Genome-wide survey of the seagrass Zostera muelleri suggests ...

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A.thaliana, S. lycopersicum, O. sativa, S. polyrhiza – Phytozome v10 .... M -G G G L VM DQ G M M F PG V H N -F V D L LQ Q NG G D K N LG FG A L V PQ T S SG ...
Supplementary Material

Genome-wide survey of the seagrass Zostera muelleri suggests modification of the ethylene signalling network

Authors:

Agnieszka A Golicz, Martin Schliep, Huey Tyng Lee, Anthony WD Larkum, Rudy Dolferus, Jacqueline Batley, Chon-Kit Kenneth Chan, Gaurav Sablok, Peter J Ralph, David Edwards.

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Coding sequence download ftp sites: A.thaliana, S. lycopersicum, O. sativa, S. polyrhiza – Phytozome v10 (phytozome.jgi.doe.gov) P.dactylifera - http://qatar-weill.cornell.edu/research/datepalmGenome/download.html M. acuminata - http://banana-genome.cirad.fr/content/download-dh-pahang N. nucifera - https://genomevolution.org/CoGe/GenomeInfo.pl?gid=16884

2

Fig S1. K-mer distribution for Z. muelleri genome. K-mers with multiplicity one and two were removed for image clarity.

3

Fig S2. K-mer distribution for Z. marina genome. K-mers with multiplicity one to four were removed for image clarity.

4

atha|AT2G27050.1 M - - -M M F N - - E M G M Y G N M D - F F S S S T - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -S L D V C -P L P Q A E Q E P V V E D V D Y T D - D E M - D V D E L E K R M W R D K M R L K R L K E Q -Q S K C K E G - - - - - V D G S K Q R Q 83 atha|AT3G20770.1 M - - - -M F N - - E M G M C G N M D - F F S S G S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -L G E V D F C -P V P Q A E P D S I V E D -D Y T D - D E I - D V D E L E R R M W R D K M R L K R L K E Q - -D K G K E G - - - - - V D A A K Q R Q 82 macu|GSMUA_Achr2P11540_001 M -G G L L V E - - D M V Y P G G P N - Y V Q N F T S - S D D R K D H Y G G F Y Q - H Q M G -E C M - -M G V G D L V D L P P E K I A E A - -A D -E E S D - E D I - D IE E L E R R M W R D R M R L K R L K E Q H Q N K N K E Q - - - - -G D A S K Q Y Q 107 macu|GSMUA_Achr5P27670_001 M -G M L L V Q - - D M M Y P G G P N - Y G Q I F P Y - N D E R N V S Y G G F H Q - L S T G -E C I - -L G E G D L V D P P P D R F A E A - -A D -E D S D - E D V - D IE E L E R R M W R D R M R H K R L K E Q Q Q S K N K E Q - - - - -G D A E K Q C Q 107 osat|LOC_Os03g20780.1 M -G G G L V M D Q G M M F P G V H N - F V D L L Q Q N G G D K N L G F G A L V P Q T S S G E Q C V - -M G E G D L V D P P P E S F P D A - -G E -D D S D - D D V E D IE E L E R R M W R D R M K L K R L K E L Q L S R G K D P A G G V V G D P S K P R Q 118 pdact|PDK_30s943431g001 M M G G P L M D - -G M I F S G S Q N N Y V P L M P S - A N E K S I S F G A L L N P P IM G -D A I - - L G E G D L V D P P S E N F A E A - -G E -E E S D - D D I - D IE E L E R R M W R D R M R L K R L K E Q Q Q N K N K E Q G - - -A A D S A R Q R Q 112 M - - -M M F E - - E M G F C G D L D - F F P A P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -L K E V E V S A P Q S Q T E P D S V V D D -D Y S D E E E I - E V D E L E R R M W R D K M K L K R L K E M - -S K S K E G - - - - - V D P A K Q R Q 84 slyc|Solyc06g073720.1.1 M - - -M M F E - - E M G F C G D L D - F F P A P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -L K E V E V A A P Q - -T E A E Q V V D D -D Y S D - E D I - D V D E L E K R V W R D K M K L K R L K E M - -N Q G M E D - - - - - V D S V K R R Q 81 slyc|Solyc06g073730.1.1 slyc|Solyc01g009170.2.1 M - - -M M F E - - D IG F C A D L D - F F P A P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L K E A E T V A A V P P I V P E P M M D D -D D S D - E E I - D V D E L E K R M W R D K M K L K R L K E M - -S K G K E G - - - - - V D A V K Q R Q 83 spol|Spipo3G0015900 M -G A V V V D - - D V G F P G S F E - F W S L P C S - A S V E N L Q F L S S T A P P - - - - - S V T A G G G M D F G G S A E E G L P E G M P E D -E D S E - D D I - D V D E L E R R M W R D R L R L K R L K E Q Q Q N K S K D Q - - - - -G D A A K Q R Q 108 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Zoma_C_c5796 -----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Znoltii_c4237 zaet|gb|GAOT01036216.1| M -G G V M V D - - D IG F P G A F E - F W S L P S S - A S V E N L Q F A S IT A P P - - - - -G S - - A G G E D L M G S T T E N F N E A I P D D -D D S E - E D I - D V D E L E R R M W R D R L R L K R L K E H Q Q N K S K E Q - - - - -G D IV K Q R Q 106 aand|gb|GBKP01023665.1| M -G G V V V D - - D IV F P G S F D - F W S L P A S - A N V D N L Q F V S T T A P P - - - - - A A - -V A G I D V T E S S T E N L Q E V I P E D -E D S E - D D I - D V D E L E R R M W R D R L R L K R L K E Q Q Q N K S K E Q - - - - -G D V L K Q R Q 106 atha|AT2G27050.1 S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M atha|AT3G20770.1 macu|GSMUA_Achr2P11540_001 S L E Q A R R K K M S R A Q D G I L K Y M macu|GSMUA_Achr5P27670_001 S Q E Q A R R K K M S R A Q D G I L K Y M osat|LOC_Os03g20780.1 S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M pdact|PDK_30s943431g001 S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M slyc|Solyc06g073720.1.1 S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M slyc|Solyc06g073730.1.1 slyc|Solyc01g009170.2.1 S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M spol|Spipo3G0015900 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -M Zoma_C_c5796 - - - - - - - - -M S R A Q D G I L R Y M Znoltii_c4237 zaet|gb|GAOT01036216.1| S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M S Q E Q A R R K K M S R A Q D G IL K Y M aand|gb|GBKP01023665.1| E KG atha|AT2G27050.1 E KG atha|AT3G20770.1 macu|GSMUA_Achr2P11540_001 E K G macu|GSMUA_Achr5P27670_001 E K G E KG osat|LOC_Os03g20780.1 E KG pdact|PDK_30s943431g001 E KG slyc|Solyc06g073720.1.1 E KG slyc|Solyc06g073730.1.1 E KG slyc|Solyc01g009170.2.1 E KG spol|Spipo3G0015900 E KG Zoma_C_c5796 E KG Znoltii_c4237 E KG zaet|gb|GAOT01036216.1| E KG aand|gb|GBKP01023665.1|

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L A I I N Q E E V V A R E L Y - P E S C P P L S S - S S S L G S G S L L I N D - C S E Y 331 L A I I N Q E E S L A R E L Y - P E S C P P L S L - S G G - -S C S L L M N D - C S Q Y 327 L A V V K Q E E D M F M K L H - P D A C L P P S S G G G V - -M G D F S F N S N S S E Y 354 L A V I K Q E E D M Y M K M H - P C A L A P P S A G S G V - -T G A IS F N - - S S E Y 352 L A V V K Q E E E L Y L K L N - P G A R P P A P T -G G I - -T S A IS F N A S S S E Y 364 L A V V K Q E E E F Y M K L H - P D A R P P Q S S G S G V - -T G A IS F N S S S G E Y 359 L A I I S Q E E A L A R E L Y - P D R C P P L S S - A G V - -S G N F M L N D - S S E Y 329 L A I I N Q E E A L A R E L Y - P D R C P P L S S - A G G - -S G T F T V N D - S S E Y 326 L A I I N Q E E V L A R E L Y - P D R C P P L S S -G G S - -S G T F T M N D - S S E Y 328 S A V I S Q E E A L A R Q L H - P D A C P Q P S L G C G S - -S G T F S Y G S - T T E Y 354 L A V I N Q E D - L S R K L S - - - - H P P P S S - - - - - - -S - - - - - - - - - - C 209 F A I I N T R R Y F IP D S S R P T L Q P P P P P - - - - - - -T L F S F S S S S N E Y 234 S A V V S Q E E A L A R R L N - P D A C P L P S L G G G S - -S G T F S F G S T T S E Y 353 S A V I S Q E E A L A R K L N - P G - C P P P S L G G G S - -S G T F S F G S S T S E Y 352

H G F D V E E R K P - - -E I V M M H P L A S F G V -A K M - - - - - - -Q - H F P I K E E V A T T V N L E F T R K R K Q N - N D M N V M V M D R S - - - A G Y T C E N G Q C P H S K M N L G - H Y E V E E L K P - - -E K V M - - N S S N F G M V A K M - - - - - - -H - D F P V K E E V P A -G N S E F M R K R K P N - R D L N T I -M D -R - - - T V F T C E N L G C A H S E I S R G - S E D V D Y - K L D - -A D S - - - N A F N F G A C Y G N G K F - - - - I - R S P M K E E - - - - T D M E I IQ K R T A A - - E S E L V - I N -Q - - - R V Y T C D N V V C P H N D I R Q G - N E D V T I Y N L V - -A D G - - - N T L N L G A S S G N R M F - - - -G - S A L M K E E - - - - N D V E F IQ K R A S S - - E C E L M -M N -Q - - - R T Y T C D N V L C P H N D F H S G -G D E A G N Q K A V V V A D P - - - T A F N L G A A M L N D K F L - - -M - P A S M K E E A - - - T D V E F IQ K R S A S G A E P E L M - L N -N - - - R V Y T C H N V Q C P H S D Y G Y G - S E E V G N Q K A A - -V D G - - - N A F N L I A A A G N E N F V - - -A - S A P L K E E - - - - T D V E F IQ K R T A A - - E P E L M - L N -Q - - - R V F T C D N M Q C V H N D V R F G - N F D V H E Q K P - - -N H L - - - N L L N IS A E R F K E T M P L Q Q Q - S H P N K D E L V - - T N L D F S L K R K Q A - N E P T V M -M D -Q - - - K IY T C E F L Q C P H N E L R H G - N F D V Q E Q K P - - -H H L - - - N L L N V T V E R F N E R Q P L Q Q Q - S H P I K D E I I - - T S L D F T R K R K Q S - N E Q - T V - T M -A - - -Q IY T C E IL Q C P Y S E L R H G - IF D V Q E Q K P - - -N H L - - - S L L N V N V E M F K E K L P L L Q Q - S Q P M K G D I F - - A N L D F T R K R K P A - D D L T F L -M D -P - - - K T Y T C E C L H C P H S E L R N G - N V G M A D S K A - - - I D G - - -G L F N V G V N P A R E K L L - - -A A P P L I K E E - - - - A G V D F IQ K R S A P - P N V E Q V - L S -Q - - - R T F T C E N G Q C P H H D P R F G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - K S I D F I R K R Q S A - P E G D E Q -Q R -E - - - S IY T C P N E N C P H H D Y Q L G - A F K A D A I D N - - -R S M - - - E L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - IS V K D E C G - - K T S E F IG K R G G V T V D L E R S - L N -N S H G V C Y T C E N IQ C P Y H D H Q L G - N IG M G D S K - - - -M D V - - - N L F D V G V V S G K D K L L - - -A - P A T I K E E - - - - V G V E F IQ K R P P Q - S D A E Q I -M K -Q - - - S T F T C E N L Q C P H H D Q R F G - N IG M E D C K I - - -M D G - - - N L L S V G V A A G K E K L L - - -A - P T P I K E E - - - - V A V E F IQ K R L P P - S D V D Q I - L K -Q - - - S T F T C E N V Q C P H H D H R F G

L A Y G - - - - - - - - - A S K F - - - - - - - -H M G G M atha|AT2G27050.1 L P Y G A - - - - - - -A P S R F - - - - - - - -H V N E V atha|AT3G20770.1 macu|GSMUA_Achr2P11540_001 -P S G IG M - - - - -T N N S F - - - - - - - -H V T K N macu|GSMUA_Achr5P27670_001 -P P G S G M - - - - -T S S S F - - - - - - - -Q V P E N -Q Q - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -S T E N osat|LOC_Os03g20780.1 -P Q G IS P - - - - -T S G G M - - - - - - - -R M N E N pdact|PDK_30s943431g001 -C F G - - - - - - - - - V S N F - - - - - - - -Q I N E V slyc|Solyc06g073720.1.1 -Q F G - - - - - - - - - V S K F - - - - - - - -P M N E V slyc|Solyc06g073730.1.1 -Q F V - - - - - - - - - V P N F - - - - - - - -H M E E V slyc|Solyc01g009170.2.1 F S Q R L - - - - - - -A G P G F - - - - - - - -H V Q E D spol|Spipo3G0015900 - - - - - - - - - - - - - - N T F - - - - - - - -Q M M E D Zoma_C_c5796 F SQ G M SM M G M G SG F SG FQ Q H K F NQ H T L N E H Znoltii_c4237 -S Q R L - - - - - - -G G P G F - - - - - - - -Q I N E D zaet|gb|GAOT01036216.1| -P Q R Q - - - - - - -G G P G F - - - - - - - -Q I N E D aand|gb|GBKP01023665.1|

S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q S L L S A LM Q

K L - - - V V - -P - -Q Q - - - - - - - - - - - - - - - P V Q P ID L S G V G V P E N G -Q K -M IT E L M K P - - - V V G F P - -Q P - - - - - - - - - -R P V N S V A Q P ID L T G I - V P E D G -Q K -M IS E L M K P - - - S I -M P - - L P L N - - - - - - - - - - - - S Q P N P V N I S D L G IP S D G -Q K - S ID V L M K P - - - L A - F P - - L Q L N T E S N H P - - - S IG S R L N P V D I S E L G IP S D G -Q K - S ID E L M K P S P P A I - F P - - A T Y N -T P - - - - - - - - - - -N Q A L N N L D F G L P M D G -Q R - S IT E L M K P - - - P V - F F - -M P L N A Q P N A T - - -G L G S S V N P IN I S G L G IP A D G -Q K - T IS E L M K P - - - V V - F P - -Q Q Y V -Q P K S S A -L P V N Q G P P S F D L S G IG V P E D G -Q R -M IN E L M K P - - - V V - L P - -Q Q Y I -P S T S V A -L P V N P S P P P F D L F G V G V P E D G -Q R -M ID D L M K P - - - V V - F P - -Q Q Y A -E P K R A S -L P V N P A P P S F D T S G L G V P A D G -Q R - V IN E L M K P - - -Q A - F S - - L P L T -Q P K A A P A A H F M G H H G A L D I S T L G IP A D G -Q K - S IS E L M K P - - - S V - F Q - - N P - - - - - - - - - - - - - - - -H D V -V P F S L M IS G D D R K K M D ID E L M K P - - - F S -Q L K L A P - - - - - - - - - - - - P H A Y R N P -G V L G L G IG G D G - H R - A ID E L M K P - - -Q G - F S - - L P F N -Q S K P T - - -Q F S N S H G A M D I S A L G IP A D G -Q K - S IS E L M K P - - -Q A - S - - - L C L S -A S Q N - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L L - N S Q A V M

F Q D R S S R D N H Q M V C P Y R D N R - - 439 F L D R N S R D N H Q L A C P H R D S R - - 430 F P D R N A R N S H Q Y F C K Y Q K T H - - 455 F L D R N A R N S H Q Y IC K Y Q N T L - - 454 F L D R N A R N S H Q Y T C K Y N D P L - - 472 F A D R N S R N A H Q Y L C K N Q N S L - - 462 F Q D R S S R D N H Q F A C L Y R S S T - - 437 F Q D R S A R D N H Q L V C P Y R N T S - - 433 F P D R S S R D N H Q L T C L F R N T S - - 436 F V D K N A R N N H Q Y A C Q Y Q S S S - - 458 F H D K N L R N N H Q F S C S L S P P T T - 278 F R D M N S R N N H Q Y D C K Y S N I IN G 330 F V D K N A R N N H Q Y A C Q Y R N S F - - 455 F V D K N A R N N H Q Y A C Q Y R N N F - - 455

A M Y D R N V Q S N Q T P P T L M - - - - - - - -E N Q S M V ID - - - - - A K A 511 S M Y D R N V Q S N Q T S M -V M - - - - - - - -E N Q S V S L L - - - - -Q P T 509 N F Y D N N IN G G K N M D - - L - - - - - - - -G G V T M L E E V - - - - - - - 530 N F Y D N S IS G S K N M N - - L - - - - - - - -E G V T M L E G S -N S H Q P R 544 N M Y D N N F V A N K N L S - - N - - - - - - - -D N A T IM E R P -N A V N P R 546 S F Y E N S IN P N K N Q G - -G M N Q G G M T P G G M T M L D G Q -D S L Q Q K 560 S I Y D S D V Q G S K R Q N - - R - - - - - - - -G N IA L T K E Q -P H Q Q P R 524 S F Y D C N IQ G N K S Q N - - T - - - - - - - -G N V A V T K E Q Q P H Q Q P R 521 S F Y E S N V Q G N K S S M - - A - - - - - - - -G N S V M S K E Q -P L Q Q P S 523 S F Y D T N V N P S K Q M G - -G - - - - - - - - - - A A R A V D P -A D D Q P R 547 I Y Y D T H H N H H Q L Q - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -Q E P P K 336 A F C G N R A V N M - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -M E Q P R 411 S F Y D N N IN A S K Q L D - - S - - - - - - - -E T L N V V D D A -N P L Q Q R 542 V F W T S L L W G F L L M V - - R - - - - - - - -G - - - - - - - - - - - - - - - 506

A Q N Q Q L N -F N S G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - N Q M F M Q Q - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -G T - - -N N G V N N - -R F Q M V F D S T -P F D M - - - -A A -F D Y R D D -W Q T -G A M E G 566 atha|AT2G27050.1 V H N H Q E H -L Q F P G N M V E - - -G S F F E D L N IP N R A N N - - - - - - - - - N N S S N N Q T F F Q G N N N N N N V F K F D T A D H N N F E A A H N N N N N S S G N - -R F Q L V F D S T -P F D M - - - -A S -F D Y R D D -M S M P G V - - - 610 atha|AT3G20770.1 macu|GSMUA_Achr2P11540_001 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -G D L F E E V T S F V E Q A Q - - - - - - - - - Y R - - - - - - - -Q E S I - - - - - - - - - -V - - - P F E Q E F N N Q - - P L E V - -S G D F S IG - S -G F S M - - - -P V -M N S S D S -M H - - - - - -G 588 macu|GSMUA_Achr5P27670_001 IQ M -E N N -F L G Q G S G I A - - - C N L F E E V G S L M E Q S R - - - - - - - - - Y V - - - - - - - -Q E N T - - - - - - - - - -V - - - P F E Q E L A - - - - - - - - - -S G G F M T G - S -G F N I - - - -S E -M N Y S D T -L H - - - - - - R 611 IQ I -E E G -F F G Q G S G IG G S N G G V F E D V N G M M Q Q P Q Q T T P A Q Q Q F F I - - - - - - - -R D D - - - - - - - - - - - - - - - - - -T P F G N Q - -M G D I N G A S E F R F G - S -G F N M - - - -S G A V E Y P G A -M Q - - - - - -G 629 osat|LOC_Os03g20780.1 L Q M -E D N -F F G Q G T G T G - - -G T V F E E V G N L M Q Q Q Q Q - - - - - - -F Y G - - - - - - - -R E D M - - - - - - - - - -M - - - P V E Q Q L G N Q - - P S D L - -G T D ID F G - S -G F S M - - - -P T -M G Y A D A -L Q - - - - - - K 635 pdact|PDK_30s943431g001 V H Q -D N Y -L L S Q G - IM D - - -G N I F K N T N IS T T Q S M - - - - - - - - - L P - - - - - - - -Q V D P - - - - - - - - - -F D Q S K - - - - A F - -N A G S N D - -N F H F M F G - S -P F N I - - - -Q S -T N Y N G N -L P - - - - - - S 595 slyc|Solyc06g073720.1.1 V D Q -V N Y -L H S R G -M M E - - -G N I F K D I N V S A S Q S M - - - - - - - - -Q P - - - - - - - -Q G N L - - - - - - - - - -V D Q C K - - - - IL - -N - - S S D - -N L Q F M F G - P -P F N L - - - -Q S -T N Y P G S -L P - - - - - -G 590 slyc|Solyc06g073730.1.1 IQ Q -N N Y -L Q S Q G N V L E - - -G S I F G D T N IS A N N S M - - - - - - - - - F V - - - - - - - -Q G D R - - - - - - - - - -F D Q S K V L T S P F - -N A S S T D - -D F N F M F G - S -P F N M - - - -Q S -T D L S E C -L S - - - - - -G 599 slyc|Solyc01g009170.2.1 IQ M -D - A -F F R Q A L G M G A - - D A V F E D S G A G M P A N S - - - - - - - - - F L - - - - - - - -P E E I - - - - - - - - - - - - - - A F Q P A F D N Q - -Q G A A - -N A D L R F N - - -S L G F - - - -S G -M D F G -G -L Q - - - - - - R 617 spol|Spipo3G0015900 F Q I -P D D M F L G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - S F E N Q - - S G - - Y -M N - -C P D L R Y D - S -P F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 366 Zoma_C_c5796 V Q M -D D N -F F G A G G G G G S - - N S M F E E A I T H N V V H S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -Q F E N N Q N G G - -G V N G - -G A D IR Y G - S S S F S N F S S S P N -A D Y S D I E V P R -G S - -G 487 Znoltii_c4237 IQ V -D D N -F F G Q A L G IG S - - T N I F E E S N T G M Q T N A - - - - - - - - - F L - - - - - - - -R E D F - - - - - - - - - - - - - - T F Q Q G F E N Q - - H G D T - -N A D F R F S - - -S F N F - - - -S N -M E Y G D G -L H - - - - - - R 614 zaet|gb|GAOT01036216.1| - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -Q S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -V N - -S C H F M I - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 516 aand|gb|GBKP01023665.1| M G K Q Q Q Q Q Q Q Q Q D V S IW atha|AT2G27050.1 V G T M D G M Q Q K Q Q D V S IW atha|AT3G20770.1 macu|GSMUA_Achr2P11540_001 - - - R IE H S L Q N Q D G F N W macu|GSMUA_Achr5P27670_001 - - -G IG D S S Q K Q D G F N W - - -Q Q K N D -G A S E - F E E osat|LOC_Os03g20780.1 - - -G M G E L G Q K P E Y P S W pdact|PDK_30s943431g001 - - - IG Y D T T P K Q D A P IW slyc|Solyc06g073720.1.1 - - - IG C D T T P K Q D I P IW slyc|Solyc06g073730.1.1 - - - IS H D D V T K Q D A S V W slyc|Solyc01g009170.2.1 - - -M T G D S T P K L S C S N W spol|Spipo3G0015900 - - - - - - -N L T K Q D G C N W Zoma_C_c5796 - - -S V E S M A A K Q N N S N W Znoltii_c4237 - - -V T G D S M S K L N G S S W zaet|gb|GAOT01036216.1| - - - - - - - -T T S IL T S N W aand|gb|GBKP01023665.1|

- - - - - - - - - - - - - - - - -F - - - - - - - - - - - - - - - - -F - - - - - - - - - - -F - - - - -Y - - - - - - - - - - -F - - - - -C - - - - - - - - - - -L - - - - -E - - - - - - - - - - -F - - - - -F - - - - - - - - - - - - - - - - -Y - - - - - - - - - - - - - - - - -Y - - - - - - - - - - - - - - - - -Y - - - - - - - - - - -T - - - - -F - - - - - - - - - - -F - - - - -Y - - - - - - - - - - -F L G V G T T S F M D E E A V S Q M P - - - - -C T - - - - - - - - -M E - - - - - L

584 628 604 627 643 651 610 605 614 633 378 508 641 529

Fig S3. EIL1 multiple sequence alignment. Multiple sequence alignment between Z. marina EIL1, Z. noltii EIL 1 and EIN3/EIL1 putative orthologs found in OGCs (atha – A. thaliana, slyc – S. lycopersicum, osat – O. sativa, pdact – P. dactylifera, macu – M. acuminata, spol – S. polyrhiza, zaet - Z. aethiopica, aand - A. andraeanum, Zoma – Z. marina, Znoltii – Z. noltii).

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