Direct detection and differentiation of pathogenic Leptospira ...... Complementary targets of the species-specific Leptospira noguchii probe and respective ...
Direct detection and differentiation of pathogenic Leptospira species using a multi-gene targeted real time PCR approach Ana Sofia Ferreira1,2, Pedro Costa1,3 , Teresa Rocha1 , Ana Amaro1 , Maria Luísa Vieira3, Ahmed Ahmed5, Gertrude Thompson2,4 , Rudy A. Hartskeerl5 , João Inácio1,6
1
Instituto Nacional de Investigação Agrária e Veterinária, I.P. (INIAV, I.P.), Unidade
Estratégica de Investigação e Serviços em Produção e Saúde Animal, Lisboa, Portugal; 2
Instituto de Ciências Biomédicas de Abel Salazar, Universidade do Porto, Porto,
Portugal; 3 Unidade de Microbiologia Médica, Instituto de Higiene e Medicina Tropical, Universidade Nova de Lisboa, Lisboa, Portugal; 4Research Center in Biodiversity and Genetic Resources (CIBIO-ICETA), Universidade do Porto, Portugal; 5 WHO/FAO/OIE and National Collaborating Centre for Reference and Research on Leptospirosis, KIT Biomedical Research, , Amsterdam, The Netherlands; 6 School of Pharmacy and Biomolecular Sciences, University of Brighton, Brighton, UK
Supporting Information
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Figure S1. Complementary targets of the species-specific Leptospira interrogans probe and respective flanking primers. Partial alignment of secY gene sequences of representative Leptospira species showing the complementary targets of the probes TaqLint2 (and respective flanking primers PFLint2 and PRLint2). Mismatches in sequences are highlighted. The GenBank access numbers from which the partial sequences were retrieved are indicated for each species.
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111 bp
Figure S2. Complementary targets of the species-specific Leptospira kirschneri probe and respective flanking primers. Partial alignment of secY gene sequences of representative Leptospira species showing the complementary targets of the probe TqM_nery (and respective flanking primers F_nery and R_nery). Mismatches in sequences are highlighted. The GenBank access numbers from which the partial sequences were retrieved are indicated for each species.
FLnog2 5’ T C A G G G T G T A A G A A A G G T T C 3’
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EU358068.1Lnoguchii
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EU357967.1Linterrogans
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EU358052.1Lborgpetersenii EU358070.1Lborgpetersenii EU358023.1Lborgpetersenii EU358065.1Lweilii
EU358009.1Lweilii EU358043.1Lsantarosai EU358067.1Lsantarosai
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C C .
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142 bp
Figure S3. Complementary targets of the species-specific Leptospira noguchii probe and respective flanking primers. Partial alignment of secY gene sequences of representative Leptospira species showing the complementary targets of the probe TaqLnog (and respective flanking primers FLnog2 and RLnog2). Mismatches in sequences are highlighted. The GenBank access numbers from which the partial sequences were retrieved are indicated for each species.
F_bpn 5’ G A T
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G .
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AY461983.1Linterrogans
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AY461991.1Lkirschneri
.
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T
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G .
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L13284.1Lkirschneri
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AY461996.1Lnoguchii
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G .
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AY461994.1Lnoguchii
.
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.
G .
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AY461995.1Lnoguchii
.
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.
G .
.
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AY462003.1Lsantarosai
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.
.
.
.
.
.
.
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.
G
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.
.
.
.
AY461998.1Lsantarosai
.
.
.
.
T .
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
G
.
.
.
.
.
.
.
AY462000.1Lsantarosai
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
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G
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AY462006.1Lweilii
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Figure S4. Complementary targets of the species-specific Leptospira borgpetersenii probe and respective flanking primers. Partial alignment of ompL1 gene sequences of representative Leptospira species showing the complementary targets of the probe TqM_bpn (and respective flanking primers F_bpn and R_bpn1). Mismatches in sequences are highlighted. The GenBank access numbers from which the partial sequences were retrieved are indicated for each species.
