The following supplement accompanies the article
New SNP markers reveal largely concordant clinal variation across the hybrid zone between Mytilus spp. in the Baltic Sea Małgorzata Zbawicka1,*, Tomasz Sańko1, Jakob Strand2, Roman Wenne1 1
Institute of Oceanology PAS, Powstańców Warszawy 55, 81-712 Sopot, Poland 2 Arhus University, Department of Bioscience, 4000 Roskilde, Denmark *Corresponding author:
[email protected] Aquatic Biology 21: 25–36 (2014)
Supplement. Additional information concerning SNP properties, location of samples and differentiation of populations
Table S1. SNP properties, genome location, references, GenBank annotation, position and substitution.FST: fixation index; underlined SNPs = excluded from the linkage disequilibrium (LD) analysis; n.d. = not defined; NA = not applicable. Values with p < 0.05 after Bonferroni correction are marked in bold; *p < 0.05 SNP
Location
BM10B BM11A BM12A BM15C BM16A BM17B BM1C BM201B1 BM201C1 BM202A1 BM202B1 BM203D1 BM203C1 BM206B1 BM20A BM21B BM21C BM21D BM22A BM24A BM26B BM28D BM2G BM30A BM30C BM31B BM33B BM35D BM35E BM3B BM40A BM44B BM46B
Ribosomal protein S20 Ribosomal protein L22 Ribosomal protein L23a Ribosomal protein L5 Rribosomal protein L21 Ribosomal protein L7a CSD H4 histone gene H4 histone gene H3 histone gene H3 histone gene H2A histone gene H2B histone gene hsp70 gene Ribosomal protein L23 qm-like protein qm-like protein qm-like protein EP protein precursor Ribosomal protein L28 UnKnown13 UnKnown07 UnKnown05 Ribosomal protein l17 Ribosomal protein l17 Beta-actin Cytochrome c oxidase subunit IV Ribosomal protein L7 Ribosomal protein L7 UnKnown02 Ribosomal protein L19 ubiquitin/ribosomal protein S27a HSP90-1
Reference AF526250 AF526199 AF526209 AF526222 AF526223 AF526226 PF00313 AY267750.1 AY267750.1 AY267749.1 AY267749.1 AY267757.1 AY267742.1 AF172607.1 FJ429209 FJ467930 FJ467930 FJ467930 AY364453 FJ429210 n.d. n.d. n.d. EF103427 EF103427 EU234531 EU332535 AJ557884 AJ557884 n.d. AJ563476 FJ617440 AM236589
GenBank annotation KJ871040 KJ871041 KJ871042 KJ871043 KJ871044 KJ871045 KJ871031 AY267750.1 AY267750.1 AY267749.1 AY267749.1 AY267757.1 AY267742.1 AF172607.1 KJ871046 KJ871047 KJ871047 KJ871047 KJ871048 KJ871049 KJ871050 KJ871051 KJ871032 KJ871052 KJ871052 KJ871053 KJ871054 KJ871055 KJ871055 KJ871033 KJ871056 KJ871057 KJ871058
Length contig 443 482 548 604 545 847 1115 NA NA NA NA NA NA NA 437 667 667 667 952 479 771 696 745 598 598 889 691 738 738 654 629 553 852
SNP position in contig 257 206 305 337 351 330 960 167 329 147 522 531 140 307 164 211 383 479 544 177 669 529 401 146 284 516 399 609 654 202 228 274 342
Allele
Region
Substitution
FST
A/C A/G C/T C/T A/G A/G A/T A/C G/T A/C A/T A/T C/T A/G C/G/T C/G A/C/T C/T A/G C/T A/T C/T G/T A/G A/T A/T A/T A/G C/T A/C A/G A/G C/T
coding coding coding coding coding coding noncoding (3'UTR) noncoding (intron) coding noncoding (intron) coding noncoding (intron) noncoding (intron) coding coding coding coding coding coding coding NA coding coding coding coding coding coding coding coding coding coding coding coding
synon synon synon synon synon synon NA NA synon NA synon NA NA nonsyn synon nonsyn synon synon synon synon NA synon synon synon synon synon synon synon synon synon synon synon synon
0.52 0.8505* 0.6519 0.4822 0.0528* 0.2929 0.3876 0.7038* 0.0126* 0.8669* 0.8491* 0.8471* 0.242 0.2228* 0.3052 0.2749 0.2109 0.0117 0.6283 -0.0002 0.5797 0.0988 0.3859 0.4398 0.4844 0.1221 0.395 0.3909 0.4048 0.6289 0.0593* 0.3461 0.5928
1
BM4C BM50B BM54A BM55A BM59B BM5D BM60A BM62A BM64A BM67B BM6C BM73B BM76B BM78B BM79B BM7C BM83A BM86A BM88A BM8E BM92B BM93B BM96A BM96B BM98C BM9B BM9C 1
UnKnown03 CoA-binding protein ETC_C1_NDUFA4 UnKnown11 UnKnown17 Ribosomal protein S6e UnKnown08 Ribosomal L13e Ribosomal protein L35 Ribosomal protein S6e EFG_N UnKnown16 UnKnown01 UnKnown12 DUF1143 Ribosomal protein S16 UnKnown14 UnKnown04 UnKnown15 Ribosomal protein L3 UnKnown06 Ribosomal protein L27e UnKnown09 UnKnown09 Unknown10 Ribosomal protein S2 Ribosomal protein S2
n.d. PF02629 PF04800 n.d. n.d. PF01092 n.d. PF01294 FJ429212 PF01159 PF03764 n.d. n.d. n.d. PF06608 FJ429225 n.d. n.d. n.d. AF526241 n.d. PF01777 n.d. n.d. n.d. FJ429217 FJ429217
KJ871034 KJ871059 KJ871060 KJ871061 KJ871062 KJ871035 KJ871063 KJ871064 KJ871065 KJ871066 KJ871036 KJ871067 KJ871068 KJ871069 KJ871070 KJ871037 KJ871071 KJ871072 KJ871073 KJ871038 KJ871074 KJ871075 KJ871076 KJ871076 KJ871077 KJ871039 KJ871039
687 807 560 607 611 778 681 671 404 667 1022 604 827 662 846 481 902 479 682 1265 1027 439 643 643 682 923 923
264 388 179 536 257 495 102 108 295 354 648 510 477 376 270 407 575 212 242 751 563 205 187 367 581 166 187
C/T A/G A/G A/G A/G C/T A/G A/G C/T A/T C/T A/G A/G A/G A/G A/T A/C A/T A/T A/G A/T C/T A/G C/T A/T A/G A/C/T
coding coding coding NA NA coding coding coding coding coding coding NA noncoding (3'UTR) coding coding coding NA coding NA coding coding coding coding coding noncoding (3'UTR) coding coding
synon synon synon NA NA synon synon synon synon synon synon NA NA synon nonsyn synon NA synon NA synon synon synon synon synon NA synon synon
0.7510* 0.1573 0.8799* 0.1342 0.0643* 0.1076* 0.2852 0.8065 0.5106 0.722 0.2414 0.213 0.7966* 0.1183 0.7705* 0.0048 0.0472* 0.2371 0.1392* 0.4601 0.7864* 0.5206 0.6102 0.6024 0.1667 0.0190* 0.0443*
SNPs identified in Zbawicka et al. (2012) and named respectively: SNP 1B, 1C, 2A, 2B, 3C, 3D, 6B
2
Table S2. Location and collection date for the samples used for 60 SNP genotyping Localization
Coordinates
Sample collection
Veno Bight (VEM)
56° 29' 54.00" N
8° 38' 01.00" E
2010
Logstor Bredning (LOG)
56° 57' 37.00" N
9° 02' 17.00" E
2010
Arhus Bight (ARH)
56° 11' 33.00" N
10° 21' 12.00" E
2010
Augstenborg Fjord (AUG)
54° 57' 02.00" N
9° 50' 00.00" E
2010
Gilleleje (GIL)
56° 07' 43.00" N
12° 16' 13.00" E
2010
Helsingor (HEL)
56° 02' 24.52" N
12° 37' 12.20" E
2004
Hornbaek (HOR)
56° 05' 35.00" N
12° 19' 49.00" E
2010
Kulhuse (KUL)
55° 56' 05.00" N
11° 54' 10.00" E
2010
Lynetten, Copenhagen (LYN)
56° 08' 30.00" N
12° 16' 60.00" E
2010
Odden (ODD)
55° 59' 17.00" N
11° 18' 02.00" E
2010
Riso, Roskilde (RIS)
55° 41' 52.38" N
12° 05' 52.74" E
2010
Tjarno (TJA)
58° 51' 51.72" N
11° 06' 38.01" E
2010
Egholm flak (EGH)
55° 14' 28.78" N
11° 10' 20.48" E
2010
Meklemburg (MEB)
54° 03' 32.32" N
11° 25' 29.76" E
2004
Ore, Falster (ORE)
54° 53' 34.00" N
12° 04' 50.00" E
2010
Vejro (VEJ)
55° 01' 00.00" N
11° 18' 19.00" E
2010
Gedser, Falster (GED)
54° 33' 45.00" N
11° 58' 27.00" E
2010
Hjelm Bight, Moen (HJE)
54° 55' 55.00" N
12° 19' 13.00" E
2010
Mi dzyzdroje (MDZ)
53° 58' 37.23" N
14° 27' 36.15" E
2003
Mechelinki (MCH)
54° 36' 16.61" N
18° 36' 00.29" E
2003
Grogarn (GRO)
57° 26' 43.81" N
18° 53' 32.51" E
2010
Asko (ASK)
58° 57' 07.45" N
17° 40' 43.79" E
2004
Hgona (HGO)
59° 29' 28.40" N
24° 46' 55.52" E
2010
Koiguste (KOI)
58° 23' 11.95" N
22° 58' 13.41" E
2010
Kopli Laht (KOP)
58° 56' 08.91" N
23° 33' 01.22" E
2010
Hoga Kusten (HOG)
62° 44' 58.17" N
18° 15' 26.14" E
2010
Umeå (UME)
63° 42' 04.67" N
20° 27' 59.65" E
2010
Canada (CAN)
49° 13' 47.51" N
123° 18' 13.25" W
2006
3
Table S3. Pairwise molecular variance (FST distance matrix) for 60 SNPs. p < 0.05 after Bonferroni correction is marked in bold. See Table S2 for site name definitions
LOG ARH AUG GIL HEL HOR KUL LYN ODD RIS TJA EGH MEB ORE VEJ GED HJE MDZ MCH GRO ASK HGO KOI KOP HOG UME CAN
VEM
LOG
ARH
AUG
GIL
HEL
HOR
KUL
LYN
ODD
RIS
TJA
EGH
MEB
ORE
VEJ
GED
HJE
MDZ
MCH
GRO
ASK
HGO
KOI
KOP
HOG
UME
0.026 0.061 0.085 0.072 0.081 0.063 0.089 0.083 0.073 0.132 0.054 0.190 0.219 0.231 0.191 0.464 0.549 0.631 0.708 0.684 0.717 0.692 0.723 0.723 0.741 0.715 0.874
0.026 0.037 0.031 0.042 0.031 0.054 0.024 0.032 0.058 0.021 0.136 0.165 0.170 0.140 0.420 0.508 0.590 0.667 0.650 0.687 0.658 0.690 0.685 0.710 0.682 0.851
0.019 0.001 0.001 0.004 0.000 0.000 0.012 0.030 0.000 0.061 0.079 0.099 0.065 0.378 0.468 0.540 0.613 0.611 0.652 0.621 0.651 0.638 0.671 0.642 0.803
0.006 0.018 0.004 0.023 0.007 0.012 0.027 0.001 0.080 0.103 0.115 0.086 0.395 0.488 0.569 0.647 0.635 0.674 0.644 0.678 0.669 0.695 0.665 0.836
0.007 0.003 0.006 0.000 0.004 0.024 0.003 0.041 0.051 0.076 0.050 0.344 0.438 0.510 0.584 0.587 0.632 0.596 0.629 0.613 0.649 0.619 0.788
0.009 0.004 0.003 0.000 0.031 0.010 0.034 0.039 0.063 0.034 0.325 0.420 0.491 0.567 0.571 0.617 0.581 0.616 0.598 0.635 0.603 0.779
0.004 0.014 0.010 0.007 0.004 0.060 0.082 0.100 0.063 0.374 0.467 0.544 0.623 0.616 0.657 0.625 0.658 0.647 0.676 0.647 0.817
0.013 0.004 0.035 0.015 0.029 0.049 0.079 0.041 0.341 0.435 0.510 0.594 0.587 0.632 0.597 0.631 0.617 0.651 0.622 0.798
0.010 0.020 0.001 0.054 0.083 0.090 0.056 0.353 0.445 0.526 0.610 0.599 0.644 0.608 0.645 0.632 0.664 0.633 0.819
0.030 0.008 0.045 0.061 0.075 0.050 0.333 0.423 0.498 0.584 0.576 0.625 0.586 0.622 0.605 0.643 0.610 0.796
0.025 0.069 0.103 0.107 0.073 0.366 0.454 0.538 0.631 0.611 0.655 0.620 0.658 0.644 0.676 0.645 0.833
0.071 0.095 0.105 0.076 0.375 0.467 0.541 0.619 0.612 0.654 0.621 0.654 0.642 0.673 0.643 0.811
0.010 0.010 0.002 0.243 0.340 0.403 0.482 0.499 0.549 0.508 0.543 0.518 0.565 0.532 0.711
0.006 0.005 0.200 0.292 0.359 0.446 0.459 0.518 0.470 0.513 0.481 0.535 0.498 0.703
0.002 0.163 0.255 0.316 0.385 0.410 0.469 0.422 0.463 0.424 0.484 0.446 0.648
0.230 0.326 0.387 0.460 0.481 0.534 0.491 0.528 0.500 0.548 0.514 0.696
0.010 0.029 0.055 0.103 0.150 0.106 0.145 0.104 0.163 0.133 0.374
0.002 0.004 0.044 0.079 0.045 0.085 0.038 0.093 0.069 0.312
0.004 0.034 0.056 0.028 0.069 0.031 0.071 0.049 0.298
0.015 0.008 0.024 0.019 0.032 0.010 0.001 0.318
0.013 0.011 0.005 0.013 0.018 0.021 0.237
0.005 0.015 0.012 0.013 0.021 0.259
0.003 0.008 0.008 0.011 0.232
0.028 0.020 0.024 0.230
0.011 0.014 0.251
0.007 0.225
0.273
4
Table S4. Allele frequencies of 60 SNP loci for 28 study populations. For SNPs with 3 alleles, attendance of the 2 more frequent is presented. SNPs significantly involved in groups differentiation are marked in bold. See Table S2 for site name definitions SNP BM10B BM11A BM201B BM202A BM202B BM203D BM206B BM2G BM30C BM35D BM4C BM54A BM62A BM64A BM67B BM76B BM79B BM86A BM92B BM96A BM96B BM15C BM30A BM33B BM17B BM98C BM12A BM93B BM26B BM44B BM35E BM1C BM21B BM8E BM22A BM3B BM60A BM46B BM55A
Allele
G1
C G A C A T A T A G C G A T A G G A T A C C G T G T T C T A T T C A A A A T C
VEM 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.27 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
G2 LOG 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.22 0.00 0.00 0.13 0.00 0.04 0.09 0.04 0.02 0.06 0.06 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02
ARH 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.52 0.00 0.02 0.09 0.07 0.05 0.03 0.11 0.14 0.07 0.11 0.10 0.03 0.12 0.16 0.07 0.06 0.09
G3 AUG 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.56 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.00 0.07 0.07 0.11 0.12 0.02 0.04 0.22 0.02 0.18 0.02 0.07
GIL 0.04 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.02 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.50 0.04 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.22 0.15 0.09 0.12 0.06 0.02 0.25 0.10 0.22 0.00 0.06
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5
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C A T A C T T G C T A C C C T G G G A A A G A T
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0.57 0.71 0.06 0.14 0.39 0.61 0.75 1.00 0.41 0.59 0.35 0.65 1.00 1.00 0.83 0.88 0.80 0.98 1.00 1.00 0.46 0.00 0.12 0.88
0.67 0.50 0.12 0.20 0.50 0.66 0.83 0.98 0.50 0.50 0.41 0.59 1.00 1.00 0.96 0.98 0.83 0.96 0.98 0.98 0.57 0.02 0.04 0.96
0.59 0.61 0.25 0.13 0.39 0.68 0.89 1.00 0.61 0.39 0.52 0.48 0.98 1.00 0.98 0.93 0.79 1.00 1.00 0.64 0.57 0.02 0.16 0.82
0.75 0.44 0.00 0.25 0.42 0.59 0.73 1.00 0.47 0.50 0.50 0.50 1.00 1.00 0.69 0.92 0.86 1.00 1.00 1.00 0.66 0.00 0.09 0.91
0.64 0.55 0.04 0.14 0.20 0.73 0.84 1.00 0.58 0.42 0.40 0.60 0.98 1.00 0.89 0.98 0.83 1.00 1.00 1.00 0.74 0.00 0.09 0.91
0.55 0.55 0.07 0.14 0.35 0.74 0.78 0.98 0.36 0.64 0.50 0.50 0.95 1.00 0.89 0.95 0.77 1.00 1.00 0.98 0.65 0.00 0.11 0.89
0.67 0.50 0.40 0.21 0.82 0.95 1.00 1.00 1.00 0.00 1.00 0.00 1.00 1.00 0.92 1.00 0.86 1.00 1.00 1.00 0.59 0.00 0.17 0.83
6
Table S5. Population specific FIS indices per polymorphic locus (absolute values). N.A.: not applicable. G1–G6 groups of populations distinguished based on neighbour-joining tree (Fig. 3) and Correspondence Analysis (Fig. S1). See Table S2 for site name definitions Group Locus BM10B BM11A BM12A BM15C BM16A BM17B BM1C BM201B BM201C BM202A BM202B BM203D BM203C BM206B BM20A BM21B BM21C BM21D BM22A BM24A BM26B BM28D BM2G BM30A BM30C BM31B BM33B BM35D BM35E BM3B BM40A BM44B BM46B BM4C BM50B BM54A BM55A BM59B BM5D BM60A
G1 VEM N.A. N.A. -0.02 -0.02 0.05 -0.17 0.00 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. 0.754 N.A. 0.349 N.A. -0.009 N.A. N.A. -0.038 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. 0 N.A. 0.354 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. -0.020 0.534 N.A.
LOG N.A. 1.00 -0.02 0.51 0.18 -0.12 -0.05 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. 0.73 N.A. 0.17 0.00 0.35 N.A. -0.02 N.A. -0.02 N.A. N.A. N.A. N.A. 0.00 N.A. N.A. -0.05 -0.02 0.12 0.00 0.00 N.A. N.A. N.A. 0.00 0.00 0.01 0.00
G2 ARH N.A. -0.02 -0.04 0.37 0.25 0.79 -0.10 0.00 -0.04 0.00 0.00 0.00 0.63 N.A. 0.79 -0.10 -0.12 N.A. -0.12 N.A. -0.10 N.A. N.A. N.A. N.A. 0.00 0.00 0.00 -0.06 -0.17 -0.02 0.43 0.66 N.A. N.A. N.A. 0.36 -0.02 -0.35 -0.06
AUG N.A. N.A. -0.06 0.27 0.35 0.00 0.26 0.00 N.A. N.A. 0.00 0.00 0.64 N.A. N.A. 0.00 0.28 N.A. -0.05 -0.02 -0.06 N.A. N.A. 0.00 0.00 0.00 N.A. N.A. -0.10 0.00 -0.08 -0.06 0.00 N.A. 1.00 N.A. 0.47 0.00 0.09 0.29
GIL -0.02 -0.04 0.36 -0.18 0.24 -0.04 0.63 0.00 -0.04 0.00 0.00 0.00 0.64 N.A. -0.07 -0.04 -0.11 N.A. -0.11 -0.02 -0.05 N.A. N.A. -0.02 -0.02 0.00 -0.04 1.00 0.36 -0.09 0.33 -0.16 N.A. 0.00 N.A. 0.00 0.66 -0.06 0.09 -0.05
HEL 0.00 -0.02 -0.09 0.45 -0.10 -0.02 -0.17 -0.04 -0.02 -0.04 -0.04 -0.07 0.83 N.A. 0.48 0.47 0.47 N.A. -0.03 N.A. 0.34 N.A. N.A. -0.04 -0.02 N.A. -0.02 N.A. -0.07 0.02 0.15 0.52 0.00 N.A. N.A. N.A. 0.66 0.00 0.29 -0.09
HOR N.A. 1.00 -0.13 0.17 0.32 -0.04 -0.02 N.A. -0.06 N.A. N.A. N.A. 0.64 N.A. 0.65 -0.08 -0.11 N.A. 0.36 N.A. -0.09 N.A. N.A. N.A. 0.00 0.00 N.A. N.A. -0.06 -0.08 0.13 -0.08 0.52 0.00 N.A. 0.00 -0.06 1.00 -0.14 -0.08
KUL N.A. N.A. 0.66 0.06 0.38 -0.05 -0.14 N.A. 0.00 N.A. N.A. N.A. 0.91 N.A. -0.02 1.00 0.66 0.00 -0.20 0.00 0.25 0.00 N.A. N.A. 0.00 N.A. -0.02 0.00 -0.05 -0.14 0.11 0.06 -0.03 0.00 1.00 N.A. -0.03 1.00 -0.18 0.51
LYN N.A. 0.65 0.24 0.38 0.03 0.00 -0.03 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. 0.77 N.A. -0.13 -0.03 0.34 N.A. 0.23 0.00 -0.09 0.00 N.A. N.A. N.A. 0.00 N.A. N.A. -0.06 0.46 0.02 0.00 -0.03 0.00 0.00 0.00 0.65 0.00 0.52 0.65
ODD N.A. N.A. -0.07 -0.35 -0.08 -0.07 -0.08 N.A. 0.00 N.A. N.A. N.A. 0.35 N.A. 0.61 0.48 0.15 N.A. 0.32 0.00 -0.10 N.A. N.A. N.A. 0.00 N.A. N.A. N.A. 0.46 -0.14 0.46 0.46 0.65 -0.03 N.A. N.A. -0.07 -0.07 -0.21 -0.03
RIS N.A. N.A. N.A. 0.72 0.57 N.A. 0.00 N.A. 0.00 N.A. N.A. N.A. 1.00 N.A. -0.10 -0.10 -0.14 N.A. -0.03 -0.03 -0.06 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. -0.03 N.A. 0.27 0.14 0.00 N.A. N.A. N.A. 0.00 N.A. 0.08 -0.03
TJA 0.00 N.A. N.A. 0.16 0.52 0.47 -0.12 N.A. -0.06 N.A. N.A. N.A. 0.75 N.A. 0.47 -0.06 -0.01 N.A. -0.22 -0.02 -0.04 N.A. N.A. N.A. N.A. 0.00 N.A. N.A. 1.00 -0.02 0.19 0.26 0.25 0.00 N.A. N.A. 0.26 0.00 0.24 0.13
G3 EGH 0.00 -0.02 0.10 0.26 -0.15 -0.02 -0.04 -0.02 N.A. 0.00 -0.02 -0.02 0.47 N.A. -0.02 0.08 0.38 N.A. -0.12 0.00 0.30 1.00 0.00 -0.14 -0.11 -0.02 -0.02 -0.02 -0.06 -0.06 0.13 -0.06 0.20 N.A. 1.00 0.66 0.17 0.26 -0.08 0.18
MEB -0.04 0.65 0.10 -0.05 0.64 0.00 -0.04 0.00 0.00 0.00 -0.04 -0.04 -0.13 N.A. 0.44 0.08 0.17 N.A. -0.01 0.00 -0.11 0.65 0.00 -0.14 0.00 N.A. -0.08 0.65 -0.13 0.46 0.30 0.70 N.A. N.A. 1.00 -0.08 -0.07 -0.04 -0.20 0.33
ORE 0.63 0.83 -0.03 0.00 0.05 -0.03 0.66 0.32 N.A. 0.59 0.24 0.31 0.81 N.A. 0.27 -0.21 -0.29 N.A. 0.13 -0.03 0.22 0.50 0.00 0.25 0.10 0.00 0.47 -0.03 -0.14 0.39 0.34 0.33 0.62 0.47 N.A. 0.78 1.00 0.24 0.28 0.24
VEJ -0.11 0.47 0.05 -0.14 0.25 0.00 -0.04 -0.06 N.A. 0.66 0.27 0.27 0.77 N.A. 0.36 0.04 0.20 N.A. 0.07 -0.02 0.13 0.52 0.00 -0.11 -0.06 0.00 -0.08 -0.02 -0.09 -0.10 -0.06 0.13 0.19 -0.02 N.A. -0.04 0.47 -0.04 0.11 -0.11
G4 GED 0.03 0.21 0.07 0.00 0.27 1.00 -0.12 0.06 0.00 0.29 0.21 0.21 0.79 0.00 0.10 -0.02 -0.15 0.00 -0.20 -0.02 0.30 0.36 0.20 -0.07 0.09 0.00 0.75 0.27 0.00 0.30 -0.09 0.51 0.48 0.17 0.27 0.50 0.59 0.25 0.12 -0.05
HJE -0.47 0.43 0.04 -0.04 -0.12 1.00 -0.35 0.30 0.00 0.36 0.30 0.30 1.00 N.A. 0.03 0.21 0.18 N.A. 0.19 -0.02 -0.17 1.00 0.21 -0.08 0.30 -0.06 0.92 0.28 -0.15 0.10 -0.10 0.23 0.47 -0.11 0.34 0.79 1.00 0.13 0.11 0.01
MDZ 0.25 0.65 0.33 N.A. 0.16 1.00 0.03 -0.15 N.A. 0.44 -0.03 -0.08 -0.03 N.A. 0.02 -0.14 0.12 N.A. 0.00 N.A. 0.23 0.78 0.44 -0.30 0.10 N.A. 0.31 0.06 -0.22 -0.03 0.12 0.32 0.56 0.11 -0.10 1.00 0.59 -0.11 0.02 -0.38
G5 MCH 0.06 N.A. 0.00 N.A. 0.06 N.A. -0.50 0.00 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. 0.41 0.06 0.06 0.00 0.00 N.A. 0.00 0.33 0.33 0.60 N.A. N.A. 0.60 0.33 -0.25 0.00 1.00 0.71 1.00 0.62 0.00 N.A. 0.00 1.00 0.27 0.33
GRO 0.31 0.00 0.00 0.00 0.25 1.00 0.05 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 N.A. N.A. 0.09 -0.20 -0.20 N.A. -0.05 N.A. -0.10 -0.08 0.40 -0.13 -0.02 0.00 0.78 0.19 0.07 0.41 -0.10 0.11 0.40 -0.07 0.06 N.A. 0.60 0.39 0.28 -0.12
ASK 0.15 N.A. 0.00 0.00 0.01 1.00 -0.02 0.25 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. -0.14 0.05 0.13 N.A. -0.06 N.A. -0.03 0.29 0.13 -0.23 0.16 -0.03 0.80 0.24 -0.15 0.66 0.20 0.45 0.45 0.15 -0.14 N.A. 0.88 0.22 -0.18 -0.13
HGO 0.31 -0.02 0.18 N.A. 0.11 0.73 0.08 -0.24 0.00 -0.02 -0.02 -0.02 0.00 0.00 0.18 0.04 0.04 N.A. N.A. N.A. -0.13 -0.02 0.48 -0.20 -0.26 -0.10 1.00 0.31 -0.18 0.19 0.00 0.37 -0.05 -0.11 -0.22 N.A. 1.00 0.50 0.11 0.21
KOI -0.03 N.A. -0.10 0.00 0.60 0.91 -0.20 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 N.A. N.A. 0.16 -0.12 -0.12 0.00 0.00 N.A. -0.10 0.00 0.42 0.22 0.35 -0.29 1.00 0.41 0.06 0.34 -0.06 0.25 0.17 0.41 -0.13 N.A. 0.74 0.39 -0.14 0.11
KOP -0.36 N.A. 0.03 0.00 0.38 1.00 -0.43 0.12 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. 0.16 -0.10 0.10 N.A. -0.03 N.A. -0.11 0.16 0.87 -0.04 0.52 N.A. 0.63 -0.21 -0.48 N.A. -0.04 0.48 0.61 0.78 0.03 1.00 0.47 -0.11 0.25 0.15
HOG -0.09 N.A. -0.05 N.A. -0.10 0.90 -0.07 0.33 N.A. N.A. 0.00 0.00 N.A. N.A. -0.05 -0.11 -0.06 0.00 -0.02 N.A. -0.11 -0.11 0.22 -0.37 -0.09 0.00 0.91 0.46 0.25 N.A. 0.00 0.64 0.17 0.34 0.25 N.A. 0.86 0.50 0.09 -0.08
UME 0.24 N.A. -0.02 N.A. 0.48 0.49 -0.06 -0.23 N.A. 0.00 0.00 0.00 0.00 N.A. 0.41 -0.02 -0.07 -0.03 N.A. N.A. 0.47 0.34 0.24 -0.31 0.21 -0.04 0.62 0.20 -0.09 0.66 -0.02 0.08 0.34 -0.05 -0.14 N.A. 0.61 0.25 0.15 0.19
G6 CAN -0.05 N.A. N.A. N.A. 0.00 N.A. N.A. -0.05 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. -0.29 N.A. N.A. N.A. N.A. 0.26 N.A. N.A. -0.05 N.A. 0.00 -0.25 -0.64 0.27 0.76 N.A. 0.42 N.A. 0.28 1.00 N.A. 0.28 N.A. 0.80 -0.11 0.43 0.13
7
BM62A BM64A BM67B BM6C BM73B BM76B BM78B BM79B BM7C BM83A BM86A BM88A BM8E BM92B BM93B BM96A BM96B BM98C BM9B BM9C mean
N.A. N.A. 0.00 0.48 N.A. N.A. 0.59 N.A. 0.66 0.00 N.A. 0.43 N.A. N.A. N.A. -0.02 N.A. N.A. 0.18 0.19 0.19
N.A. N.A. N.A. -0.05 -0.12 N.A. 0.19 N.A. N.A. 0.33 N.A. 0.61 -0.05 0.00 1.00 N.A. N.A. N.A. 0.33 0.28 0.14
0.00 N.A. 0.00 -0.22 -0.03 0.66 0.20 N.A. N.A. -0.12 N.A. 0.37 -0.02 -0.02 -0.02 N.A. N.A. 0.48 0.16 0.21 0.11
N.A. N.A. -0.02 -0.13 0.29 0.47 0.14 N.A. N.A. 1.00 N.A. 0.41 -0.02 N.A. N.A. N.A. N.A. 0.00 -0.30 -0.20 0.13
0.35 0.00 0.00 -0.05 -0.08 0.00 0.37 N.A. N.A. -0.15 N.A. 0.32 0.00 -0.04 -0.04 0.00 0.00 -0.06 -0.10 -0.06 0.07
0.66 0.00 0.84 0.13 0.08 N.A. 0.01 -0.02 N.A. 0.00 N.A. 0.64 -0.02 -0.02 N.A. N.A. 1.00 1.00 -0.08 -0.08 0.18
0.00 N.A. 0.64 0.05 -0.04 0.66 0.42 0.00 N.A. -0.02 N.A. 0.47 -0.04 N.A. N.A. 0.00 N.A. 1.00 -0.05 0.06 0.15
-0.05 -0.05 0.66 0.41 0.25 N.A. 0.63 -0.03 N.A. -0.13 N.A. 0.55 -0.07 N.A. 0.66 N.A. N.A. 1.00 0.29 0.05 0.23
N.A. 0.00 0.62 0.02 -0.15 N.A. 0.07 0.00 N.A. -0.06 N.A. 0.32 0.00 N.A. 0.00 N.A. 1.00 N.A. -0.10 -0.19 0.14
0.00 0.00 -0.03 -0.23 -0.11 0.00 0.34 N.A. N.A. -0.03 N.A. 0.21 -0.07 N.A. -0.07 0.00 0.00 1.00 0.00 0.00 0.09
N.A. N.A. 0.00 -0.08 -0.06 -0.03 -0.10 N.A. 0.00 N.A. N.A. 0.47 -0.06 N.A. -0.03 N.A. N.A. 1.00 -0.13 -0.10 0.10
0.00 N.A. 0.00 0.52 0.03 N.A. -0.25 0.00 N.A. -0.04 N.A. 0.32 -0.02 0.00 -0.04 N.A. N.A. 0.84 0.40 0.35 0.17
0.27 0.26 0.20 -0.39 0.18 0.00 -0.02 -0.02 0.00 -0.14 N.A. 0.11 -0.12 -0.06 -0.04 -0.11 0.61 0.84 0.04 0.16 0.11
-0.18 -0.13 0.11 0.19 -0.01 0.65 0.00 0.45 0.00 -0.08 N.A. 0.37 -0.18 -0.04 0.00 -0.04 -0.04 -0.04 0.46 0.37 0.12
0.08 -0.08 0.38 0.24 -0.54 0.69 0.47 0.78 0.00 -0.05 N.A. 0.51 0.32 0.50 -0.05 -0.03 -0.08 0.86 -0.07 0.03 0.24
0.07 -0.06 0.35 0.25 0.06 0.63 -0.09 -0.02 N.A. -0.04 N.A. 0.35 0.31 0.14 0.47 -0.02 -0.02 0.79 0.07 -0.16 0.13
0.04 0.08 0.38 -0.13 -0.41 0.64 -0.04 0.46 N.A. -0.06 0.00 0.09 0.35 0.06 -0.17 0.29 0.57 0.84 0.14 0.20 0.19
0.27 -0.40 0.15 0.04 -0.25 1.00 0.66 0.26 0.00 -0.04 0.26 -0.22 0.47 -0.12 0.10 0.49 0.59 1.00 0.23 -0.02 0.23
-0.17 -0.32 0.33 -0.48 -0.08 0.12 N.A. -0.30 0.00 N.A. 0.61 -0.17 -0.15 -0.17 0.32 0.58 0.21 0.49 0.30 0.05 0.13
0.00 -0.43 0.00 0.33 -0.09 N.A. N.A. 0.00 N.A. N.A. N.A. -0.25 0.33 -0.25 -0.43 1.00 0.71 1.00 -0.43 N.A. 0.21
-0.05 0.00 0.63 -0.19 0.00 0.00 0.00 -0.13 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 -0.13 0.00 0.35 0.36 0.63 0.14 0.44 0.12
N.A. -0.13 N.A. -0.04 -0.03 -0.05 0.00 0.36 N.A. N.A. -0.08 0.26 0.33 -0.02 -0.25 0.56 0.38 0.89 -0.10 0.20 0.16
0.00 -0.16 0.66 -0.27 -0.11 0.00 1.00 0.60 0.00 0.00 -0.17 0.17 0.11 -0.13 -0.07 0.40 0.67 0.65 -0.14 -0.02 0.13
-0.05 0.39 -0.07 0.08 -0.07 0.00 N.A. -0.13 N.A. -0.54 0.47 -0.10 0.16 -0.02 0.11 1.00 0.39 0.59 0.37 -0.17 0.15
-0.04 0.27 0.45 0.03 0.02 N.A. N.A. 0.31 N.A. N.A. -0.07 0.01 0.34 -0.11 0.06 1.00 0.54 0.41 0.34 -0.07 0.22
0.00 -0.19 -0.05 0.24 -0.26 1.00 N.A. -0.05 N.A. N.A. 0.11 -0.17 -0.07 0.00 -0.38 0.81 0.38 0.63 -0.06 0.47 0.15
-0.08 -0.16 0.00 0.11 -0.26 N.A. N.A. -0.06 N.A. 0.00 -0.40 -0.27 -0.11 -0.02 -0.03 0.51 0.26 1.00 -0.07 0.34 0.11
N.A. N.A. 0.00 -0.08 0.14 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. 0.35 N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. N.A. 1.00 0.47 -0.16 0.20
8
Fig. S1. First and third axes of the correspondence analysis (CA) computed from the SNP data on Mytilus spp. populations from the Baltic Sea region and Canada. Each dot (point) is a population VEM
Correspondence analysis
LOG
G1
ARH AUG GIL
0.3
HEL
0.25
HOR KUL
0.2
G2
LYN ODD
Axis 3 (1.85%)
0.15
RIS TJA
0.1
EGH MEB
0.05
ORE
G3
VEJ
0
GED HJE
-0.05
G4
MDZ MCH
-0.1
GRO
-0.15
ASK HGO
-0.2 -0.8
KOI
-0.6
-0.4
-0.2
0
0.2
0.4
Axis 1 (88.27%)
0.6
0.8
1
1.2
1.4
HOG UME CAN
G5
KOP
G6
9
