  Champeil  P  et  al  (2000)  Interaction  of   membrane  proteins  and  lipids  with  solubilizing   detergents.  Biochim  Biophys  Acta  1508:86–111.     Lee  AG  (2003)  Lipid-­‐protein  interactions  in  biological   membranes:a  structural  perspective.  Biochim   Biophys  Acta  1612:1–40.     Marchesi  VT,  Furthmayr  H  et  al  (1976)  The  red  cell   membrane.  Annu  Rev  Biochem  45:667–698.     Nakada  C,  Ritchie  K  &  Kusumi  A  (2003)  Accumulation  of   anchored  proteins  forms  membrane  diffusion   barriers  during  neuronal  polarization.  Nat  Cell  Biol   5:626–632.     Oesterhelt  D  (1998)  The  structure  and  mechanism  of   the  family  of  retinal  proteins  from  halophilic   archaea.  Curr  Opin  Struct  Biol  8:489–500.     Rath  A,  Deber  CM  (2012)  Protein  structure  in   membrane  domains.  Annu  Rev  Biophys  41:135-­‐55   Reig  N  &  van  der  Goot  FG  (2006)  About  lipids  and   toxins.  FEBS  Lett  580:5572–5579.     Reithmeier  RAF  (1993)  The  erythrocyte  anion   transporter  (band  3)  Curr  Opin  Cell  Biol  7:707–714.     Rodgers  W  &  Glaser  M  (1993)  Distributions  of  proteins   and  lipids  in  the  erythrocyte  membrane.   Biochemistry  32:12591–12598.     Sharon  N  &  Lis  H  (2004)  History  of  lectins:from   hemagglutinins  to  biological  recognition  molecules.   Glycobiology  14:53R–62R.     Sheetz  MP  (2001)  Cell  control  by  membrane-­‐ cytoskeleton  adhesion.  Nat  Rev  Mol  Cell  Biol  2:392– 396.     Silvius  JR  (1992)  Solubilization  and  functional   reconstitution  of  biomembrane  components.  Annu   Rev  Biophys  Biomol  Struct  21:323–348.     Steck  TL  (1974)  The  organization  of  proteins  in  the   human  red  blood  cell  membrane.  A  review.  J  Cell  Biol   62:1–19.     Subramaniam  S  (1999)  The  structure  of   bacteriorhodopsin:an  emerging  consensus.  Curr  Opin   Struct  Biol  9:462–468.     Viel  A  &  Branton  D  (1996)  Spectrin:on  the  path  from   structure  to  function.  Curr  Opin  Cell  Biol  8:49–55.     Wallin  E  &  von  Heijne  G  (1998)  Genome-­‐wide  analysis   of  integral  membrane  proteins  from  eubacterial,  

archaean,  and  eukaryotic  organisms.  Protein  Sci   7:1029–1038.     White  SH  &  Wimley  WC  (1999)  Membrane  protein   folding  and  stability:physical  principles.  Annu  Rev   Biophys  Biomol  Struct  28:319–365.      

Chapter  12     Principles  of  Membrane  Transport     Al-­‐Awqati  Q  (1999)  One  hundred  years  of  membrane   permeability:  does  Overton  still  rule?  Nature  Cell  Biol   1:  E201–E202.     Cajal  SR,  Histologie  du  System  Nerveux  de  l’Homme  et   de  Vertebres,  1909-­‐1911.  Paris:  Maloine;  reprinted,   Madrid:  CSIC,  1972.   De  Groot  BL  &  Grubmuller  H  (2001)  Water  permeation   across  biological  membranes:  mechanism  and   dynamics  of  aquaporin-­‐1  and  GlpF.  Nature  294:2353-­‐ 7.     Forrest  LR  &  Sansom  MS  (2000)  Membrane   simulations:  bigger  and  better?  Curr  Opin  Struct  Biol   10:174–181.     Gouaux  E  and  MacKinnon  R  (2005)  Principles  of   selective  ion  transport  in  channels  and  pumps.   Science  310:1461–1465.     Mitchell  P  (1977)  Vectorial  chemiosmotic  processes.   Annu  Rev  Biochem  46:996–1005.     Tanford  C  (1983)  Mechanism  of  free  energy  coupling  in   active  transport.  Annu  Rev  Biochem  52:379–409.       Carrier  Proteins  and  Active  Membrane  Transport     Almers  W  &  Stirling  C  (1984)  Distribution  of  transport   proteins  over  animal  cell  membranes.  J  Membr  Biol   77:169–186.     Baldwin  SA  &  Henderson  PJ  (1989)  Homologies   between  sugar  transporters  from  eukaryotes  and   prokaryotes.  Annu  Rev  Physiol  51:459–471.     Borst  P  &  Elferink  RO  (2002)  Mammalian  ABC   transporters  in  health  and  disease.  Annu  Rev   Biochem  71:537–592.     Carafoli  E  &  Brini  M  (2000)  Calcium  pumps:  structural   basis  for  and  mechanism  of  calcium  transmembrane   transport.  Curr  Opin  Chem  Biol  4:152–161.     Dean  M,  Rzhetsky  A  et  al  (2001)  The  human  ATP-­‐ binding  cassette  (ABC)  transporter  superfamily.   Genome  Res  11:1156–1166.     Doige  CA  &  Ames  GF  (1993)  ATP-­‐dependent  transport   systems  in  bacteria  and  humans:  relevance  to  cystic   fibrosis  and  multidrug  resistance.  Annu  Rev   Microbiol  47:291–319.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Gadsby  DC,  Vergani  P  &  Csanady  L  (2006)  The  ABC   protein  turned  chloride  channel  whose  failure  causes   cystic  fibrosis.  Nature  440:477–83.     Higgins  CF  (2007)  Multiple  molecular  mechanisms  for   multidrug  resistance  transporters.  Nature  446:749– 57.     Kaback  HR,  Sahin-­‐Toth  M  et  al  (2001)  The  kamikaze   approach  to  membrane  transport.  Nature  Rev  Mol   Cell  Biol  2:610–620.     Kühlbrandt  W  (2004)  Biology,  structure  and   mechanism  of  P-­‐type  ATPases.  Nature  Rev  Mol  Cell   Biol  5:282–295.     Lodish  HF  (1986)  Anion-­‐exchange  and  glucose   transport  proteins:  structure,  function,  and   distribution.  Harvey  Lect  82:19–46.     Pedersen  PL  &  Carafoli  E  (1987)  Ion  motive  ATPases.  1.   Ubiquity,  properties,  and  significance  to  cell   function.  Trends  Biochem  Sci  12:146–150.     + Romero  MF  &  Boron  WF  (1999)  Electrogenic  Na /HCO3   cotransporters:  cloning  and  physiology.  Annu  Rev   Physiol  61:699–723.     Saier  MH,  Jr  (2000)  Vectorial  metabolism  and  the   evolution  of  transport  systems.  J  Bacteriol  182:5029– 5035.     Scarborough  GA  (2003)  Rethinking  the  P-­‐type  ATPase   problem.  Trends  Biochem  Sci  28:581–584.     Stein  WD  (2002)  Cell  volume  homeostasis:  ionic  and   nonionic  mechanisms.  The  sodium  pump  in  the   emergence  of  animal  cells.  Int  Rev  Cytol  215:231– 258.       Ion  Channels,  Nerve  Signaling,  and  the  Electrical   Properties  of  Membranes     Armstrong  C  (1998)  The  vision  of  the  pore.  Science   280:56–57.     Choe  S  (2002)  Potassium  channel  structures.  Nature   Rev  Neurosci  3:115–21.     Choe  S,  Kreusch  A  &  Pfaffinger  PJ  (1999)  Towards  the   three-­‐dimensional  structure  of  voltage-­‐gated   potassium  channels.  Trends  Biochem  Sci  24:345–349.   Dugue  GP,  Akemann  W,  Knopfel  T  (2012)  A   comprehensive  concept  of  optogenetics.  Prog  Brain   Res  196:1-­‐28.     Franks  NP  &  Lieb  WR  (1994)  Molecular  and  cellular   mechanisms  of  general  anaesthesia.  Nature   367:607–614.     Greengard  P  (2001)  The  neurobiology  of  slow  synaptic   transmission.  Science  294:1024–30.     Hille  B  (2001)  Ionic  Channels  of  Excitable  Membranes,   3rd  ed.  Sunderland,  MA:  Sinauer.     Hucho  F,  Tsetlin  VI  &  Machold  J  (1996)  The  emerging   three-­‐dimensional  structure  of  a  receptor.  The  

nicotinic  acetylcholine  receptor.  Eur  J  Biochem   239:539–557.     Hodgkin  AL  &  Huxley  AF  (1952)  A  quantitative   description  of  membrane  current  and  its  application   to  conduction  and  excitation  in  nerve.  J  Physiol   117:500–544.     Hodgkin  AL  &  Huxley  AF  (1952)  Currents  carried  by   sodium  and  potassium  ions  through  the  membrane   of  the  giant  axon  of  Loligo.  J  Physiol  116:449–472.     Husson  SJ,  Gottschalk  A,  Leifer  AM  (2013)  Optogenetic   manipulation  of  neuroal  acticity  in  C.  elegans:  from   synapse  to  circuits  and  behavior.  Biol  Cell  105(6):   235-­‐50     Jessell  TM  &  Kandel  ER  (1993)  Synaptic  transmission:  a   bidirectional  and  self-­‐modifiable  form  of  cell–cell   communication.  Cell  72[Suppl]:1–30.     Kandel  ER,  Schwartz  JH  &  Jessell  TM  (2000)  Principles   of  Neural  Science,  4th  ed.  New  York:  McGraw-­‐Hill.     Karlin  A  (2002)  Emerging  structure  of  the  nicotinic   acetylcholine  receptors.  Nature  Rev  Neurosci  3:102– 114.     Katz  B  (1966)  Nerve,  Muscle  and  Synapse.  New  York:   McGraw-­‐Hill.     King  LS,  Kozono  D  &  Agre  P  (2004)  From  structure  to   disease:  the  evolving  tale  of  aquaporin  biology.   Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  5:687–698.     La  Lumiere  RT  (2011)  A  new  techniwue  for  controlling   the  brain:  optogenetics  and  its  potential  for  use  in   research  and  the  clinic.  Brain  Stimul  4(1):  1-­‐6.     Lin  D  et  al.  (2011)  Functional  identification  of  an   aggression  locus  in  the  mouse  hypothalamus.  Nature   470:221-­‐226.     MacKinnon  R  (2003)  Potassium  channels.  FEBS  Lett   555:62–65.     Malenka  RC  &  Nicoll  RA  (1999)  Long-­‐term   potentiation—a  decade  of  progress?  Science   285:1870–1874.     Moss  SJ  &  Smart  TG  (2001)  Constructing  inhibitory   synapses.  Nature  Rev  Neurosci  2:240–250.     Neher  E  and  Sakmann  B  (1992)  The  patch  clamp   technique.  Sci  Am  266:44–51.     Nicholls  JG,  Fuchs  PA,  Martin  AR  &  Wallace  BG  (2000)   From  Neuron  to  Brain,  4th  ed.  Sunderland,  MA:   Sinauer.     Numa  S  (1987)  A  molecular  view  of  neurotransmitter   receptors  and  ionic  channels.  Harvey  Lect  83:121– 165.     Scannevin  RH  &  Huganir  RL  (2000)  Postsynaptic   organization  and  regulation  of  excitatory  synapses.   Nature  Rev  Neurosci  1:133–141.     Seeburg  PH  (1993)  The  molecular  biology  of   mammalian  glutamate  receptor  channels.  Trends   Neurosci  16:359–365.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Snyder  SH  (1996)  Drugs  and  the  Brain.  New  York:  WH   Freeman/  Scientific  American  Books.     Stevens  CF  (2004)  Presynaptic  function.  Curr  Opin   Neurobiol  14:341–345.     Tsien  RW,  Lipscombe  D,  Madison  DV  et  al  (1988)   Multiple  types  of  neuronal  calcium  channels  and   their  selective  modulation.  Trends  Neurosci  11:431– 438.     Unwin  N  (2003)  Structure  and  action  of  the  nicotinic   acetylcholine  receptor  explored  by  electron   microscopy.  FEBS  Lett  555:91–95.      

Chapter  13     How  Cells  Obtain  Energy  from  Food     Akram  M  (2013)  Mini-­‐review  on  glycolysis  and  cancer.  J   Cancer  Educ  28(3):  454-­‐7.   Cramer  WA  &  Knaff  DB  (1990)  Energy  Transduction  in   Biological  Membranes.  New  York:  Springer-­‐Verlag.     Dismukes  GC,  Klimov  VV,  Baranov  SV  et  al  (2001)  The   origin  of  atmospheric  oxygen  on  Earth:  The   innovation  of  oxygenic  photosyntheis.  Proc  Nat  Acad   Sci  USA  98:2170–2175.     Fell  D  (1997)  Understanding  the  Control  of   Metabolism.  London:  Portland  Press.     Flatt  JP  (1995)  Use  and  storage  of  carbohydrate  and   fat.  Am  J  Clin  Nutr  61,  952S–959S.     Friedmann  HC  (2004)  From  Butybacterium  to  E.  coli:   An  essay  on  unity  in  biochemistry.  Perspect  Biol  Med   47:47–66.     Fothergill-­‐Gilmore  LA  (1986)  The  evolution  of  the   glycolytic  pathway.  Trends  Biochem  Sci  11:47–51.     Heinrich  R,  Melendez-­‐Hevia  E,  Montero  F  et  al  (1999)   The  structural  design  of  glycolysis:  An  evolutionary   approach.  Biochem  Soc  Trans  27:294–298.     Huynen  MA,  Dandekar  T  &  Bork  P  (1999)  Variation  and   evolution  of  the  citric-­‐acid  cycle:  a  genomic   perspective.  Trends  Microbiol  7:281–291.     Kornberg  HL  (2000)  Krebs  and  his  trinity  of  cycles.   Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  1:225–228.     Krebs  HA  &  Martin  A  (1981)  Reminiscences  and   Reflections.  Oxford/New  York:  Clarendon   Press/Oxford  University  Press.     Krebs  HA  (1970)  The  history  of  the  tricarboxylic  acid   cycle.  Perspect  Biol  Med  14:154–170.     Martin  BR  (1987)  Metabolic  Regulation:  A  Molecular   Approach.  Oxford:  Blackwell  Scientific.     McGilvery  RW  (1983)  Biochemistry:  A  Functional   Approach,  3rd  ed.  Philadelphia:  Saunders.     Morowitz  HJ  (1993)  Beginnings  of  Cellular  Life:   Metabolism  Recapitulates  Biogenesis.  New  Haven:   Yale  University  Press    

Newsholme  EA  &  Stark  C  (1973)  Regulation  of   Metabolism.  New  York:  Wiley.      

Chapter  14     The  Mitochondrion     Abrahams  JP,  Leslie  AG,  Lutter  R  &  Walker  JE  (1994)   Structure  at  2.8Å  resolution  of  F1-­‐ATPase  from   bovine  heart  mitochondria.  Nature  370:621–628.     Berg  HC  (2003)  The  rotary  motor  of  bacterial  flagella.   Annu  Rev  Biochem  72:19-­‐54.     Boyer  PD  (1997)  The  ATP  synthase—a  splendid   molecular  machine.  Annu  Rev  Biochem  66:717–749.     Ernster  L  &  Schatz  G  (1981)  Mitochondria:  a  historical   review.  J  Cell  Biol  91:227s–255s.     Frey  TG,  Renken  CW  &  Perkins  GA  (2002)    Insight  into   mitochondrial  structure  and  function  from  electron   tomography.  Biochim  Biophys  Acta  1555:196–203.     Pebay-­‐Peyroula  E  &  Brandolin  G  (2004)  Nucleotide   exchange  in  mitochondria:  insight  at  a  molecular   level.  Curr  Opin  Struct  Biol  14:420–425.     Madeira  VM  (2012)  Overview  of  mitochondrial   bioenergetics.  Methods  Mol  Biol  810:  1-­‐6.   Meier  T,  Polzer  P,  Diederichs  K  et  al  (2005)  Structure  of   + the  rotor  ring  of  F-­‐type  Na -­‐ATPase  from  Ilyobacter   tartaricus.  Science  308:659–662.     Mitchell  P  (1961)  Coupling  of  phosphorylation  to   electron  and  hydrogen  transfer  by  a  chemi-­‐osmotic   type  of  mechanism.  Nature  191:144–148.     Nicholls  DG  (2006)  The  physiological  regulation  of   uncoupling  proteins.  Biochim  Biophys  Acta   1757:459–466.     Nunnari  J  et  al.  (1997)  Mitochondrial  transmission   during  mating  in  Saccharomyces  cerevisiae  is   determined  by  mitochondrial  fusion  and  fission  and   the  intramitochondrial  segregation  of  mitochondrial   DNA.  Mol  Biol  Cell  8:1233-­‐1242.   Racker  E  &  Stoeckenius  W  (1974)  Reconstitution  of   purple  membrane  vesicles  catalyzing  light-­‐driven   proton  uptake  and  adenosine  triphosphate   formation.  J  Biol  Chem  249:662–663.     Saraste  M  (1999)  Oxidative  phosphorylation  at  the  fin   de  siecle.  Science  283:1488–1493.     Scheffler  IE  (1999)  Mitochondria.  New   York/Chichester:  Wiley-­‐Liss.     Stock  D,  Gibbons  C,  Arechaga  I  et  al.  (2000)  The  rotary   mechanism  of  ATP  synthase.  Curr  Opin  Struct  Biol   10:672–679.     Weber  J  (2007)  ATP  synthase—the  structure  of  the   stator  stalk.  Trends  Biochem  Sci  32:53–56.        

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Electron-­‐Transport  Chains  and  Their  Proton  Pumps     Beinert  H,  Holm  RH  &  Munck  E  (1997)  Iron-­‐sulfur   clusters:  nature’s  modular,  multipurpose  structures.   Science  277:653–659.     Berry  EA,  Guergova-­‐Kuras  M,  Huang  LS  &  Crofts  AR   (2000)  Structure  and  function  of  cytochrome  bc   complexes.  Annu  Rev  Biochem  69:1005–1075.     Brand  MD  (2005)  The  efficiency  and  plasticity  of   mitochondrial  energy  transduction.  Biochem  Soc   Trans  33:897–904.     Brandt  U  (2006)  Energy  converting  NADH:quinone   oxidoreductase  (complex  I).  Annu  Rev  Biochem   75:69–92.     Chance  B  &  Williams  GR  (1955)  A  method  for  the   localization  of  sites  for  oxidative  phosphorylation.   Nature  176:250–254.     Gottschalk  G  (1997)  Bacterial  Metabolism,  2nd  ed.   New  York:  Springer.     Gray  HB  &  Winkler  JR  (1996)  Electron  transfer  in   proteins.  Annu  Rev  Biochem  65:537–556.     Keilin  D  (1966)  The  History  of  Cell  Respiration  and   Cytochromes.  Cambridge:  Cambridge  University   Press.     Sazanov  LA  (2007)  Respiratory  complex  I:  mechanistic   and  structural  insights  provided  by  the  crystal   structure  of  the  hydrophilic  domain.  Biochemistry   46:2275–2288.     Subramaniam  S  &  Henderson  R  (2000)  Molecular   mechanism  of  vectorial  proton  translocation  by   bacteriorhodopsin.  Nature  406:653–657.     Tsukihara  T,  Aoyama  H,  Yamashita  E  et  al  (1996)  The   whole  structure  of  the  13-­‐subunit  oxidized   cytochrome  c  oxidase  at  2.8Å.  Science  272:1136– 1144.     Wikstrom  M  &  Verkhovsky  MI  (2006)  Towards  the   mechanism  of  proton  pumping  by  the  haem-­‐copper   oxidases.  Biochim  Biophys  Acta  1757:1047–1051.       Chloroplasts  and  Photosynthesis     Blankenship  RE  (2002)  Molecular  Mechanisms  of   Photosynthesis.  Oxford,  UK:Blackwell  Scientific.     Bassham  JA  (1962)  The  path  of  carbon  in   photosynthesis.  Sci  Am  206:88–100.     Deisenhofer  J  &  Michel  H  (1989)  Nobel  lecture.  The   photosynthetic  reaction  centre  from  the  purple   bacterium  Rhodopseudomonas  viridis.  EMBO  J   8:2149–2170.     Edwards  GE,  Furbank  RT,  Hatch  MD  &  Osmond  CB   (2001)  What  does  it  take  to  be  c(4)?—lessons  from   the  evolution  of  c(4)  photosynthesis.  Plant  Physiol   125:46–49.    

Ferreira  KN,  Iverson  TM,  Maghlaoui  K  et  al  (2004)   Architecture  of  the  photosynthetic  oxygen-­‐evolving   center.  Science  303:1831–1838.     Iwata  S  &  Barber  J  (2004)  Structure  of  photosystem  II   and  molecular  architecture  of  the  oxygen-­‐evolving   centre.  Curr  Opin  Struct  Biol  14:447–453.     Jordan  P,  Fromme  P,  Witt  HT  et  al  (2001)  Three-­‐ dimensional  structure  of  cyanobacterial   photosystem  I  at  2.5Å  resolution.  Nature  411:909– 917.     Ling  Q  et  al.  (2012)  Chloroplast  biogeneisis  is  regulated   by  direct  action  of  the  ubiquitin-­‐proteasome  system.   Science  338(6107):  655-­‐9.     Merchant  S  &  Sawaya  MR  (2005)  The  light  reactions:  A   guide  to  recent  acquisitions  for  the  picture  gallery.   The  Plant  Cell  17:648–663.     Munekage  Y  et  al.  (2004)  Cyclic  electron  flow  around   photosystem  I  is  essential  for  photosynthesis.  Nature   429(6991):  579-­‐82.   Nelson  N  &  Ben-­‐Shem  A  (2004)  The  complex   architecture  of  oxygenic  photosynthesis.  Nature  Rev   Mol  Cell  Biol  5:971–982.     Nevo  R  et  al.  (2012)  Composition,  architecture,  and   dynamics  of  the  photosynthetic  apparatus  in  higher   plants.  Plant  K  70(1):  157-­‐76.     The  Evolution  of  Energy-­‐Generating  Systems     Blankenship  RE  &  Bauer  CE  (eds)  (1995)  Anoxygenic   Photosynthetic  Bacteria.  Dordrecht:  Kluwer.     de  Las  Rivas  J,  Balsera  M  &  Barber  J  (2004)  Evolution  of   oxygenic  photosynthesis:  genome-­‐wide  analysis  of   the  OEC  extrinsic  proteins.  Trends  Plant  Sci  9:18–25.     Hohmann-­‐Marriott  MF,  Blankenship  RE  (2011)   Evolution  of  photosynthesis.  Annu  Rev  Plant  Biol   62:515-­‐48.     Olson  JM,  Blankenship  RE  (2004)  Thinking  about  the   evolution  of  photosynthesis.  Photosynth  Res  70(1-­‐3):   373-­‐86.     Orgel  LE  (1998)  The  origin  of  life—a  review  of  facts  and   speculations.  Trends  Biochem  Sci.  23:491–495.     Pierron  D  et  al.  (2012)  Evolution  of  the  couple   cytochrome  c  and  cytochrome  c  oxidase  in  primates.   Adv  Exp  Med  Biol  748:  185-­‐213.   Schafer  G,  Purschke  W  &  Schmidt  CL  (1996)  On  the   origin  of  respiration:  electron  transport  proteins   from  archaea  to  man.  FEMS  Microbiol  Rev  18:173– 188.     Skulachev  VP  (1994)  Bioenergetics:  the  evolution  of   molecular  mechanisms  and  the  development  of   bioenergetic  concepts.  Antonie  Van  Leeuwenhoek   65:271–284.      

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Chapter  15     The  Compartmentalization  of  Cells     Blobel  G  (1980)  Intracellular  protein  topogenesis.  Proc   Natl  Acad  Sci  USA  77:1496–1500.     De  Duve  C  (2007)  The  origin  of  eukaryotes:  a   reappraisal.  Nature  Rev  Genet  8:395–403.     Schatz  G  &  Dobberstein  B  (1996)  Common  principles  of   protein  translocation  across  membranes.  Science   271:1519–1526.     Sharma  SK,  Christen  P,  Goloubinoff  P  (2009)   Disaggregating  chaperones:  an  unfolding  story.  Curr   Protein  Pept  Sci  10(5):432-­‐46.   Warren  G  &  Wickner  W  (1996)  Organelle  inheritance.   Cell  84:395–400.       The  Transport  of  Molecules  Between  the  Nucleus  and   the  Cytosol     Adam  SA  &  Gerace  L  (1991)  Cytosolic  proteins  that   specifically  bind  nuclear  location  signals  are   receptors  for  nuclear  import.  Cell  66:837–847.     Adams  RL,  Wente  SR  (2013)  Uncovering  nuclear  pore   complexity  with  innovation.  Cell  152(6):  1218-­‐21.     Bednenko  J,  Cingolani  G  &  Gerace  L  (2003)   Nucleocytoplasmic  transport:  navigating  the   channel.  Traffic  4:127–135.     Chook  YM  &  Blobel  G  (2001)  Karyopherins  and  nuclear   import.  Curr  Opin  Struct  Biol  11:703–715.     Cole  CN  &  Scarcelli  JJ  (2006)  Transport  of  messenger   RNA  from  the  nucleus  to  the  cytoplasm.  Curr  Opin   Cell  Biol  18:299–306.     Fahrenkrog  B,  Koser  J  &  Aebi  U  (2004)  The  nuclear   pore  complex:  a  jack  of  all  trades?  Trends  Biochem   Sci  29:175–182.     Görlich  D  &  Kutay  U  (1999)  Transport  between  the  cell   nucleus  and  the  cytoplasm.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol   15:607–660.     Hetzer  MW,  Walther  TC  &  Mattaj  IW  (2005)  Pushing   the  envelope:  structure,  function,  and  dynamics  of   the  nuclear  periphery.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol   21:347–380.     Komeili  A  &  O’Shea  EK  (2000)  Nuclear  transport  and   transcription.  Curr  Opin  Cell  Biol  12:355–360.     Kuersten  S,  Ohno  M  &  Mattaj  IW  (2001)   Nucleocytoplasmic  transport:  Ran,  beta  and  beyond.   Trends  Cell  Biol  11:497–503.     Tran  EJ  &  Wente  SR  (2006)  Dynamic  nuclear  pore   complexes:  life  on  the  edge.  Cell  125:1041–1053.     Weis  K  (2002)  Nucleocytoplasmic  transport:  cargo   trafficking  across  the  border.  Curr  Opin  Cell  Biol   14:328–335.      

The  Transport  of  Proteins  Into  Mitochondria  and   Chloroplasts     Jarvis  P  &  Robinson  C  (2004)  Mechanisms  of  protein   import  and  routing  in  chloroplasts.  Curr  Biol   14:R1064–R1077.     Kessler  F  &  Schnell  DJ  (2004)  Chloroplast  protein   import:  solve  the  GTPase  riddle  for  entry.  Trends  Cell   Biol  14:334–338.     Koehler  CM,  Merchant  S  &  Schatz  G  (1999)  How   membrane  proteins  travel  across  the  mitochondrial   intermembrane  space.  Trends  Biochem  Sci  24:428– 432.     Mokranjac  D  &  Neupert  W  (2005)  Protein  import  into   mitochondria.  Biochem  Soc  Trans  33:1019–1023.     Prakash  S  &  Matouschek  A  (2004)  Protein  unfolding  in   the  cell.  Trends  Biochem  Sci  29:593–600.     Soll  J  &  Schleiff  E  (2004)  Protein  import  into   chloroplasts.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  5:198–208.     Truscott  KN,  Brandner  K  &  Pfanner  N  (2003)   Mechanisms  of  protein  import  into  mitochondria.   Curr  Biol  13:R326–R337.       The  Endoplasmic  Reticulum     Adelman  MR,  Sabatini  DD  et  al  (1973)  Ribosome-­‐ membrane  interaction.  Nondestructive  disassembly   of  rat  liver  rough  microsomes  into  ribosomal  and   membranous  components.  J  Cell  Biol  56:206–229.     Bernales  S,  Papa  FR  &  Walter  P  (2006)  Intracellular   signaling  by  the  unfolded  protein  response.  Annu   Rev  Cell  Dev  Biol  22:487–508.     Bishop  WR  &  Bell  RM  (1988)  Assembly  of   phospholipids  into  cellular  membranes:  biosynthesis,   transmembrane  movement  and  intracellular   translocation.  Annu  Rev  Cell  Biol  4:579–610.     Blobel  G  &  Dobberstein  B  (1975)  Transfer  of  proteins   across  membranes.  I.  Presence  of  proteolytically   processed  and  unprocessed  nascent  immunoglobulin   light  chains  on  membrane-­‐bound  ribosomes  of   murine  myeloma.  J  Cell  Biol  67:835–851.     Borgese  N,  Mok  W  &  Sabatini  DD  (1974)  Ribosomal-­‐ membrane  ineraction:  in  vitro  binding  of  ribosomes   to  microsomal  membranes.     Chen  S,  Novick  P,  Ferro-­‐Novick  S  (2013):  ER  structure   and  function.  Curr  Opin  Cell  Biol  25(4)428-­‐33.   Daleke  DL  (2003)  Regulation  of  transbilayer  plasma   membrane  phospholipid  asymmetry.  J  Lipid  Res   44:233–242.     Deshaies  RJ,  Sanders  SL  &  Schekman  R  (1991)   Assembly  of  yeast  Sec  proteins  involved  in   translocation  into  the  endoplasmic  reticulum  into  a   membrane-­‐bound  multisubunit  complex.  Nature   349:806–808.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Dobson  CM  (2003)  Protein  folding  and  misfolding,   Nature  426(6968):  884-­‐90.     Ellgaard  L  &  Helenius  A  (2003)  Quality  control  in  the   endoplasmic  reticulum.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol   4:181–191.     Ferguson  MA  (1999)  The  structure,  biosynthesis  and   functions  of  glycosylphosphatidylinositol  anchors,   and  the  contributions  of  trypanosome  research.  J   Cell  Sci  112:2799–2809.     Gething  MJ  (1999)  Role  and  regulation  of  the  ER   chaperone  BiP.  Semin  Cell  Dev  Biol  10:465–472.     Görlich  D,  Prehn  S  et  al  (1992)  A  mammalian  homolog   of  SEC61p  and  SECYp  is  associated  with  ribosomes   and  nascent  polypeptides  during  translocation.  Cell   71:489–503.     Helenius  J  &  Aebi  M  (2002)  Transmembrane   movement  of  dolichol  linked  carbohydrates  during   N-­‐glycoprotein  biosynthesis  in  the  endoplasmic   reticulum.  Semin  Cell  Dev  Biol  13:171–178.     Johnson  AE  &  van  Waes  MA  (1999)  The  translocon:  a   dynamic  gateway  at  the  ER  membrane.  Annu  Rev   Cell  Dev  Biol  15:799–842.     Keenan  RJ,  Freymann  DM  &  Walter  P  (2001)  The  signal   recognition  particle.  Annu  Rev  Biochem  70:755–775.     Kostova  Z  &  Wolf  DH  (2003)  For  whom  the  bell  tolls:   protein  quality  control  of  the  endoplasmic  reticulum   and  the  ubiquitin-­‐proteasome  connection.  EMBO  J   22:2309–2317.     Levine  T  &  Loewen  C  (2006)  Inter-­‐organelle  membrane   contact  sites:  through  a  glass,  darkly.  Curr  Opin  Cell   Biol  18:371–378.     Marciniak  SJ  &  Ron  D  (2006)  Endoplasmic  reticulum   stress  signaling  in  disease.  Physiol  Rev  86:1133– 1149.     Milstein  C,  Brownlee  GG  et  al  (1972)  A  possible   precursor  of  immunoglobulin  light  chains.  Nature   New  Biol  239:117–120.     Römisch  K  (2005)  Endoplasmic  reticulum-­‐associated   degradation.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  21:435–456.     Simon  SM  &  Blobel  G  (1991)  A  protein-­‐conducting   channel  in  the  endoplasmic  reticulum.  Cell  65:371– 380.     Staehelin  LA  (1997)  The  plant  ER:  a  dynamic  organelle   composed  of  a  large  number  of  discrete  functional   domains.  Plant  J  11:1151–1165.     Trombetta  ES  &  Parodi  AJ  (2003)  Quality  control  and   protein  folding  in  the  secretory  pathway.  Annu  Rev   Cell  Dev  Biol  19:649–676.     Tsai  B,  Ye  Y  &  Rapoport  TA  (2002)  Retro-­‐translocation   of  proteins  from  the  endoplasmic  reticulum  into  the   cytosol.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:246–255.     Shibata  Y,  Voeltz  GK  &  Rapoport  TA  (2006)  Rough   sheets  and  smooth  tubules.  Cell  126:435–439    

White  SH  &  von  Heijne  G  (2004)  The  machinery  of   membrane  protein  assembly.  Curr  Opin  Struct  Biol   14:397–404.     Yan  A  &  Lennarz  WJ  (2005)  Unraveling  the  mechanism   of  protein  N-­‐glycosylation.  J  Biol  Chem  280:3121– 3124.      

Chapter  16     General  Principles  of  Cell  Communication     Ben-­‐Shlomo  I,  Yu  Hsu  S,  Rauch  R  et  al  (2003)  Signaling   receptome:  a  genomic  and  evolutionary  perspective   of  plasma  membrane  receptors  involved  in  signal   transduction.  Sci  STKE  187:RE9.     Bourne  HR  (1995)  GTPases:  a  family  of  molecular   switches  and  clocks.  Philos  Trans  R  Soc  Lond  B  Biol   Sci  349:283–289.     Ferrell  JE  Jr  (2002)  Self-­‐perpetuating  states  in  signal   transduction:  positive  feedback,  double-­‐negative   feedback  and  bistability.  Curr  Opin  Cell  Biol  14:140– 148.     Mangelsdorf  DJ,  Thummel  C,  Beato  M  et  al  (1995)  The   nuclear  receptor  superfamily:  the  second  decade.   Cell  83:835–839.     Murad  F  (2006)  Shattuck  Lecture.  Nitric  oxide  and   cyclic  GMP  in  cell  signaling  and  drug  development.  N   Engl  J  Med  355:2003–2011.     Papin  JA,  Hunter  T,  Palsson  BO  &  Subramaniam  S   (2005)  Reconstruction  of  cellular  signalling  networks   and  analysis  of  their  properties.  Nature  Rev  Mol  Cell   Biol  6:99–111.     Pawson  T  &  Scott  JD  (2005)  Protein  phosphorylation  in   signaling—50  years  and  counting.  Trends  Biochem   Sci  30:286–290.     Pires-­‐daSilva  A  &  Sommer  RJ  (2003)  The  evolution  of   signalling  pathways  in  animal  development.  Nature   Rev  Genet  4:39–49.     Robinson-­‐Rechavi  M,  Escriva  Garcia  H  &  Laudet  V   (2003)  The  nuclear  receptor  superfamily.  J  Cell  Sci   116:585–586.     Seet  BT,  Dikic  I,  Zhou  MM  &  Pawson  T  (2006)  Reading   protein  modifications  with  interaction  domains.   Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:473–483.     Singla  V  &  Reiter  JF  (2006)  The  primary  cilium  as  the   cell’s  antenna:  signaling  at  a  sensory  organelle.   Science  313:629–633.       Signaling  Through  G-­‐protein-­‐coupled  Cell-­‐surface   Receptors     Audet  M,  Bouvier  M  (2012)  Restructuring  G-­‐protein   coupled  receptor  activation.  Cell  151(1):  14-­‐23.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Berridge  MJ  (2005)  Unlocking  the  secrets  of  cell   signaling.  Annu  Rev  Physiol  67:1–21.     Berridge  MJ,  Bootman  MD  &  Roderick  HL  (2003)   Calcium  signalling:  dynamics,  homeostasis  and   remodelling.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  4:517–529.     Breer  H  (2003)  Sense  of  smell:  recognition  and   transduction  of  olfactory  signals.  Biochem  Soc  Trans   31:113–116.     Burns  ME  &  Baylor  DA  (2001)  Activation,  deactivation,   and  adaptation  in  vertebrate  photoreceptor  cells.   Annu  Rev  Neurosci  24:779–805.     Cooper  DM  (2005)  Compartmentalization  of  adenylate   cyclase  and  cAMP  signalling.  Biochem  Soc  Trans   33:1319–1322.     Hoeflich  KP  &  Ikura  M  (2002)  Calmodulin  in  action:   diversity  in  target  recognition  and  activation   mechanisms.  Cell  108:739–742.     Hudmon  A  &  Schulman  H  (2002)  Structure-­‐function  of   2+ the  multifunctional  Ca /calmodulin-­‐dependent   protein  kinase  II.  Biochem  J  364:593–611.    Katritch  V,  Cherezov  V,  Stevens  RC  (2013)  Structure-­‐ function  of  the  G-­‐protein  coupled  receptor   superfamily.  Annu  Rev  Pharmacol  Toxicol  53:  531-­‐56     Kamenetsky  M,  Middelhaufe  S,  Bank  EM  et  al  (2006)   Molecular  details  of  cAMP  generation  in  mammalian   cells:  a  tale  of  two  systems.  J  Mol  Biol  362:623–639.   Latek  D  et  al.  (2012)  G  protein-­‐coupled  receptors— recent  advances.  Acta  Biochim  Pol  59(4):  515-­‐29     Luttrell  LM  (2006)  Transmembrane  signaling  by  G   protein-­‐coupled  receptors.  Methods  Mol  Biol  332:3– 49.     McConnachie  G,  Langeberg  LK  &  Scott  JD  (2006)  AKAP   signaling  complexes:  getting  to  the  heart  of  the   matter.  Trends  Mol  Med  12:317–323.     Parker  PJ  (2004)  The  ubiquitous  phosphoinositides.   Biochem  Soc  Trans  32:893–898.     Pierce  KL,  Premont  RT  &  Lefkowitz  RJ  (2002)  Seven-­‐ transmembrane  receptors.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol   3:639–650.     Preininger  AM,  Meiler  J,  Hamm  HE  (2013)   Conformational  flexibility  and  structural  dynamics  in   GPCR-­‐mediated  G  protein  activation:  a  perspective.  J   Mol  Biol  425(13):  2288-­‐98.     Reiter  E  &  Lefkowitz  RJ  (2006)  GRKs  and  beta-­‐arrestins:   roles  in  receptor  silencing,  trafficking  and  signaling.   Trends  Endocrinol  Metab  17:159–165.     Rhee  SG  (2001)  Regulation  of  phosphoinositide-­‐specific   phospholipase     C.  Annu  Rev  Biochem  70:281–312.  Robishaw  JD  &   Berlot  CH  (2004)  Translating  G  protein  subunit   diversity  into  functional  specificity.  Curr  Opin  Cell   Biol  16:206–209.    

Shaywitz  AJ  &  Greenberg  ME  (1999)  CREB:  a  stimulus-­‐ induced  transcription  factor  activated  by  a  diverse   array  of  extracellular  signals.  Annu  Rev  Biochem   68:821–861.     Venkatakrishnan  AJ  et  al.  (2013)  Molecular  signatures   of  G-­‐protein  coupled  receptors.  Nature   494(7436):185-­‐94     Signaling  Through  Enzyme-­‐coupled  Cell-­‐surface   Receptors     Baker  MD,  Wolanin  PM  &  Stock  JB  (2006)  Signal   transduction  in  bacterial  chemotaxis.  BioEssays   28:9–22.     Dard  N  &  Peter  M  (2006)  Scaffold  proteins  in  MAP   kinase  signaling:  more  than  simple  passive  activating   platforms.  BioEssays  28:146–156.     Darnell  JE  Jr,  Kerr  IM  &  Stark  GR  (1994)  Jak-­‐STAT   pathways  and  transcriptional  activation  in  response   to  IFNs  and  other  extracellular  signaling  proteins.   Science  264:1415–1421.     Downward  J  (2004)  PI  3-­‐kinase,  Akt  and  cell  survival.   Semin  Cell  Dev  Biol  15:177–182.     Jaffe  AB  &  Hall  A  (2005)  Rho  GTPases:  biochemistry   and  biology.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  21:247–269.     Massague  J  &  Gomis  RR  (2006)  The  logic  of  TGFb   signaling.  FEBS  Lett  580:2811–2820.     Mitin  N,  Rossman  KL  &  Der  CJ  (2005)  Signaling   interplay  in  Ras  superfamily  function.  Curr  Biol   15:R563–574.     Murai  KK  &  Pasquale  EB  (2003)  Eph’ective  signaling:   forward,  reverse  and  crosstalk.  J  Cell  Sci  116:2823– 2832.     Pawson  T  (2004)  Specificity  in  signal  transduction:  from   phosphotyrosine-­‐SH2  domain  interactions  to   complex  cellular  systems.  Cell  116:191–203.     Qi  M  &  Elion  EA  (2005)  MAP  kinase  pathways.  J  Cell  Sci   118:3569–3572.     Rawlings  JS,  Rosler  KM  &  Harrison  DA  (2004)  The   JAK/STAT  signaling  pathway.  J  Cell  Sci  117:1281– 1283.     Roskoski  R  Jr  (2004)  Src  protein-­‐tyrosine  kinase   structure  and  regulation.  Biochem  Biophys  Res   Commun  324:1155–1164.     Schlessinger  J  (2000)  Cell  signaling  by  receptor  tyrosine   kinases.  Cell  103:211–225.     Sahin  M,  Greer  PL,  Lin  MZ  et  al  (2005)  Eph-­‐dependent   tyrosine  phosphorylation  of  ephexin1  modulates   growth  cone  collapse.  Neuron  46:191–204.     Schwartz  MA  &  Madhani  HD  (2004)  Principles  of  MAP   kinase  signaling  specificity  in  Saccharomyces   cerevisiae.  Annu  Rev  Genet  38:725–748.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Shaw  RJ  &  Cantley  LC  (2006)  Ras,  PI(3)K  and  mTOR   signalling  controls  tumour  cell  growth.  Nature   44:424–430.     Wassarman  DA,  Therrien  M  &  Rubin  GM  (1995)  The   Ras  signaling  pathway  in  Drosophila.  Curr  Opin  Genet   Dev  5:44–50.     Wullschleger  S,  Loewith  R  &  Hall  MN  (2006)  TOR   signaling  in  growth  and  metabolism.  Cell  124:471– 484.      

Chapter  17     The  Self-­‐Assembly  and  Dynamic  Structure  of   Cytoskeletal  Filaments     Coulombe  PA  et  al.  (1991)  A  function  for  keratins  and  a   common  thread  among  different  types  of   epidermolysis  bullosa  simplex  diseases.  J  Cell  Biol   115:  1661-­‐74.       Dogterom  M  &  Yurke  B  (1997)  Measurement  of  the   force-­‐velocity  relation  for  growing  microtubules.   Science  278:856–860.     Garner  EC,  Campbell  CS  &  Mullins  RD  (2004)  Dynamic   instability  in  a  DNA-­‐segregating  prokaryotic  actin   homolog.  Science  306:1021–1025.     Helfand  BT,  Chang  L  &  Goldman  RD  (2003)  The   dynamic  and  motile  properties  of  intermediate   filaments.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  19:445–467.     Hill  TL  &  Kirschner  MW  (1982)  Bioenergetics  and   kinetics  of  microtubule  and  actin  filament  assembly-­‐ disassembly.  Int  Rev  Cytol  78:1–125.     Hotani  H  &  Horio  T  (1988)  Dynamics  of  microtubules   visualized  by  darkfield  microscopy:  treadmilling  and   dynamic  instability.  Cell  Motil  Cytoskeleton  10:229– 236.     Jones  LJ,  Carballido-­‐Lopez  R  &  Errington  J  (2001)   Control  of  cell  shape  in  bacteria:  helical,  actin-­‐like   filaments  in  Bacillus  subtilis.  Cell  104:913–922.     Kerssemakers  JW,  Munteanu  EL,  Laan  L  et  al  (2006)   Assembly  dynamics  of  microtubules  at  molecular   resolution.  Nature  442:709–712.     Luby-­‐Phelps  K  (2000)  Cytoarchitecture  and  physical   properties  of  cytoplasm:  volume,  viscosity,  diffusion,   intracellular  surface  area.  Int  Rev  Cytol  192:189–221.     Mitchison  T  &  Kirschner  M  (1984)  Dynamic  instability   of  microtubule  growth.  Nature  312:237–242.     Mitchison  TJ  (1995)  Evolution  of  a  dynamic   cytoskeleton.  Philos  Trans  R  Soc  Lond  B  Biol  Sci   349:299–304.     Mukherjee  A  &  Lutkenhaus  J  (1994)  Guanine   nucleotide-­‐dependent  assembly  of  FtsZ  into   filaments.  J  Bacteriol  176:2754–2758.    

Oosawa  F  &  Asakura  S  (1975)  Thermodynamics  of  the   polymerization  of  protein.  New  York:  Academic   Press,    pp  41–55,  pp  90–108.     Pauling  L  (1953)  Aggregation  of  Globular  Proteins.   Discuss  Faraday  Soc  13:170–176     Rodionov  VI  &  Borisy  GG  (1997)  Microtubule   treadmilling  in  vivo.  Science.  275:215–218.     Shih  YL  &  Rothfield  L  (2006)  The  bacterial  cytoskeleton.   Microbiol  Mol  Biol  Rev  70:729–754.     Theriot  JA  (2000)  The  polymerization  motor.  Traffic   1:19–28.       How  Cells  Regulate  Their  Cytoskeletal  Filaments     Aldaz  H,  Rice  LM,  Stearns  T  &  Agard  DA  (2005)  Insights   into  microtubule  nucleation  from  the  crystal   structure  of  human  gamma-­‐tubulin.  Nature   435:523–527     Bretscher  A,  Chambers  D,  Nguyen  R  &  Reczek  D  (2000)   ERM-­‐Merlin  and  EBP50  protein  families  in  plasma   membrane  organization  and  function.  Annu  Rev  Cell   Dev  Biol  16:113–143.     Doxsey  S,  McCollum  D  &  Theurkauf  W  (2005)   Centrosomes  in  cellular  regulation.  Annu  Rev  Cell   Dev  Biol  21:411–434.     Garcia  ML  &  Cleveland  DW  (2001)  Going  new  places   using  an  old  MAP:  tau,  microtubules  and  human   neurodegenerative  disease.  Curr  Opin  Cell  Biol   13:41–48.     Holy  TE,  Dogterom  M,  Yurke  B  &  Leibler  S  (1997)   Assembly  and  positioning  of  microtubule  asters  in   microfabricated  chambers.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA   94:6228–6231.     Mullins  RD,  Heuser  JA  &  Pollard  TD  (1998)  The   interaction  of  Arp2/3  complex  with  actin:  nucleation,   high  affinity  pointed  end  capping,  and  formation  of   branching  networks  of  filaments.  Proc  Natl  Acad  Sci   USA  95:6181–6186.     Robinson  RC,  Turbedsky  K,  Kaiser  DA  et  al  (2001)   Crystal  structure  of  Arp2/3  complex.  Science   294:1679–1684.     Quarmby  L  (2000)  Cellular  Samurai:  katanin  and  the   severing  of  microtubules.  J  Cell  Sci  113:2821–2827.     Stearns  T  &  Kirschner  M  (1994)  In  vitro  reconstitution   of  centrosome  assembly  and  function:  the  central   role  of  gamma-­‐tubulin.  Cell  76:623–637.     Wiese  C  &  Zheng  Y  (2006)  Microtubule  nucleation:   gamma-­‐tubulin  and  beyond.  J  Cell  Sci  119:4143– 4153.     Zheng  Y,  Wong  ML,  Alberts  B  &  Mitchison  T  (1995)   Nucleation  of  microtubule  assembly  by  a  gamma-­‐ tubulin-­‐containing  ring  complex.  Nature  378:578– 583.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Zigmond  SH  (2004)  Formin-­‐induced  nucleation  of  actin   filaments.  Curr  Opin  Cell  Biol  16:99–105.       Molecular  Motors     Burgess  SA,  Walker  ML,  Sakakibara  H  et  al  (2003)   Dynein  structure  and  power  stroke.  Nature  421:715– 718.     Hirokawa  N  (1998)  Kinesin  and  dynein  superfamily   proteins  and  the  mechanism  of  organelle  transport.   Science  279:519–526.     Howard  J,  Hudspeth  AJ  &  Vale  RD  (1989)  Movement  of   microtubules  by  single  kinesin  molecules.  Nature   342:154–158.     Howard  J  (1997)  Molecular  motors:  structural   adaptations  to  cellular  functions.  Nature  389:561– 567.     Kikkawa  M  (2013)  Big  steps  toward  understanding   dynein.  J  Cell  Biol  202(1):  15-­‐23.   Rayment  I,  Rypniewski  WR,  Schmidt-­‐Base  K  et  al  (1993)   Three-­‐dimensional  structure  of  myosin  subfragment-­‐ 1:  a  molecular  motor.  Science  261:50–58.     Reck-­‐Peterson  SL,  Yildiz  A,  Carter  AP  et  al  (2006)  Single-­‐ molecule  analysis  of  dynein  processivity  and   stepping  behavior.  Cell  126:335–348.     Rice  S,  Lin  AW,  Safer  D  et  al  (1999)  A  structural  change   in  the  kinesin  motor  protein  that  drives  motility.   Nature  402:778–784.     Richards  TA  &  Cavalier-­‐Smith  T  (2005)  Myosin  domain   evolution  and  the  primary  divergence  of  eukaryotes.   Nature  436:1113–1118.     Svoboda  K,  Schmidt  CF,  Schnapp  BJ  &  Block  SM  (1993)   Direct  observation  of  kinesin  stepping  by  optical   trapping  interferometry.  Nature  365:721–727.     Vikstrom  KL  &  Leinwand  LA  (1996)  Contractile  protein   mutations  and  heart  disease.  Curr  Opin  Cell  Biol   8:97–105.     Wells  AL,  Lin  AW,  Chen  LQ  et  al  (1999)  Myosin  VI  is  an   actin-­‐based  motor  that  moves  backwards.  Nature   401:505–508.     Yildiz  A,  Forkey  JN,  McKinney  SA  et  al  (2003)  Myosin  V   walks  hand-­‐overhand:  single  fluorophore  imaging   with  1.5-­‐nm  localization.  Science  300:2061–2065.     Yildiz  A  &  Selvin  PR  (2005)  Kinesin:  walking,  crawling  or   sliding  along?  Trends  Cell  Biol  15:112–120.       The  Cytoskeleton  and  Cell  Behavior     Abercrombie  M  (1980)  The  crawling  movement  of   metazoan  cells.  Proc  Roy  Soc  B  207:129–147.     Cooke  R  (2004)  The  sliding  filament  model:  1972–2004.   J  Gen  Physiol  123:643–656.     Cooper  JA  (2013)  Cell  biology  in  neuroscience:   mechanisms  of  cell  migration  in  the  nervous  system.   Cell  Biol  202(5):  725-­‐34.    

Dent  EW  &  Gertler  FB  (2003)  Cytoskeletal  dynamics   and  transport  in  growth  cone  motility  and  axon   guidance.  Neuron  40:209–227.     Kikkawa  M  (2013)  Big  steps  toward  understanding   dynein.  J  Cell  Biol  202(1)  15-­‐23.     Lauffenburger  DA  &  Horwitz  AF  (1996)  Cell  migration:  a   physically  integrated  molecular  process.  Cell  84:359– 369.     Lo  CM,  Wang  HB,  Dembo  M  &  Wang  YL  (2000)  Cell   movement  is  guided  by  the  rigidity  of  the  substrate.   Biophys  J  79:144–152.     Madden  K  &  Snyder  M  (1998)  Cell  polarity  and   morphogenesis  in  budding  yeast.  Annu  Rev  Microbiol   52:687–744.     Ridley  AJ,  Schwartz  MA,  Burridge  K  et  al  (2003)  Cell   migration:  integrating  signals  from  front  to  back.   Science  302:1704–1709.     Rafelski  SM  &  Theriot  JA  (2004)  Crawling  toward  a   unified  model  of  cell  motility:  spatial  and  temporal   regulation  of  actin  dynamics.  Annu  Rev  Biochem   73:209–239.     Parent  CA  &  Devreotes  PN  (1999)  A  cell’s  sense  of   direction.  Science  284:765–770.     Pollard  TD  &  Borisy  GG  (2003)  Cellular  motility  driven   by  assembly  and  disassembly  of  actin  filaments.  Cell   112:453–465.     Purcell  EM  (1977)  Life  at  low  Reynolds’  number.  Am  J   Phys  45:3–11.     Shirao  T,  Gonzalez-­‐Billaut  C  (2013)  Actin  filaments  and   microtubules  in  dendritic  spines.  J  Neurochem   126(2):  155-­‐64.   Wittmann  T,  Hyman  A  &  Desai  A  (2001)  The  spindle:  a   dynamic  assembly  of  microtubules  and  motors.   Nature  Cell  Biol  3:E28–E34.    

Chapter  18     Overview  of  the  Cell  Cycle     Forsburg  SL  &  Nurse  P  (1991)  Cell  cycle  regulation  in   the  yeasts  Saccharomyces  cerevisiae  and   Schizosaccharomyces  pombe.  Annu  Rev  Cell  Biol   7:227–256.     Hartwell  LH,  Culotti  J,  Pringle  JR  et  al  (1974)  Genetic   control  of  the  cell  division  cycle  in  yeast.  Science   183:46–51.       Kirschner  M,  Newport  J  &  Gerhart  J  (1985)  The  timing   of  early  developmental  events  in  Xenopus.  Trends   Genet  1:41–47.   Nurse  P,  Thuriaux  P  &  Nasmyth  K  (1976)  Genetic   control  of  the  cell  division  cycle  in  the  fission  yeast   Schizosaccharomyces  pombe.  Mol  Gen  Genet   146:167–178.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

  The  Cell-­‐Cycle  Control  System     Evans  T,  Rosenthal  ET,  Youngblom  J  et  al  (1983)  Cyclin:     a  protein  specified  by  maternal  mRNA  in  sea  urchin   eggs  that  is  destroyed  at  each  cleavage  division.  Cell   33:389–396.     Lohka  MJ,  Hayes  MK  &  Maller  JL  (1988)  Purification  of   maturation-­‐promoting  factor,  an  intracellular   regulator  of  early  mitotic  events.  Proc  Natl  Acad  Sci   USA  85:3009–3013.     Masui  Y  and  Markert  CL  (1971)  Cytoplasmic  control  of   nuclear  behavior  during  meiotic  maturation  of  frog   oocytes.  J  Exp  Zool  177:129–146.     Morgan  DO  (1997)  Cyclin-­‐dependent  kinases:  engines,   clocks,  and  microprocessors.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol   13:261–291.     Murray  AW  &  Kirschner  MW  (1989)  Cyclin  synthesis   drives  the  early  embryonic  cell  cycle.  Nature   339:275–280.     Pavletich  NP  (1999)  Mechanisms  of  cyclin-­‐dependent   kinase  regulation:  structures  of  Cdks,  their  cyclin   activators,  and  CIP  and  Ink4  inhibitors.  J  Mol  Biol   287:821–828.     Peters  JM  (2006)  The  anaphase  promoting   complex/cyclosome:  a  machine  designed  to  destroy.   Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  7:644–656.     Petroski  MD  &  Deshaies  RJ  (2005)  Function  and   regulation  of  cullin-­‐RING  ubiquitin  ligases.  Nature   Rev  Mol  Cell  Biol  6:9–20.     Wittenberg  C  &  Reed  SI  (2005)  Cell  cycle-­‐dependent   transcription  in  yeast:  promoters,  transcription   factors,  and  transcriptomes.  Oncogene  24:2746– 2755.       S  Phase     Arias  EE  &  Walter  JC  (2007)  Strength  in  numbers:   preventing  rereplication  via  multiple  mechanisms  in   eukaryotic  cells.  Genes  Dev  21:497–518.     Bell  SP  &  Dutta  A  (2002)  DNA  replication  in  eukaryotic   cells.  Annu  Rev  Biochem  71:333–374.     Bell  SP  &  Stillman  B  (1992)  ATP-­‐dependent  recognition   of  eukaryotic  origins  of  DNA  replication  by  a   multiprotein  complex.  Nature  357:128–134.     Diffley  JF  (2004)  Regulation  of  early  events  in   chromosome  replication.  Curr  Biol  14:R778–R786.     Groth  A,  Rocha  W,  Verreault  A  et  al  (2007)  Chromatin   challenges  during  DNA  replication  and  repair.  Cell   128:721–733.     Tanaka  S,  Umemori  T,  Hirai  K  et  al  (2007)  CDK-­‐ dependent  phosphorylation  of  Sld2  and  Sld3  initiates   DNA  replication  in  budding  yeast.  Nature  445:328– 332.    

Zegerman  P  &  Diffley  JF  (2007)  Phosphorylation  of  Sld2   and  Sld3  by  cyclin-­‐dependent  kinases  promotes  DNA   replication  in  budding  yeast.  Nature  445:281–285.       Mitosis     Cheeseman  IM,  Chappie  JS,  Wilson-­‐Kubalek  EM  et  al   (2006)  The  conserved  KMN  network  constitutes  the   core  microtubule-­‐binding  site  of  the  kinetochore.   Cell  127:983–997.     Dong  Y,  Vanden  Beldt  KJ,  Meng  X  et  al  (2007)  The  outer   plate  in  vertebrate  kinetochores  is  a  flexible  network   with  multiple  microtubule  interactions.  Nature  Cell   Biol  9:516–522.     Heald  R,  Tournebize  R,  Blank  T  et  al  (1996)  Self-­‐ organization  of  microtubules  into  bipolar  spindles   around  artificial  chromosomes  in  Xenopus  egg   extracts.  Nature  382:420–425.     Hirano  T  (2005)  Condensins:  organizing  and   segregating  the  genome.  Curr  Biol  15:R265–R275.     Kapoor  TM,  Lampson  MA,  Hergert  P  et  al  (2006)   Chromosomes  can  congress  to  the  metaphase  plate   before  biorientation.  Science  311:388–391.     Mitchison  T  &  Kirschner  M  (1984)  Dynamic  instability   of  microtubule  growth.  Nature  312:237–242.     Mitchison  TJ  (1989)  Polewards  microtubule  flux  in  the   mitotic  spindle:  evidence  from  photoactivation  of   fluorescence.  J  Cell  Biol  109:637–652.     Mitchison  TJ  &  Salmon  ED  (2001)  Mitosis:  a  history  of   division.  Nature  Cell  Biol  3:E17–E21.     Musacchio  A  &  Salmon  ED  (2007)  The  spindle-­‐assembly   checkpoint  in  space  and  time.  Nature  Rev  Mol  Cell   Biol  8:379–393.     Nasmyth  K  (2002)  Segregating  sister  genomes:  the   molecular  biology  of  chromosome  separation.   Science  297:559–565.     Nigg  EA  (2007)  Centrosome  duplication:  of  rules  and   licenses.  Trends  Cell  Biol  17:215–221.     Nurse  P  (1990)  Universal  control  mechanism  regulating   onset  of  M-­‐phase.  Nature  344:503–508.     Page  SL  &  Hawley  RS  (2003)  Chromosome   choreography:  the  meiotic  ballet.  Science  301:785– 789.     Petronczki  M,  Siomos  MF  &  Nasmyth  K  (2003)  Un   ménage  à  quatre:  the  molecular  biology  of   chromosome  segregation  in  meiosis.  Cell  112:423– 440.     Salmon  ED  (2005)  Microtubules:  a  ring  for  the   depolymerization  motor.  Curr  Biol  15:R299–R302.   Tanaka  TU,  Stark  MJ  &  Tanaka  K  (2005)  Kinetochore   capture  and  biorientation  on  the  mitotic  spindle.   Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  6:929–942.     Uhlmann  F,  Lottspeich  F  &  Nasmyth  K  (1999)  Sister-­‐ chromatid  separation  at  anaphase  onset  is  promoted  

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

by  cleavage  of  the  cohesin  subunit  Scc1.  Nature   400:37–42.     Wadsworth  P  &  Khodjakov  A  (2004)  E  pluribus  unum:   towards  a  universal  mechanism  for  spindle   assembly.  Trends  Cell  Biol  14:413–419.       Cytokinesis     Albertson  R,  Riggs  B  &  Sullivan  W  (2005)  Membrane   traffic:  a  driving  force  in  cytokinesis.  Trends  Cell  Biol   15:92–101.     Burgess  DR  &  Chang  F  (2005)  Site  selection  for  the   cleavage  furrow  at  cytokinesis.  Trends  Cell  Biol.   15:156–162.     Dechant  R  &  Glotzer  M  (2003)  Centrosome  separation   and  central  spindle  assembly  act  in  redundant   pathways  that  regulate  microtubule  density  and   trigger  cleavage  furrow  formation.  Dev  Cell  4:333– 344.     Eggert  US,  Mitchison  TJ  &  Field  CM  (2006)  Animal   cytokinesis:  from  parts  list  to  mechanisms.  Annu  Rev   Biochem  75:543–566.     Glotzer  M  (2005)  The  molecular  requirements  for   cytokinesis.  Science  307:1735–1739.     Grill  SW,  Gonczy  P,  Stelzer  EH  et  al  (2001)  Polarity   controls  forces  governing  asymmetric  spindle   positioning  in  the  Caenorhabditis  elegans  embryo.   Nature  409:630–633.     Jurgens  G  (2005)  Plant  cytokinesis:  fission  by  fusion.   Trends  Cell  Biol  15:277–283.     Rappaport  R  (1986)  Establishment  of  the  mechanism  of   cytokinesis  in  animal  cells.  Int  Rev  Cytol  105:245– 281.       Control  of  Cell  Division  and  Cell  Growth     Adhikary  S  &  Eilers  M  (2005)  Transcriptional  regulation   and  transformation  by  Myc  proteins.  Nature  Rev  Mol   Cell  Biol  6:635–645.     Campisi  J  (2005)  Senescent  cells,  tumor  suppression,   and  organismal  aging:  good  citizens,  bad  neighbors.   Cell  120:513–522.     Conlon  I  &  Raff  M  (1999)  Size  control  in  animal   development.  Cell  96:235–244.     Frolov  MV,  Huen  DS,  Stevaux  O  et  al  (2001)  Functional   antagonism  between  E2F  family  members.  Genes   Dev  15:2146–2160.     Harrison  JC  &  Haber  JE  (2006)  Surviving  the  breakup:   the  DNA  damage  checkpoint.  Annu  Rev  Genet   40:209–235.     Jorgensen  P  &  Tyers  M  (2004)  How  cells  coordinate   growth  and  division.  Curr  Biol  14:R1014–R1027.     Levine  AJ  (1997)  p53,  the  cellular  gatekeeper  for   growth  and  division.  Cell  88:323–331.    

Lee  SJ  (2007)  Quadrupling  muscle  mass  in  mice  by   targeting  TGF-­‐beta  signaling  pathways.  PLoS  One   2:e789.   Raff  MC  (1992)  Social  controls  on  cell  survival  and  cell   death.  Nature  356:397–400.     Sherr  CJ  &  DePinho  RA  (2000)  Cellular  senescence:   mitotic  clock  or  culture  shock?  Cell  102:407–410.     Sherr  CJ  &  Roberts  JM  (1999)  CDK  inhibitors:  positive   and  negative  regulators  of  G1-­‐phase  progression.   Genes  Dev  13:1501–1512.     Trimarchi  JM  &  Lees  JA  (2002)  Sibling  rivalry  in  the  E2F   family.  Nature  Rev  Mol  Cell  Biol  3:11–20.     Vousden  KH  &  Lu  X  (2002)  Live  or  let  die:  the  cell’s   response  to  p53.  Nature  Rev  Cancer  2:594–604.     Zetterberg  A  &  Larsson  O  (1985)  Kinetic  analysis  of   regulatory  events  in  G1  leading  to  proliferation  or   quiescence  of  Swiss  3T3  cells.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA   82:5365–5369.       Apoptosis   Adams  JM,  Huang  DC,  Strasser  A  et  al  (2005)   Subversion  of  the  Bcl-­‐2  life/death  switch  in  cancer   development  and  therapy.  Cold  Spring  Harb  Symp   Quant  Biol  70:469–77.     Boatright  KM  &  Salvesen  GS  (2003)  Mechanisms  of   caspase  activation.  Curr  Opin  Cell  Biol  15:725–731.     Danial  NN  &  Korsmeyer  SJ  (2004)  Cell  death:  critical   control  points.  Cell  116:205–219.     Ellis  RE,  Yuan  JY  &  Horvitz  RA  (1991)  Mechanisms  and   functions  of  cell  death.  Annu  Rev  Cell  Biol  7:663–698.     Fadok  VA  &  Henson  PM  (2003)  Apoptosis:  giving   phosphatidylserine  recognition  an  assist—with  a   twist.  Curr  Biol  13:R655–R657.     Galonek  HL  &  Hardwick  JM  (2006)  Upgrading  the  BCL-­‐2   network.  Nature  Cell  Biol  8:1317–1319.     Green  DR  (2005)  Apoptotic  pathways:  ten  minutes  to   dead.  Cell  121:671–674.     Horvitz  HR  (2003)  Worms,  life,  and  death  (Nobel   lecture).  Chembiochem  4:697–711.     Hyun-­‐Eui  K,  Fenghe  D,  Fang  M  &  Wang  X  (2005)   Formation  of  apoptosome  is  initiated  by  cytochrome   c-­‐induced  dATP  hydrolysis  and  subsequent   nucleotide  exchange  on  Apaf-­‐1.  Proc  Natl  Acad  Sci   USA  102:17545–17550.     Jacobson  MD,  Weil  M  &  Raff  MC  (1997)  Programmed   cell  death  in  animal  development.  Cell  88:347–354.     Jiang  X  &  Wang  X  (2004)  Cytochrome  C-­‐mediated   apoptosis.  Annu  Rev  Biochem  73:87–106.     Kerr  JF,  Wyllie  AH  &  Currie  AR  (1972)  Apoptosis:  a  basic   biological  phenomenon  with  wide-­‐ranging   implications  in  tissue  kinetics.  B  J  Cancer  26:239– 257.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Kumar  S  (2007)  Caspase  function  in  programmed  cell   death.  Cell  Death  Differ  14:32–43.     Lavrik  I,  Golks  A  &  Krammer  PH  (2005)  Death  receptor   signaling.  J  Cell  Sci  118:265–267.     Lowe  SW,  Cepero  E  &  Evan  G  (2004)  Intrinsic  tumour   suppression.  Nature  432:307–315.     Lum  JJ,  Bauer  DE,  Kong  M  et  al  (2005)  Growth  factor   regulation  of  autophagy  and  cell  survival  in  the   absence  of  apoptosis.  Cell  120:237–48.     McCall  K  &  Steller  H  (1997)  Facing  death  in  the  fly:   genetic  analysis  of  apoptosis  in  Drosophila.  Trends   Genet  13:222–226.     Mills  Kd  (2013)  Tumor  suppression:  Putting  p53  in   context.  Cell  Cyce  12(22).   Nagata  S  (1999)  Fas  ligand-­‐induced  apoptosis.  Annu   Rev  Genet  33:29–55.     Nagata  S  (2005)  DNA  degradation  in  development  and   programmed  cell  death.  Annu  Rev  Immunol  23:853– 875.     Pop  C,  Timmer  J,  Sperandio  S  &  Salvesen  GS  (2006)  The   apoptosome  activates  caspase-­‐9  by  dimerization.   Mol  Cell  22:269–275.     Raff  MC  (1999)  Cell  suicide  for  beginners.  Nature   396:119–122.     Rathmell  JC  &  Thompson  CB  (2002)  Pathways  of   apoptosis  in  lymphocyte  development,  homeostasis,   and  disease.  Cell  109:S97–107.     Tittel  JN  &  Steller  H  (2000)  A  comparison  of   programmed  cell  death  between  species.  Genome   Biol  1.     Verhagen  AM,  Coulson  EJ  &  Vaux  DL  (2001)  Inhibitor  of   apoptosis  proteins  and  their  relatives:  IAPs  and  other   BIRPs.  Genome  Biol  2:3009.1–3009.10.     Vousden  KH  (2005)  Apoptosis.  p53  and  PUMA:  a   deadly  duo.  Science  309:1685–1686.     Willis  SN  &  Adams  JM  (2005)  Life  in  the  balance:  how   BH3-­‐only  proteins  induce  apoptosis.  Curr  Opin  Cell   Biol  17:617–625.      

Chapter  19     Overview  of  Sexual  Reproduction     Cavalier-­‐Smith  T  (2002)  Origins  of  the  machinery  of   recombination  and  sex.  Heredity  88:125–41.     Charlesworth  B  (2006)  The  evolutionary  biology  of  sex.   Curr  Biol  16:R693–R695.     Hoekstra  RF  (2005)  Evolutionary  biology:  why  sex  is   good.  Nature  434:571–573.     Maynard  Smith  J  (1978)  Evolution  of  Sex.  Cambridge,   UK:  Cambridge  University  Press.        

Meiosis     Blat  Y,  Protacio  RU,  Hunter  N  and  Kleckner  N  (2002)   Physical  and  functional  interactions  among  basic   chromosome  organizational  features  govern  early   steps  of  meiotic  chiasma  formation.  Cell  111:791– 802.     Börner  GV,  Kleckner  N  and  Hunter  N  (2004)   Crossover/noncrossover  differentiation,   synaptonemal  complex  formation  and  regulatory   surveillance  at  the  leptotene/zygotene  transition  of   meiosis.  Cell  117:29–45.     De  Massy  B  (2003)  Distribution  of  meiotic   recombination  sites.  Trends  Genet  19:514–522.     Gerton  JL,  and  Hawley  RS  (2005)  Homologous   chromosome  interactions  in  meiosis:  diversity   amidst  conservation.  Nature  Rev  Genet  6:477–487.     Hall  H,  Hunt  P  and  Hassold  T  (2006)  Meiosis  and  sex   chromosome  aneuploidy:  how  meiotic  errors  cause   aneuploidy;  how  aneuploidy  causes  meiotic  errors.   Curr  Opin  Genet  Dev  16:323–329.     Hauf  S  and  Watanabe  Y  (2004)  Kinetochore  orientation   in  mitosis  and  meiosis.  Cell  119:317–327.     Hunt  PA  and  Hassold  TJ  (2002)  Sex  matters  in  meiosis.   Science  296:2181–2183.     Jordan  P  (2006)  Initiation  of  homologous  chromosome   pairing  during  meiosis.  Biochem  Soc  Trans  34:545– 549.     Nasmyth  K  (2001)  Disseminating  the  genome:  joining,   resolving,  and  separating  sister  chromatids  during   mitosis  and  meiosis.  Annu  Rev  Genet  35:673–745.     Page  SL  and  Hawley  RS  (2004)  The  genetics  and   molecular  biology  of  the  synaptonemal  complex.   Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  20:525–558.     Petronczki  M,  Siomos  MF  and  Nasmyth  K  (2003)  Un   menage  a  quatre:  the  molecular  biology  of   chromosome  segregation  in  meiosis.  Cell  112:423– 440.       Fertilization     De  Jonge  C  (2005)  Biological  basis  for  human   capacitation.  Hum  Reprod  Update  11:205–214.     Hafez  ES,  Goff  L  and  Hafez  B  (2004)  Mammalian   fertilization,  IVF,  ICSI:physiological/molecular   parameters,  clinical  application.  Arch  Androl  50:69– 88.     Jaenisch  R  (2004)  Human  Cloning—The  Science  and   Ethics  of  Nuclear  Transplantation.  N  Eng  J  Med   351:2787–2791.     Shur  BD,  Rodeheffer  C  and  Ensslin  MA  (2004)   Mammalian  fertilization.  Curr  Biol  14:R691–692.     Stein  KK,  Primakoff  P  and  Myles  D  (2004)  Sperm-­‐egg   fusion:  events  at  the  plasma  membrane.  J  Cell  Sci   117:6269–6274.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Takahashi  K  and  Yamanaka  S  (2006)  Induction  of   pluripotent  stem  cells  from  mouse  embryonic  and   adult  fibroblast  cultures  by  defined  factors.  Cell   126:663–676.     Tsaadon  A,  Eliyahu  E,  Shtraizent  N  and  Shalgi  R  (2006)   When  a  sperm  meets  an  egg:  block  to  polyspermy.   Mol  Cell  Endocrinol  252:107–114.     Wassarman  PM  (2005)  Contribution  of  mouse  egg  zona   pellucida  glycoproteins  to  gamete  recognition  during   fertilization.  J  Cell  Physiol  204:388–391.     Whitaker  M  (2006)  Calcium  at  fertilization  and  in  early   development.  Physiol  Rev  86:25–88.       Inheritence  and  Genetics   Lehner  B  et  al.  (2006)  Systematic  mapping  of  genetic   interactions  in  Caenorhabditis  elegans  identifies   common  modifiers  of  diverse  signaling  pathways.   Nat  Genet  38:  896-­‐903.     Mardis  ER  (2013)  Next-­‐generation  sequencing   platofrms.  Annu  Rev  Anal  Chem  (Palo  Alto  Calif)   6:287-­‐303.     Pareek  CS,  Smoczynski  R,  Tretyn  A  (2011)  Sequencing   technologies  and  genome  sequencing.  J  Appl  Genet   52(4):  413-­‐35.    

Chapter  20     Epithelial  Sheets  and  Cell  Junctions   Furuse  M,  Hata  M,  Furuse  K  et  al  (2002)  Claudin-­‐based   tight  junctions  are  crucial  for  the  mammalian   epidermal  barrier:  a  lesson  from  claudin-­‐1-­‐deficient   mice.  J  Cell  Biol  156:1099–1111.     Ikenouchi  J,  Furuse  M,  Furuse  K  et  al  (2005)  Tricellulin   constitutes  a  novel  barrier  at  tricellular  contacts  of   epithelial  cells.  J  Cell  Biol  171:939–945.     Henrique  D  &  Schweisguth  F  (2003)  Cell  polarity:  the   ups  and  downs  of  the  Par6/aPKC  complex.  Curr  Opin   Genet  Dev  13:341–350.     Nelson  WJ  (2003)  Adaptation  of  core  mechanisms  to   generate  cell  polarity.  Nature  422:766–774.     O’Brien  LE,  Jou  TS,  Pollack  AL  et  al  (2001)  Rac1   orientates  epithelial  apical  polarity  through  effects   on  basolateral  laminin  assembly.  Nature  Cell  Biol   3:831–838.     Seifert  JR  &  Mlodzik  M  (2007)  Frizzled/PCP  signalling:  a   conserved  mechanism  regulating  cell  polarity  and   directed  motility.  Nature  Rev  Genet  8:126–138.     Shin  K,  Fogg  VC  &  Margolis  B  (2006)  Tight  junctions  and   cell  polarity.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  22:207–236.     nd Wheater  PR  et  al.  (1987)  Functional  Histology,  2   Edition.  London:  Churchill  Livingstone.  

Passageways  from  Cell  to  Cell:  Gap  Junctions  and   Plasmodesmata     Cilia  ML  &  Jackson  D  (2004)  Plasmodesmata  form  and   function.  Curr  Opin  Cell  Biol  16:500–506.     Gaietta  G,  Deerinck  TJ,  Adams  SR  et  al  (2002)   Multicolor  and  electron  microscopic  imaging  of   connexin  trafficking.  Science  296:503–507.     Goodenough  DA  &  Paul  DL  (2003)  Beyond  the  gap:   functions  of  unpaired  connexon  channels.  Nature   Rev  Mol  Cell  Biol  4:285–294.     Segretain  D  &  Falk  MM  (2004)  Regulation  of  connexin   biosynthesis,  assembly,  gap  junction  formation,  and   removal.  Biochim  Biophys  Acta  1662:3–21.     Wei  CJ,  Xu  X  &  Lo  CW  (2004)  Connexins  and  cell   signaling  in  development  and  disease.  Annu  Rev  Cell   Dev  Biol  20:811–838.     The  Basal  Lamina     Miner  JH  &  Yurchenco  PD  (2004)  Laminin  functions  in   tissue  morphogenesis.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol   20:255–284.     Sanes  JR.  (2003)  The  basement  membrane/basal   lamina  of  skeletal  muscle.  J  Biol  Chem  278:12601– 12604.     Sasaki  T,  Fassler  R  &  Hohenester  E  (2004)  Laminin:  the   crux  of  basement  membrane  assembly.  J  Cell  Biol   164:959–963.     Yurchenco  PD,  Amenta  PS  &  Patton  BL  (2004)   Basement  membrane  assembly,  stability  and   activities  observed  through  a  developmental  lens.   Matrix  Biol  22:521–538.       The  Extracellular  Matrix     Aszodi  A,  Legate  KR,  Nakchbandi  I  &  Fassler  R  (2006)   What  mouse  mutants  teach  us  about  extracellular   matrix  function.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  22:591–621.     Bulow  HE  &  Hobert  O  (2006)  The  molecular  diversity  of   glycosaminoglycans  shapes  animal  development.   Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  22:375–407.     Couchman  JR  (2003)  Syndecans:  proteoglycan   regulators  of  cell-­‐surface  microdomains?  Nature  Rev   Mol  Cell  Biol  4:926–937.     Hotary  KB,  Allen  ED,  Brooks  PC  et  al  (2003)  Membrane   type  I  matrix  metalloproteinase  usurps  tumor   growth  control  imposed  by  the  three-­‐dimensional   extracellular  matrix.  Cell  114:33–45.     Kielty  CM,  Sherratt  MJ  &  Shuttleworth  CA  (2002)   Elastic  fibres.  J  Cell  Sci  115:2817–2828.     Larsen  M,  Artym  VV,  Green  JA  &  Yamada  KM  (2006)   The  matrix  reorganized:  extracellular  matrix   remodeling  and  integrin  signaling.  Curr  Opin  Cell  Biol   18:463–471.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Lin  X  (2004)  Functions  of  heparan  sulfate   proteoglycans  in  cell  signaling  during  development.   Development  131:6009–6021.     Mott  JD  &  Werb  Z  (2004)  Regulation  of  matrix  biology   by  matrix  metalloproteases.  Curr  Opin  Cell  Biol   16:558–564.     Prockop  DJ  &  Kivirikko  KI  (1995)  Collagens:  molecular   biology,  diseases,  and  potentials  for  therapy.  Annu   Rev  Biochem  64:403–434.     Toole  BP  (2001)  Hyaluronan  in  morphogenesis.  Semin   Cell  Dev  Biol  12:79–87.       The  Plant  Cell  Wall     Carpita  NC  &  McCann  M  (2000)  The  Cell  Wall.  In   Biochemistry  and  Molecular  Biology  of  Plants   (Buchanan  BB,Gruissem  W  &  Jones  RL  eds),  pp  52– 108.  Rockville,  MD:  ASPB.     Carpita  NC,  Campbell  M  &  Tierney  M  (eds)  (2001)  Plant   cell  walls.  Plant  Mol  Biol  47:1–340.  (special  issue)     Dhugga  KS  (2001)  Building  the  wall:  genes  and  enzyme   complexes  for  polysaccharide  synthases.  Curr  Opin   Plant  Biol  4:488–493.     McCann  MC  &  Roberts  K  (1991)  Architecture  of  the   primary  cell  wall.  In  The  Cytoskeletal  Basis  of  Plant   Growth  and  Form  (Lloyd  CW  ed),  pp  109–129.   London:  Academic  Press.     Smith  LG  &  Oppenheimer  DG  (2005)  Spatial  control  of   cell  expansion  by  the  plant  cytoskeleton.  Annu  Rev   Cell  Dev  Biol  21:271–295.     Somerville  C  (2006)  Cellulose  synthesis  in  higher   plants.  Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  22:53–78.     Epidermis  and  Its  Renewal  by  Stem  Cells     Fuchs  E  (2007)  Scratching  the  surface  of  skin   development.  Nature  445:834–842.     Imagawa  W,  Yang  J,  Guzman  R  &  Nandi  S  (1994)   Control  of  mammary  gland  development.  In  The   Physiology  of  Reproduction  (Knobil  E  &  Neill  JD  eds),   2nd  ed,  pp  1033–1063.  New  York:  Raven  Press.     Ito  M,  Yang  Z,  Andl  T  et  al  (2007)  Wnt-­‐dependent  de   novo  hair  follicle  regeneration  in  adult  mouse  skin   after  wounding.  Nature  447:316–320.     Jacinto  A,  Martinez-­‐Arias  A  &  Martin  P  (2001)   Mechanisms  of  epithelial  fusion  and  repair.  Nature   Cell  Biol  3:E117–123.     Jensen  UB,  Lowell  S  &  Watt  FM  (1999)  The  spatial   relationship  between  stem  cells  and  their  progeny  in   the  basal  layer  of  human  epidermis:  a  new  view   based  on  whole-­‐mount  labelling  and  lineage   analysis.  Development  126:2409–2418.     Prince  JM,  Klinowska  TC,  Marshman  E  et  al  (2002)  Cell-­‐ matrix  interactions  during  development  and  

apoptosis  of  the  mouse  mammary  gland  in  vivo.  Dev   Dyn  223:497–516.     Shackleton  M,  Vaillant  F,  Simpson  KJ  et  al  (2006)   Generation  of  a  functional  mammary  gland  from  a   single  stem  cell.  Nature  439:84–88.     Shinin  V,  Gayraud-­‐Morel  B,  Gomes  D  &  Tajbakhsh  S   (2006)  Asymmetric  division  and  cosegregation  of   template  DNA  strands  in  adult  muscle  satellite  cells.   Nature  Cell  Biol  8:677–687.     Stanger  BZ,  Tanaka  AJ  &  Melton  DA  (2007)  Organ  size   is  limited  by  the  number  of  embryonic  progenitor   cells  in  the  pancreas  but  not  the  liver.  Nature   445:886–891.     Steinert  PM  (2000)  The  complexity  and  redundancy  of   epithelial  barrier  function.  J  Cell  Biol  151:F5–F8.     Watt  FM,  Lo  Celso  C  &  Silva-­‐Vargas  V  (2006)  Epidermal   stem  cells:  an  update.  Curr  Opin  Genet  Dev  16:518– 524.       Tissue  Maintenance  and  Renewal   Allsopp  RC,  Morin  GB,  DePinho  R,  Harley  CB  &   Weissman  IL  (2003)  Telomerase  is  required  to  slow   telomere  shortening  and  extend  replicative  lifespan   of  HSCs  during  serial  transplantation.  Blood   102:517–520.     Calvi  LM,  Adams  GB,  Weibrecht  KW  et  al  (2003)   Osteoblastic  cells  regulate  the  haematopoietic  stem   cell  niche.  Nature  425:841–846.     Hock  H,  Hamblen  MJ,  Rooke  HM  et  al  (2004)  Gfi-­‐1   restricts  proliferation  and  preserves  functional   integrity  of  haematopoietic  stem  cells.  Nature   431:1002–1007.     Metcalf  D  (1980)  Clonal  analysis  of  proliferation  and   differentiation  of  paired  daughter  cells:  action  of   granulocyte-­‐macrophage  colony-­‐stimulating  factor   on  granulocyte-­‐macrophage  precursors.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  77:5327–5330.     Metcalf  D  (1999)  Stem  cells,  pre-­‐progenitor  cells  and   lineage-­‐committed  cells:  are  our  dogmas  correct?   Annu  NY  Acad  Sci  872:289–303.     Orkin  SH  (2000)  Diversification  of  haematopoietic  stem   cells  to  specific  lineages.  Nature  Rev  Genet  1:57–64.     Reya  T,  Duncan  AW,  Ailles  L  et  al  (2003)  A  role  for  Wnt   signalling  in  self-­‐renewal  of  haematopoietic  stem   cells.  Nature  423:409–414.     Shizuru  JA,  Negrin  RS  &  Weissman  IL  (2005)   Hematopoietic  stem  and  progenitor  cells:  clinical   and  preclinical  regeneration  of  the  hematolymphoid   system.  Annu  Rev  Med  56:509–538.     Wintrobe  MM  (1980)  Blood,  Pure  and  Eloquent.  New   York:  McGraw-­‐Hill.        

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Stem-­‐cell  Engineering     Brockes  JP  &  Kumar  A  (2005)  Appendage  regeneration   in  adult  vertebrates  and  implications  for   regenerative  medicine.  Science  310:1919–1923.     Brustle  O,  Jones  KN,  Learish  RD  et  al  (1999)  Embryonic   stem  cell-­‐derived  glial  precursors:  a  source  of   myelinating  transplants.  Science  285:754–756.     Conti  L,  Pollard  SM,  Gorba  T  et  al  (2005)  Niche-­‐ independent  symmetrical  self-­‐renewal  of  a   mammalian  tissue  stem  cell.  PLoS  Biol  3:e283.     Eggan  K,  Baldwin  K,  Tackett  M  et  al  (2004)  Mice  cloned   from  olfactory  sensory  neurons.  Nature  428:44–49.     Eiraku  M  &  Sasi  Y  (2012)  Self-­‐formation  of  layerd   neural  structures  in  three-­‐dimensional  culture  of  ES   cells.  Curr  Opin  Neurobiol  22:768-­‐777.     Eiraku  M  et  al.  (2011)  Self-­‐forming  optic  cup   morphogenesis  in  three-­‐dimensional  culture.  Nature   472:51-­‐56.     Lee  TI,  Jenner  RG,  Boyer  LA  et  al  (2006)  Control  of   developmental  regulators  by  Polycomb  in  human   embryonic  stem  cells.  Cell  125:301–313.     Lenger  CJ  (2010)  iPS  cell  technology  in  regenerative   medicine  Ann  N  Y  Acad  Sci  1192:  38-­‐44.   Ming  GL  &  Song  H  (2005)  Adult  neurogenesis  in  the   mammalian  central  nervous  system.  Annu  Rev   Neurosci  28:223–250.     Okano  H  et  al  (2013)  Steps  toward  safe  cell  therapy   using  induced  pluripotent  stem  cells.  Circ  Res  112)3):   523-­‐33.   Okita  K,  Ichisaka  T  &  Yamanaka  S  (2007)  Generation  of   germlinecompetent  induced  pluripotent  stem  cells.   Nature  in  press.     Raff  M  (2003)  Adult  stem  cell  plasticity:  fact  or  artifact?   Annu  Rev  Cell  Dev  Biol  19:1–22.     Schulz  JT,  3rd,Tompkins  RG  &  Burke  JF  (2000)  Artificial   skin.  Annu  Rev  Med  51:231–244.     Suhonen  JO,  Peterson  DA,  Ray  J  &  Gage  FH  (1996)   Differentiation  of  adult  hippocampus-­‐derived   progenitors  into  olfactory  neurons  in  vivo.  Nature   383:624–627.     Tachibana  M  et  al  (2013)  Human  embryonic  stem  cells   derived  by  somatic  cell  nuclear  transfer.  Cell  153(6):   1228-­‐38   Wagers  AJ  &  Weissman  IL  (2004)  Plasticity  of  adult   stem  cells.  Cell  116:639–648.     Yu  J  et  al.  (2007)  Induced  pluripotent  stem  cell  lines   derived  from  human  somatic  cells.  Science   318(5858):  1917-­‐20     Cancer  as  a  Microevolutionary  Process     Al-­‐Hajj  M,  Becker  MW,  Wicha  M  et  al  (2004)   Therapeutic  implications  of  cancer  stem  cells.  Curr   Opin  Genet  Dev  14:43–47.    

Bielas  JH,  Loeb  KR,  Rubin  BP  et  al  (2006)  Human   cancers  express  a  mutator  phenotype.  Proc  Natl   Acad  Sci  USA  103:18238–18242.     Cairns  J  (1975)  Mutation,  selection  and  the  natural   history  of  cancer.  Nature  255:197–200.     Campesi  J  (2005)  Senescent  cells,  tumor  supression,   and  organismal  aging:  good  citizens,  bad  neighbors.   Cell  120:513–522.     Evan  GI  &  Vousden  KH  (2001)  Proliferation,  cell  cycle   and  apoptosis  in  cancer.  Nature  411:342–348.     Fialkow  PJ  (1976)  Clonal  origin  of  human  tumors.   Biochim  Biophys  Acta  458:283–321.     Fidler  IJ  (2003)  The  pathogenesis  of  cancer  metastasis:   the  ‘seed  and  soil’  hypothesis  revisited.  Nature  Rev   Cancer  3:453–458.     Jones  PA  &  Baylin  SB  (2002)  The  fundamental  role  of   epigenetic  events  in  cancer.  Nature  Rev  Genet   3:415–428.     Loeb  LA,  Loeb  KR  &  Anderson  JP  (2003)  Multiple   mutations  and  cancer.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA   100:776–781.     Lowe  SW,  Cepero  E  &  Evan  G  (2004)  Intrinsic  tumour   suppression.  Nature  432:307–315.     Nowell  PC  (1976)  The  clonal  evolution  of  tumor  cell   populations.  Science  194:23–28.     Pardal  R,  Clarke  MF  &  Morrison  SJ  (2003)  Applying  the   principles  of  stem-­‐cell  biology  to  cancer.  Nature  Rev   Cancer  3:895–902.     Sjoblom  T,  Jones  S,  Wood  LD  et  al  (2006)  The   consensus  coding  sequences  of  human  breast  and   colorectal  cancers.  Science  314:268–274.     Thiery  JP  (2002)  Epithelial-­‐mesenchymal  transitions  in   tumour  progression.  Nature  Rev  Cancer  2:442–454.     Tlsty  TD  &  Coussens  LM  (2006)  Tumor  Stroma  and   Regulation  of  Cancer  Development.  Annu  Rev  Pathol   Mech  Dis  1:119–150.     Ward  RJ  &  Dirks  PB  (2007)  Cancer  stem  cells:  at  the   headwaters  of  tumor  development.  Annu  Rev  Pathol   Mech  Dis  2:175–189.       The  Preventable  Causes  of  Cancer     Ames  B,  Durston  WE,  Yamasaki  E  &  Lee  FD  (1973)   Carcinogens  are  mutagens:  a  simple  test  system   combining  liver  homogenates  for  activation  and   bacteria  for  detection.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA   70:2281–2285.     Berenblum  I  (1954)  A  speculative  review:  the  probable   nature  of  promoting  action  and  its  significance  in  the   understanding  of  the  mechanism  of  carcinogenesis.   Cancer  Res  14:471–477.     Cairns  J  (1985)  The  treatment  of  diseases  and  the  war   against  cancer.  Sci  Am  253:51–59.    

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

Doll  R  (1977)  Strategy  for  detection  of  cancer  hazards   to  man.  Nature  265:589–597.     Doll  R  &  Peto  R  (1981)  The  causes  of  cancer:   quantitative  estimates  of  avoidable  risks  of  cancer  in   the  United  States  today.  J  Natl  Cancer  Inst  66:1191– 1308.     Hsu  IC,  Metcalf  RA,  Sun  T  et  al  (1991)  Mutational   hotspot  in  the  p53  gene  in  human  hepatocellular   carcinomas.  Nature  350:427–428.     Newton  R,  Beral  V  &  Weiss  RA  (eds)  (1999)  Infections   and  Human  Cancer.  Cold  Spring  Harbor  Laboratory   Press:  Cold  Spring  Harbor.     Peto  J  (2001)  Cancer  epidemiology  in  the  last  century   and  the  next  decade.  Nature  411:390–395.       Finding  the  Cancer-­‐Critical  Genes     Davies  H,  Bignell  GR,  Cox  C  et  al  (2002)  Mutations  of   the  BRAF  gene  in  human  cancer.  Nature  417:949– 954.     Easton  DF,  Pooley  KA,  Dunning  AM  et  al  (2007)   Genome-­‐wide  association  study  identifies  novel   breast  cancer  susceptibility  loci.  Nature  447:1087– 1095.     Feinberg  AP  (2007)  Phenotypic  plasticity  and  the   epigenetics  of  human  disease.  Nature  447:433–440.     Herman  JG  &  Baylin  SB  (2003)  Gene  silencing  in  cancer   in  association  with  promoter  hypermethylation.  N   Engl  J  Med  349:2042–2054.     Lowe  SW,  Cepero  E  &  Evan  G  (2004)  Intrinsic  tumour   suppression.  Nature  432:307–315.     Mitelman  F,  Johansson  B  &  Mertens  F  (2007)  The   impact  of  translocations  and  gene  fusions  on  cancer   causation.  Nature  Rev  Cancer  7:233-­‐245.     Pinkel  D  &  Albertson  DG  (2005).  Comparative  genomic   hybridization.  Annu  Rev  Genomics  Hum  Genet   6:331–354.     Rowley  JD  (2001)  Chromosome  translocations:   dangerous  liasisons  revisited.  Nature  Rev  Cancer   1:245–250.     The  Wellcome  Trust  Case  Control  Consortium  (2007)   Genome-­‐wide  association  study  of  14,000  cases  of   seven  common  diseases  and  3,000  shared  controls.   Nature  447:661–683.   Vicente-­‐Duenas  C  et  al.  (2013)  Function  of  oncogenes   in  cancer  development:  a  changing  paradigm  EMBO  J   32(11):  1502-­‐13.     Westbrook  TF,  Stegmeier  F  &  Elledge  SJ  (2005)   Dissecting  cancer  pathways  and  vulnerabilities  with   RNAi.  Cold  Spring  Harb  Symp  Quant  Biol  70:435–444.            

The  Molecular  Basis  of  Cancer  Cell  Behavior     Artandi  SE  &  DePinho  RA  (2000)  Mice  without   telomerase:  what  can  they  teach  us  about  human   cancer?  Nature  Med  6:852–855.     Brown  JM  &  Attardi  LD  (2005)  The  role  of  apoptosis  in   cancer  development  and  treatment  response.   Nature  Rev  Cancer  5:231–237.     Chambers  AF,  Naumov  GN,  Vantyghem  S  &  Tuck  AB   (2000)  Molecular  biology  of  breast  cancer   metastasis:  clinical  implications  of  experimental   studies  on  metastatic  inefficiency.  Breast  Cancer  Res   2:400–407.     Edwards  PAW  (1999)  The  impact  of  developmental   biology  on  cancer  research:  an  overview.  Cancer   Metastasis  Rev  18:175–180.     Futreal  PA,  Coin  L,  Marshall  M  et  al  (2004)  A  census  of   human  cancer  genes.  Nature  Rev  Cancer  4:177–183.     Hanahan  D  &  Weinberg  RA  (2000)  The  hallmarks  of   cancer.  Cell  100:57–70.     Hoffman  RM  (2005)  The  multiple  uses  of  fluorescent   proteins  to  visualize  cancer  in  vivo.  Nature  Rev   Cancer  5:796–806.     Kinzler  KW  &  Vogelstein  B  (1996)  Lessons  from   hereditary  colorectal  cancer.  Cell  87:159–170.     Levine  AJ,  Hu  W  &  Feng  Z  (2006)  The  P53  pathway:   what  questions  remain  to  be  explored?  Cell  Death   Differ  13:1027–1036.     Macleod  KF  &  Jacks  T  (1999)  Insights  into  cancer  from   transgenic  mouse  models.  J  Pathol  187:43–60.     Mani  SA,  Yang  J,  Brooks  M  et  al  (2007)  Mesenchyme   Forkhead  1  (FOXC2)  plays  a  key  role  in  metastasis   and  is  associated  with  aggressive  basal-­‐like  breast   cancers.  Proc  Natl  Acad  Sci  USA  104:10069–10074.     Mueller  MM  &  Fusenig  NE  (2004)  Friends  or  foes— bipolar  effects  of  the  tumour  stroma  in  cancer.   Nature  Rev  Cancer  4:839–849.     Plas  DR  &  Thompson  CB  (2005)  Akt-­‐dependent   transformation:  there  is  more  to  growth  than  just   surviving.  Oncogene  24:7435–7442.     Ridley  A  (2000)  Molecular  switches  in  metastasis.   Nature  406:466–467.     Shaw  RJ  &  Cantley  LC  (2006)  Ras,  PI(3)K  and  mTOR   signalling  controls  tumour  cell  growth.  Nature   441:424–430.     Sherr  CJ  (2006)  Divorcing  ARF  and  p53:  an  unsettled   case.  Nature  Rev  Cancer  6:663–673.     Vogelstein  B  &  Kinzler  KW  (2004)  Cancer  genes  and  the   pathways  they  control.  Nature  Med  10:789–799.     Weinberg  RA  (1995)  The  retinoblastoma  protein  and   cell-­‐cycle  control.  Cell  81:323–330.          

 

Essential  Cell  Biology,  Fourth  Edition   REFERENCES  

  Cancer  Treatment:  Present  and  Future     Alizadeh  AA,  Eisen  MB,  Davis  RE  et  al  (2000).  Distinct   types  of  diffuse  large  B-­‐cell  lymphoma  identified  by   gene  expression  profiling.  Nature  403:503–511.     Baselga  J  &  Albanell  J  (2001)  Mechanism  of  action  of   anti-­‐HER2  monoclonal  antibodies.  Annu  Oncol   12:S35–S41.   Druker  BJ  &  Lydon  NB  (2000)  Lessons  learned  from  the   development  of  an  abl  tyrosine  kinase  inhibitor  for   chronic  myelogenous  leukemia.  J  Clin  Invest  105:3– 7.     Folkman  J  (1996)  Fighting  cancer  by  attacking  its  blood   supply.  Sci  Am  275:150–154.     Golub  TR,  Slonim  DK,  Tamayo  P  et  al  (1999)  Molecular   classification  of  cancer:  class  discovery  and  class   prediction  by  gene  expression  monitoring.  Science   286:531–537.     Huang  P  &  Oliff  A  (2001)  Signaling  pathways  in   apoptosis  as  potential  targets  for  cancer  therapy.   Trends  Cell  Biol  11:343–348.     Garraway  LA  &  Sellers  WR  (2006)  Lineage  dependency   and  lineage-­‐survival  oncogenes  in  human  cancer.   Nature  Rev  Cancer  6:593–602.     Jonkers  J  &  Berns  A  (2004)  Oncogene  addiction:   sometimes  a  temporary  slavery.  Cancer  Cell  6:535– 538.     Jain  RK  (2005)  Normalization  of  tumor  vasculature:  an   emerging  concept  in  antiangiogenic  therapy.  Science   307:58–62.     Kim  R,  Emi  M  &  Tanabe  K  (2007)  Cancer   immunoediting  from  immune  surveillance  to   immune  escape.  Immunology  121:1–14.     Madhusudan  S  &  Middleton  MR  (2005)  The  emerging   role  of  DNA  repair  proteins  as  predictive,  prognostic   and  therapeutic  targets  in  cancer.  Cancer  Treat  Rev   31:603–617.     Roninson  IB,  Abelson  HT,  Housman  DE  et  al  (1984)   Amplification  of  specific  DNA  sequences  correlates   with  multi-­‐drug  resistance  in  Chinese  hamster  cells.   Nature  309:626–628.     Sarkadi  B,  Homolya  L,  Szakács  G  &  Váradi  A  (2006)   Human  multidrug  resistance  ABCB  and  ABCG   transporters:  participation  in  a  chemoimmunity   defense  system.  Physiol  Rev  86:1179–236.     Sawyers  C  (2004)  Targeted  cancer  therapy.  Nature   432:294–297.     van  ‘t  Veer  LJ,  Dai  H,  van  de  Vijver  MJ  et  al  (2002)  Gene   expression  profiling  predicts  clinical  outcome  of   breast  cancer.  Nature  415:530–536.     Varmus  H,  Pao  W,  Politi  K  et  al  (2005)  Oncogenes  come   of  age.  Cold  Spring  Harb  Symp  Quant  Biol  70:1–9.    

Ventura  A,  Kirsch  DG,  McLaughlin  ME  et  al  (2007)   Restoration  of  p53  function  leads  to  tumour   regression  in  vivo.  Nature  445:661–665.