CHD7. Q9P2D1. [11]. MALDI. N.D.. MALDI. N.D.. N.D.. Identified. CLU. P10909. [2]. MALDI. N.D.. MALDI. N.D.. ESI. Identified c-Myc. P01106. [12-13]. N.D.. N.D..
Supplementary Table 8. Identification of previously described pluripotency markers and stemness maintanence regulators in hESC, hiPSC or parental primary cells in our study by ESI‐MSe or MALDI‐TOF/TOF techniques. Gene name
UniProt ID
ABCG2 ACTC1 ACTG2 ADCY2 AIBP AKT2 ALPL APC APOE APOO AXA2L AXIN1 BBS9 BCL9 BCL9L BMP2 BMP7 BMPR1b BRIX BUB1 CA2 CALCB CALR CCNF CDK1 CHD1 CHD7 CLU c‐Myc CNOT3 CNTNAP2 CO6A1 COIA1 CR1L CTNNB1 CXADR DAG1 DCX DLK1 DMD DNMT3B DPPA2 DPPA4 DPPA5 DTNA EDNRB EFHD1 EHMT1 EHMT2 EP300
Q9UNQ0 P68032 P63267 Q08462 Q8NCW5 P31751 P05186 P25054 P02649 Q9BUR5 A6NMY6 O15169 Q3SYG4 O00512 Q86UU0 P12643 P18075 O00238 Q8TDN6 O43683 P00918 P10092 P27797 P41002 P06493 O14646 Q9P2D1 P10909 P01106 O75175 Q9UHC6 P12109 P39060 Q2VPA4 P35222 P78310 Q14118 O43602 P80370 P11532 Q9UBC3 Q7Z7J5 Q7L190 A6NC42 Q9Y4J8 P24530 Q9BUP0 Q9H9B1 Q96KQ7 Q09472
Reference [1] [1] [1] [1] [2] [1] [3, 4] [5] [2] [2] [2] [1] [1] [6] [6] [1] [1] [1] [7] [8]; widely used [1] [1] [2] [1] [9] [10]
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Found to be expressed in this study (by MALDI MS or ESI MS) ESC‐H9 iPSC‐fibro iPSC‐CD34+ Fibroblasts PBMC N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI/ESI MALDI/ESI MALDI/ESI ESI ESI ESI MALDI/ESI MALDI/ESI ESI ESI MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. ESI ESI ESI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. ESI MALDI/ESI ESI N.D. N.D. MALDI MALDI MALDI N.D. N.D. ESI ESI ESI ESI N.D. ESI N.D. N.D. N.D. N.D. ESI ESI MALDI/ESI ESI ESI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI N.D. MALDI N.D. N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. ESI N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. ESI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI/ESI MALDI/ESI ESI ESI ESI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. ESI ESI ESI N.D. N.D. MALDI MALDI N.D. N.D. N.D. MALDI N.D. MALDI N.D. N.D. MALDI N.D. MALDI N.D. ESI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI MALDI MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI N.D. N.D. MALDI N.D. N.D. ESI N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. ESI ESI ESI ESI N.D. MALDI/ESI ESI ESI ESI N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI/ESI MALDI/ESI ESI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI/ESI ESI ESI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI MALDI MALDI N.D. N.D. MALDI N.D. MALDI N.D. N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D.
Identified in Phanstiel et al., 2011 N.D. N.D. Identified N.D. N.D. Identified Identified N.D. Identified Identified Identified N.D. N.D. Identified N.D. N.D. N.D. N.D. Identified Identified Identified N.D. Identified N.D. Identified Identified Identified Identified N.D. Identified Identified Identified N.D. N.D. Identified Identified Identified N.D. N.D. N.D. Identified Identified Identified N.D. Identified N.D. Identified Identified N.D. Identified
FAT3 FBLN1 Fbx 15 FGF2 FGF4 FGFR1 FGFR2 FGFR4 FINC FOXD3 FUBP‐3 GAB1 GAP43 GMFB GMFG GNA14 GNAS GNAS2 GPC4 GPC6 GRB2 GRB7 GSK3A HDAC2 HDGF HP1beta HTR7 IGF2BP1 INM02 JAK3 KITLG (SCF) Klf 4 KLKB1 KRAS LAD1 LAMC1 LECT1 LEFTY1 LEFTY2 LEG1 LIN 28 LRAT MANF MAP2K2 MAPK1 MAPK12 MBD2 MEF2A MFAP2 MFGM MIF MK Nanog NEFH NEFM Nestin NLRP7 NODAL
Q8TDW7 P23142 Q8NCQ5 P09038 P08620 P11362 P21802 P22455 P02751 Q9UJU5 Q96I24 Q13480 P17677 P60983 O60234 O95837 Q5JWF2 P63092 O75487 Q9Y625 P62993 Q14451 P49840 Q92769 P51858 P83916 P34969 Q9NZI8 Q5UCC4 P52333 P21583 Q43474 P03952 P01116 O00515 P11047 O75829 O75610 O00292 P09382 Q9H9Z2 O95237 P55145 P36507 P28482 P53778 Q9UBB5 Q02078 P55001 Q08431 P14174 P21741 Q9H9S0 P12036 P07197 P48681 Q8WX94 Q96S42
[1] [2] [8]; widely used [2] [1] [1] [1] [1] [2] [1] [18]; widely used [1] [1] [2] [2] [1] [1] [1] [2] [2] [1] [7] [1] [22] [2] [18]; widely used [1] [1] [2] [1] [23] [12‐13] [1] [1] [2] [2] [8]; widely used [1, 2] [1, 2] [2] [12]; widely used [1] [2] [1] [1] [1] [1] [1] [2] [2] [2] [2] [18]; widely used [1] [1] [24, 25] [1] [1]
MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI MALDI MALDI N.D. ESI N.D. N.D. MALDI/ESI N.D. N.D. ESI ESI MALDI/ESI MALDI ESI N.D. MALDI MALDI/ESI MALDI/ESI ESI N.D. MALDI/ESI N.D. MALDI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI/ESI N.D. N.D. N.D. N.D. MALDI/ESI N.D. ESI N.D. MALDI/ESI N.D. N.D. MALDI N.D. ESI ESI N.D. N.D. MALDI N.D. ESI N.D. N.D.
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N.D. N.D. N.D. Identified N.D. N.D. N.D. N.D. Identified Identified Identified N.D. N.D. Identified N.D. Identified Identified N.D. Identified N.D. Identified N.D. Identified Identified Identified N.D. N.D. Identified N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Identified N.D. Identified N.D. N.D. N.D. Identified Identified Identified N.D. Identified Identified N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Identified N.D. N.D. N.D. Identified Identified N.D. N.D.
NPTX2 NR2F6 NR5A2 NRK OCT 4 (POU5F1 ) P3H1 PCDH8 PDGFA PDGFB PDPK1 PHC1 PIK3C2A PIK3C2B PIK3CB PIK3CD PIK3R2 PIK3R5 PME17 PODXL(TRA‐1‐60) PRAP1 PRDX4 PRKAA2 PXDN RARA RB1 Rex 1 RGS5 RIF1 RRAS2 RXRB S1PR1 SALL 4 SEMA6A SEMG1 SERPINB9 SFN SH3GL3 SHC1 SMAD2 SMAD3 SMAD4 SMO Sox 2 SOX15 SP8 SPP1 SPP1 ST3GAL6 STAT3 SULT1C4 TAC1 TBX3 TCF7L1 TERT TFR1 TGFBR1 TP53
P47972 P10588 O00482 Q7Z2Y5 Q01860 Q32P28 O95206 P04085 P01127 O15530 P78364 O00443 O00750 P42338 O00329 O00459 Q8WYR1 P40967 O00592 Q96NZ9 Q13162 P54646 Q92626 P10276 P06400 Q96MM3 O15539 Q5UIP0 P62070 P28702 P21453 Q9UJQ4 Q9H2E6 P04279 P50453 P31947 Q99963 P29353 Q15796 P84022 Q13485 Q99835 P48431 O60248 Q8IXZ3 P10451 P10451 Q9Y274 P40763 O75897 P20366 O15119 Q9HCS4 O14746 P02786 P36897 P04637
[1] [1] [1] [1] [12‐13] [2] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [2] [12]; widely used [1] [2] [1] [2] [1] [1] [24] [1] [1] [1] [1] [1] [8]; widely used [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [12‐13] [26] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [27] [1] [12]; widely used [2] [1] [1]
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N.D. Identified N.D. N.D. Identified Identified N.D. N.D. N.D. Identified N.D. Identified Identified N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Identified N.D. Identified N.D. Identified N.D. Identified N.D. N.D. N.D. Identified N.D. N.D. Identified Identified N.D. Identified Identified N.D. N.D. Identified N.D. Identified N.D. Identified N.D. N.D. N.D. N.D. N.D. Identified N.D. N.D. N.D. Identified N.D. Identified Identified N.D.
TPM1 TUBB3 UTF1 VSNL1 WNT6 WWP2 ZFP42
P09493 Q13509 Q5T230 P62760 Q9Y6F9 O00308 Q96MM3
[1] [24, 28] [7] [1] [1] [1] [1]
MALDI/ESI MALDI/ESI N.D. ESI N.D. MALDI N.D.
MALDI/ESI ESI N.D. ESI N.D. N.D. N.D.
‐ confirmed to be present by Western‐blot in our study
MALDI/ESI MALDI/ESI N.D. ESI N.D. N.D. N.D.
ESI ESI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D.
ESI ESI N.D. N.D. N.D. N.D. N.D.
Identified Identified Identified Identified N.D. N.D. N.D.
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