Page 1 100 100 99 100 100 100 100 100 100 100 100 100 ...

2 downloads 0 Views 670KB Size Report
Muhlenbergia tricholepis. Sohn sia filifolia. Bouteloua gracilis. Bouteloua dimorpha. Bouteloua curtipendula. Bouteloua dactyloides. Bouteloua dactyloides.

100 100

100 100

79 42

100  96

82 40 100  92 100  86 100  95

100 100 100  99 100 100 86 43 100 100

100 100 100 100 100  83

100 100

100  93

29  ­

100 100

90 57

95 87

97 74 100  99 100 100  87 100  73 100  99 64 100 64

100  99 100 100

100 100 100  95 100  85

100 100  98 100  99  99 100 100

94 76

97 56

Bambuseae

Olyreae

Arundinarieae

Brachyelytreae Nardeae

Stipeae

Phaenospermateae Meliceae Brachypodieae

Bromeae

Triticeae

Poeae 2

Pooideae

100 100

100 100 100 100 100 100 100 100 100  99 100  80 100 100 100 100 100  99 100 48 100  ­

Ehrharteae

BEP

100 100 100 100  99 100 100 100 100  86 99 64

Oryzeae

Bambusoideae

98 83

 PACMAD  Oryza nivara  Oryza sativa  Oryza meridionalis  Oryza coarctata  Leersia oryzoides  Potamophila parviflora  Zizania latifolia  Ehrharta calycina  Ehrharta erecta  Microlaena avenacea  Microlaena stipoides  Bambusa oldhamii  Dendrocalamus latiflorus  Bambusa vulgaris  Greslania multiflora  Chusquea culeou  Guadua sp.  Pariana radiciflora  Cryptochloa strictiflora  Olyra sp.  Arundinaria gigantea  Pseudosasa japonica  Arundinaria sp.  Chimonobambusa marmorea  Phyllostachys sp.  Phyllostachys aurea  Phyllostachys nigra  Brachyelytrum erectum  Lygeum spartum  Nardus sp.  Nassella viridula  Stipa sp.  Piptatherum miliaceum  Ampelodesmos mauritanica  Stipa juncea  Phaenosperma globosa  Anisopogon avenaceus  Melica uniflora  Brachypodium pinnatum  Brachypodium pinnatum  Brachypodium distachyon  Boissiera squarrosa  Bromus catharticus  Bromus ramosus  Bromus hordeaceus  Hordeum vulgare  Elymus farctus  Triticum aestivum  Lolium multiflorum  Lolium perenne  Lolium arundinaceum  Festuca petraea  Vulpia myuros  Deschampsia foliosa  Holcus lanatus  Dactylis glomerata  Monerma cylindrica  Aira caryophyllea  Puccinellia distans  Alopecurus agrestis  Poa annua  Arrhenatherum elatius  Avena sativa  Gaudinia coarctata  Rostraria azorica  Lagurus ovatus  Phalaris coerulescens  Briza maxima  Polypogon fugax  Lachnagrostis filiformis  Agrostis stolonifera  Gastridium ventricosum  Dichelachne rara  Echinopogon caespitosus  Dichelachne crinita  Echinopogon ovatus  Puelia olyriformis  Pharus latifolius  Anomochloa marantoidea  Streptochaeta sodiroana

Ehrhartoideae

100 100  99 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100  99 98 100 95 100  99 100  99  98 100 100  88  91 100 100 100 100 100 100

Poeae 1

Puelioideae Pharoideae Anomochloideae

100  97 99 61

52 65

99 85 100 100

91 91 100 100

98 51

100 100

100 100 78 53 100 100 89 69 89 69 99 99 100 100 100 100

100 100

100  98

100 100

100  99

100  88

100 100 100  95

100 100

100  99

100  99

96 63 100  77

34  ­ 100  99 100  99 100 100

100 100  91 100 100 97 100  99 68  98 100 100 100 100

100 100 100 100

100 100 100 100

43  ­ 74 49

91 42

100 100 100 99  72 47 100 100

73 40 100  75 100  89 100  73 100  75

Aristidoideae

100 100  99 100  98  87 36 100 56 60  99 47 52 32

PACMAD

100 100

99 83

Danthonioideae

61 61

100  94

Arundoideae

100  88 100 100 100  96 100 100 100 51 100 100 54  99

100 100

 Panicoideae  Eriachne mucronata  Eriachne ciliata  Eriachne helmsii Eriachneae  Eriachne aristidea  Eriachne glauca  Eriachne pulchella  Coelachne japonica  Isachne mauritiana Isachneae  Isachne arundinacea  Isachne disperma  Micraira adamsii Micraireae  Micraira subulifolia  Arundo donax  Arundo formosana  Monachather paradoxus  Amphipogon caricinus  Elytrophorus spicatus  Eragrostis walteri  Phragmites australis  Hakonechloa macra  Molinia caerulea  Molinia caerulea  Austrodanthonia tenuior  Joycea pallida  Rytidosperma caespitosum  Austrodanthonia laevis  Austrodanthonia setacea  Karroochloa purpurea  Tribolium pusillum  Tribolium pusillum  Schismus barbatus  Merxmuellera disticha  Merxmuellera stricta  Cortaderia sp.  Cortaderia archboldii  Notochloe microdon  Cortaderia pilosa  Danthonia alpina  Danthonia decumbens  Danthonia spicata  Danthonia californica  Danthonia intermedia  Chaetobromus involucratus  Chionochloa antarctica  Chionochloa conspicua  Chionochloa rigida  Pentaschistis airoides  Cortaderia richardii  Merxmuellera macowanii  Chloridoideae + Centropodia  Stipagrostis acutiflora  Stipagrostis plumosa  Stipagrostis pennata  Stipagrostis namaquensis  Stipagrostis zeyheri  Stipagrostis brevifolia  Sartidia jucunda  Aristida longifolia  Aristida adscensionis  Aristida adscensionis  Aristida rhiniochloa  Aristida stipoides  Aristida congesta  Aristida vexativa  Aristida junciformis  Aristida adoensis  Aristida capillacea  Aristida purpurea  Aristida purpurea  Aristida oligantha  Aristida spanospicula  Aristida ternipes  Aristida californica  Aristida uruguayensis  Aristida funiculata  Aristida hygrometrica  Aristida calycina  Aristida ingrata  Aristida vagans  BEP  Puelioideae  Pharoideae  Anomochloideae

Micrairoideae

100 100

100 100  92 100  97 100 100  99 100 100

99 61 98 51 100  95

100  99 100  99

100 100  62 100  87  99

100  84 100 100

100 100

100  92

100  92

100 100 100 100 100 100 99 96 75 90 63 55

98 100 50  98 100  58 98 83 100 100 100 100 100 100 100   84 100 100 69 54 100 100  96 100  86 100 100 96  99 76 100  56 100  68 100 100 100 100

100  90 100 100

100 100

100 100

100 100  87 100 100  89

100 100 100 83 91 53 100  99

100 100  99 100 100  99 100  99

31  ­ 56  ­

100 100 100  95 99 69

100 100

66 19

99 54

79 23 100  99 100  99

90 31

94 37

51 16

100  91

47 14 53 38

70 52

100 48 100  ­

68 57 100 100 100  99 100 100 100 100 100  99 99 100 87  76 89 54 41 100 50 40  99  ­ 100 100 100 78  76 69 100 100 100  90 100 100 100 100 100  69

100  70 100 100

100 100

37  ­ 89 43

100  96

28 31

100  91 100  99 66 51 64 67

100 100 100  99 100  98

79 56

53 41

77 67

100 74  84 53

100 100  77  88 100 100 100 100  99 100  99 100  84 100 100  88

100  97 100 100 31  ­ 98 51

39 26 100  84 100  98 100 100 100  99

Triraphidieae

Eragrostideae

Zoysieae

Cynodonteae

PACMAD

25  ­

99 93 100 100 100 100  96 50  99  ­

Centropodia clade

Chloridoideae

100  92

 Panicoideae  Micrairoideae  Arundinoideae  Danthonioideae  Centropodia forskalii  Centropodia glauca  Ellisochloa rangei  Neyraudia reynaudiana  Triraphis mollis  Eragrostis curvula  Pogonarthria squarrosa  Eragrostis tef  Eragrostis cilianensis  Eragrostis virescens  Eragrostis minor  Eragrostis capensis  Eragrostis spectabilis  Eragrostis sessilispica  Ectrosia leporina  Eragrostis reptans  Uniola paniculata  Uniola pittieri  Entoplocamia aristulata  Entoplocamia aristulata  Fingerhuthia africana  Tetrachne dregei  Cottea pappophoroides  Enneapogon desvauxii  Schmidtia kalihariensis  Spartina pectinata  Spartina juncea  Spartina arundinacea  Spartina anglica  Calamovilfa sp.  Sporobolus airoides  Thellungia advena  Crypsis schoenoides  Sporobolus virginicus  Sporobolus festivus  Sporobolus fertilis  Sporobolus indicus  Zoysia japonica  Pappophorum vaginatum  Tridens flavus  Muhlenbergia alopecuroides  Muhlenbergia spatha  Muhlenbergia decumbens  Muhlenbergia paniculata  Muhlenbergia multiflora  Muhlenbergia pereilema  Muhlenbergia cenchroides  Muhlenbergia ramulosa  Muhlenbergia dubia  Muhlenbergia lindheimeri  Muhlenbergia biloba  Muhlenbergia tricholepis  Sohnsia filifolia  Bouteloua gracilis  Bouteloua dimorpha  Bouteloua curtipendula  Bouteloua dactyloides  Bouteloua dactyloides  Distichlis eludens  Distichlis littoralis  Distichlis spicata  Eragrostis obtusiflora  Allolepis texana  Hilaria cenchroides  Hilaria jamesii  Jouvea pilosa  Scleropogon brevifolius  Swallenia alexandrae  Blepharidachne kingii  Erioneuron avenaceum  Dasyochloa pulchella  Munroa squarrosa  Tragus racemosus  Willkommia texana  Oropetium capense  Tripogon minimus  Melanocenchris abyssinica  Dactyloctenium aegyptium  Brachychloa fragilis  Neobouteloua lophostachya  Odyssea paucinervis  Monodia stipoides  Plectrachne pungens  Triodia desertorum  Kengia songorica  Perotis patens  Perotis rara  Ctenium concinnum  Trichoneura grandiglumis  Trichoneura elegans  Leptothrium rigidum  Bewsia biflora  Gymnopogon foliosus  Gymnopogon brevifolius  Triplasis americana  Gouinia latifolia  Vaseyochloa multinervosa  Tuctoria mucronata  Neostapfia colusana  Orcuttia californica  Aeluropus littoralis  Leptochloa fusca  Acrachne racemosa  Leptochloa dubia  Coelachyrum yemenicum  Dinebra retroflexa  Astrebla lappacea  Eleusine coracana  Eleusine indica  Eleusine tristachya  Chloris barbata  Enteropogon prieurii  Chloris gayana  Chloris virgata  Lintonia nutans  Chloris radiata  Chloris truncata  Enteropogon macrostachyus  Tetrapogon cenchriformis  Trichloris crinita  Lepturus radicans  Lepturus repens  Oxychloris scariosa  Rendlia altera  Harpochloa falx  Microchloa indica  Eustachys distichophylla  Chloris elata  Brachyachne ciliaris  Cynodon dactylon  Cynodon transvaalensis  Aristidoideae  BEP  Puelioideae  Pharoideae  Anomochloideae

100 55 100 46

48 24 100  92 100 100

41  ­ 100  97

26 31 100  82

96 68 100  98 100  96

55 54 100  92

72 63 70 47

36  ­ 100  63

20  ­ 100 100

26  ­

69 50

100 100

69 56

100  99

90 38

90 47

35  ­

100 63  98  ­

94 58

100 100

100  99

30 31 100  95

100  97 100  98

66 69

100  78 34  ­

92 73 100  92 100  99 100  83

86 70 100 100

99 61

97 68 100  99 100 100

100 100  95 100  99 100 100 100  91  81 53 65 100  97

100 100  89 100  97 100 100 100

67 56

73 50

Paspaleae

Arthropogoninae

100 100

Otachyrinae

100  96 100 100 100  99 100 77 100 67 100 100 100  86 100  99 100 100 100 100 100 100 100 100 100 100  99 100 39 35 100 100 100 100 100 100 100 100

100 100

100 100

44

Gynerieae Zeugiteae Chasmanthieae Centotheceae Cyperochloeae Thysanolaeneae Tristachyideae

PACMAD

100 100 100 100

100  97

Arundinelleae

Paspalinae

100  88 100 100

80 80 100  99

90 74

Andropogoneae

Panicoideae

100 100

100 100

99 87

99 77 100 100

100  98

100 100

82 42

44 19 100  99 100 100 99 55 99 35

36  ­

68 61

99 53 100  90

94 61

100 100 100  89 100  88

14  ­

100 100

38 32

 Paniceae  Heteropogon contortus  Heteropogon contortus  Iseilema macratherum  Themeda avenacea  Themeda triandra  Themeda triandra  Capillipedium parviflorum  Bothriochloa saccharoides  Bothriochloa ischaemum  Dichanthium sericeum  Dichanthium setosum  Cymbopogon citratus  Spodiopogon sibiricus  Andropogon gerardii  Schizachyrium scoparium  Diheteropogon hagerupii  Hyparrhenia hirta  Sorghastrum nutans  Eulalia aurea  Ischaemum koleostachys  Saccharum officinarum  Sorghum bicolor  Imperata cylindrica  Pogonatherum paniceum  Germainia truncatiglumis  Thaumastochloa monilifera  Ophiuros exaltatus  Heteropholis sulcata  Hemarthria uncinata  Sehima nervosum  Microstegium vimineum  Chrysopogon zizanioides  Chrysopogon latifolius  Chrysopogon pallidus  Coix lacryma­jobi  Ischaemum afrum  Pseudopogonatherum contortum  Elionurus citreus  Chionachne gigantea  Zea mays  Arthraxon lanceolatus  Garnotia fergusonii  Arundinella berteroniana  Arundinella deppeana  Reynaudia filiformis  Paspalum dilatatum  Paspalum fimbriatum  Paspalum quadrifarium  Thrasyopsis juergensii  Paspalum nutans  Reimarochloa acuta  Paspalum distichum  Paspalum vaginatum  Paspalum conjugatum  Hopia obtusa  Anthaenantiopsis rojasiana  Panicum validum  Streptostachys asperifolia  Axonopus compressus  Axonopus anceps  Ophiochloa hydrolithica  Axonopus fissifolius  Centrochloa singularis  Ichnanthus panicoides  Echinolaena inflexa  Ocellochloa stoloniferum  Gerritea pseudopetiolata  Ichnanthus sp.  Ichnanthus pallens  Ichnanthus pallens  Dallwatsonia felliana  Hymenachne amplexicaulis  Panicum sp.  Panicum pilosum  Plagiantha tenella  Otachyrium versicolor  Steinchisma laxa  Steinchisma hians  Anthaenantia rufa  Anthaenantia lanata  Achlaena piptostachya  Altoparadisium chapadense  Arthropogon villosus  Tatianyx arnacites  Mesosetum chaseae  Mesosetum comatum  Homolepis glutinosa  Homolepis isocalycia  Stephostachys mertensii  Oncorachis ramosa  Oplismenopsis najada  Phanopyrum gymnocarpon  Apochloa euprepes  Canastra lanceolata  Coleataenia prionitis  Triscenia ovina  Coleataenia caricoides  Coleataenia anceps  Coleataenia tenera  Gynerium sagittatum  Zeugites capillaris  Zeugites pittieri  Pohlidium petiolatum  Lophatherum gracile  Orthoclada laxa  Chasmanthium latifolium  Centotheca lappacea  Megastachya mucronata  Spartochloa scirpoidea  Thysanolaena latifolia  Loudetia annua  Danthoniopsis dinteri  Danthoniopsis pruinosa  Tristachya leucothrix  Micrairoideae  Arundinoideae  Danthonioideae  Chloridoideae + Centropodia  Aristidoideae  BEP  Puelioideae  Pharoideae  Anomochloideae

100 100

100  80

91 78

42  ­

35  ­ 100 100

20  ­

100  75

100  92

29  ­ 42 28

22  ­

100 100 100  97

50 56 100  83

28  ­ 54  ­

56  ­

19  ­

100  99

100  92

100  95 100  71

68 53 100 100

100  97

100  98

100 100 100  98

100  93

100  95

100  91 100 100 29  ­

100  72 56  ­

69 62

100 100

100  99

100  76

17  ­ 100  99

100  90

100  97

73 61

100  99

78 54 100  89 39 23 97 39

100 100

100 100

100  73

100 100

100 100

100 100

100 100

99 61

88 70

87 50 100  97 100 100 100  97 100  99 100  94 100 100 100  98

82 59 68 64 100  79 100 100 100  76 100  99 100  97

99 84 100 100

100  78 92 53 100  74 100 100 100 100 100 100

100 100

100  95 100 100

100 100 45  ­

81 71 100 100 100 100 100 100 100  98 100 100 91 68 58 38

100 100 100  96 100 100

100 100

100 100

100 100

100 100

69  ­

100  50 100  69

100  97

100 100

100 100

69 36

100 100

100  99

100 100

100  83

100 100

100  97

100 100 99 68

61  ­

100  99

100  99

100  94

99 59

56 57 100  99

21 28

22  ­

33  ­

100 100

100  83

100  88 100  80

100  98

Cenchrinae

Melinidinae

Panicinae

Neurachninae

Boivinellinae

Anthephorinae

PACMAD

100  98

59 33

56 50

61  ­

Panicoideae

100 100

100  92 100 100

 Cenchrus ciliaris  Cenchrus setigerus  Cenchrus echinatus  Cenchrus setaceus  Cenchrus americanus  Cenchrus violaceus  Cenchrus longissimus  Snowdenia petitiana  Cenchrus longisetus  Cenchrus caffrus  Cenchrus clandestinus  Setaria sphacelata  Setaria verticillata  Setaria parviflora  Setaria megaphylla  Setaria sulcata  Setaria palmifolia  Setaria barbata  Setaria plicata  Setaria adhaerens  Pseudochaetochloa australiensis  Spinifex littoreus  Hygrochloa aquatica  Chamaeraphis hordeacea  Whiteochloa capillipes  Alexfloydia repens  Alexfloydia repens  Xerochloa laniflora  Xerochloa barbata  Stenotaphrum dimidiatum  Ixophorus unisetus  Zuloagaea bulbosa  Setariopsis auriculata  Setaria italica  Plagiosetum refractum  Paractaenum novae­hollandiae  Setaria punctata  Uranthoecium truncatum  Dissochondrus biflorus  Thuarea involuta  Thuarea involuta  Melinis minutiflora  Melinis repens  Tricholaena monachne  Scutachne dura  Pseudobrachiaria deflexa  Megathyrsus maximus  Urochloa xantholeuca  Urochloa villosa  Eriochloa nana  Urochloa panicoides  Urochloa praetervisa  Panicum amarum  Panicum virgatum  Panicum virgatum  Panicum coloratum  Panicum larcomianum  Yakirra australiensis  Panicum seminudum  Louisiella fluitans  Panicum elephantipes  Panicum capillare  Panicum miliaceum  Panicum laetum  Panicum repens  Panicum sumatrense  Panicum paludosum  Panicum subalbidum  Homopholis belsonii  Walwhalleya subxerophila  Panicum adenophorum  Dichanthelium cumbucana  Dichanthelium sabulorum  Dichanthelium clandestinum  Dichanthelium dichotomum  Ancistrachne uncinulata  Ancistrachne uncinulata  Calyptochloa gracillima  Cleistochloa subjuncea  Thyridolepis mitchelliana  Thyridolepis multiculmis  Neurachne alopecuroides  Paraneurachne muelleri  Hylebates cordatus  Panicum millegrana  Panicum sellowii  Panicum brevifolium  Panicum trichanthum  Panicum verrucosum  Trichanthecium cyanescens  Trichanthecium parvifolium  Panicum bisulcatum  Sacciolepis africana  Sacciolepis chevalieri  Sacciolepis indica  Sacciolepis vilvoides  Acritochaete volkensii  Echinochloa crus­galli  Echinochloa frumentacea  Echinochloa colona  A. semialata subsp. eckloniana  A. semialata subsp. semialata  Alloteropsis angusta  Alloteropsis cimicina  Alloteropsis paniculata  Alloteropsis papillosa  Amphicarpum muhlenbergianum  Amphicarpum amphicarpon  Entolasia stricta  Entolasia marginata  Panicum pygmaeum  Parodiophyllochloa cordovensis  Parodiophyllochloa ovulifera  Parodiophyllochloa missiona  Parodiophyllochloa penicillata  Microcalamus convallarioides  Ottochloa nodosa  Ottochloa gracillima  Acroceras tonkinense  Cyrtococcum patens  Pseudechinolaena polystachya  Lasiacis nigra  Lasiacis sorghoidea  Cyphochlaena madagascariensis  Poecilostachys bromoides  Oplismenus aemulus  O. hirtellus subsp. imbecillis  Oplismenus undulatifolius  Oplismenus compositus  Oplismenus hirtellus  Digitaria gayana  Megaloprotachne albescens  Digitaria ciliaris  Digitaria eriantha  Digitaria sanguinalis  Chlorocalymma cryptacanthum  Anthephora cristata  Chaetopoa pilosa  Anthephora pubescens  Anthephora elongata  Digitaria sp.  Digitaria didactyla  Andropogoneae  Arundinelleae  Paspaleae  Gynerieae  Outlying Panicoideae  AMCD  Aristidoideae  BEP  Puelioideae  Pharoideae  Anomochloideae

Paniceae

31 39

40  ­

100 100 100  98

100 100

100 100

100  90

100  90

Supplementary Figure 1. Bayesian consensus tree of 545 accessions, with statistical support for all nodes. Posterior probabilities above line, likelihood bootstraps below line. C 4 taxa indicated by red branches.

100 90

100 68 99 53 100

100 98

Cenchrinae Melinidinae Panicinae Homopholis clade Dichanthelium clade Neurachninae

100 100 100 31 100 59 39 100 100 56 33 100 50 100 99 17 100 100 90 99

Hylebates

Sacciolepis clade Acritochaete

100 100 100 69 83 36

Boivinellinae 100 100

100 100

PP

100 100

BS

100 98

100 100

100 99

Andropogoneae

99 77

Arundinelleae Reynaudia

Paspalinae Otachyrinae Arthropogoninae

100 100

100 97 100 100 100

53 65 99 61

97

100 100

100 97 52 98 65 51

Zeugiteae Chasmanthieae 100 Centotheceae 89 Outlying Panicoideae Cyperochloeae Thysanolaeneae 100 Tristachyideae 100 100 Eriachneae 100 100 100 100 Isachneae Micrairoideae 88 100 Micraireae 100

Arundinoideae Danthonioideae Centropodia clade

100 100 100 99

100 100

100 100 100 100

100 100 100 92 100 100

100 100

100 100

Eragrostideae 100 100

Cynodonteae

100 100

100 100

100 96

100 100 91 98 100 100 100 100 100 100 100 100

100 99

100 100 86 43

Aristidoideae 100 100

Ehrhartoideae

Bambuseae Olyreae

Bambusoideae

Arundinarieae

99 64

100 100

100 83 100 100

100 100

100 100

Puelioideae Pharoideae Anomochloideae 0.05

Oryzeae Ehrharteae

Brachyelytreae Nardeae Stipeae Phaenospermateae Meliceae

100 100

100 100 100 100 100 99 100 100 100 100

100 100

BEP

100 100

Zoysieae

Chloridoideae

100 100

98 83

Triraphidieae

100 99

100 100

Paspaleae

Gynerieae

100 81

100 95

100 100

PACMAD

100 100

Anthephorinae

100 99 100 100 100 100 100 78

66 69

Paniceae

Panicoideae

C3 only C3 + C4 C4 only

Brachypodieae

Bromeae Triticeae Poeae 2 Poeae 1

Pooideae

Supplementary Figure 2. Bayesian consensus tree of 545 accessions with major clades collapsed. Red clades are C4 taxa, black are C3 taxa, and yellow indicates mixed C3/C4 lineages. Posterior probabilities above line, likelihood bootstraps below line.